Download miễn phí Sự đa dạng di truyền một số chủng vi khuẩn xanthomonas oryzae gây bệnh bạc lá lúa ở miền bắc Việt Nam



Để xác định các nhóm chủng, đã chọn 47 isolate vi khuẩn Xanthomonas oryzae có độc tính cao trong số 60 isolate đã được xác định là Xanthomonas oryzae. Qua phân tích bằng 10 đoạn mồi khác nhau để nhân các đoạn AND trong bộ genom của vi khuẩn Xanthomonas oryzae cho thấy có 4 mồi cho các băng đa hình là XPC15, PAG01, XPC9 và OPEF3. Các mồi còn lại hay là không nhân lên được đoạn AND nào hay là chỉ có 1 đoạn, không có ý nghĩa trong việc xác định đa hình AND. Những mồi đa hình được ghi lại số băng, trong đó có vệt băng là 1 và không có vệt băng là 0. Mồi XPC9 va XPC15 nhân được 3 đoạn AND trong bộ genom vi khuẩn; mồi OPAF3 nhân được 4 đoạn, còn mồi PAG1 nhân được 5 đoạn. Sử dụng phần mềm NTSYS 2.0 đã cho cây phân loại của 47 isolate. Từ cây phân loại 1 và 2 và ở mức tương đồng 0,7 47 isolate vi khuẩn được chia thành 13 nhóm thay mặt cho 13 nhóm chủng trong 47 isolate phân tích (Hình 1 và 2).


http://s1.liketly.com/flash/edoc/jh2i1fkjb33wa7b577g9lou48iyvfkz6-swf-2013-12-27-su_da_dang_di_truyen_mot_so_chung_vi_khuan_xanthom.JQB3NOOW1X.swf /tai-lieu/de-tai-ung-dung-tren-liketly-52251/
Để tải bản Đầy Đủ của tài liệu, xin Trả lời bài viết này, Mods sẽ gửi Link download cho bạn sớm nhất qua hòm tin nhắn.
Ai cần download tài liệu gì mà không tìm thấy ở đây, thì đăng yêu cầu down tại đây nhé:
Nhận download tài liệu miễn phí

Tóm tắt nội dung tài liệu:

Sự ĐA DạNG DI TRUYềN MộT Số CHủNG VI KHUẩN
Xanthomonas oryzae GÂY BệNH BạC Lá LúA ở MIềN BắC VIệT NAM
Genetic pathogenicity of the strain of Xanthomonas oryzae
caused bacterial leaf blight in northern Vietnam
Nguyễn Văn Viết
Đặng Thị Phương Lan
Viện Khoa học nông nghiệp Việt Nam
Abstract
Bacterial leaf blight cause by Xanthomonas oryzae is a destructive disease of rice in Vietnam. Breeding for resistance to disease has become one of the important issue. Therefore, research on strains of Xanthomonas oryzae is required to generate information on the pathogen.
Seventy infected leaf samples were collected from different rice varieties grown in different ecological region of Northern Vietnam. 60 isolate of Xanthomonas oryzae were isolate by isolation and PCR method, there are 13 different strains groups of Xanthomonas oryzae were identified. Groups of strain 2 and 3 were recorded with highest frequency of occurrence (14,89%).
Key words: Genetic pathogenicity, bacterial leaf blight, rice.
I. Đặt vấn đề
Bệnh bạc lá lúa do vi khuẩn Xanthomonas oryzae pv oryzae gây ra là bệnh nhiệt đới điển hình của các vùng trồng lúa. Bạc lá lúa trở thành đối tượng gây hại nghiêm trọng đối với cây lúa, đặc biệt là trong vụ mùa ở miền Bắc Việt Nam. Mặc dù số lượng các giống lúa thuần, lúa lai gieo cấy trong sản xuất khá lớn nhưng tỷ lệ các giống có khả năng kháng bệnh rất thấp. Với xu thế ngày càng mở rộng các giống có thời gian sinh trưởng ngắn và các giống lúa lai nhập nội từ Trung Quốc không có khả năng kháng bệnh, khả năng phát sinh các dịch bệnh nặng rất dễ xảy ra. Nghiên cứu chọn tạo giống lúa vừa đáp ứng được các yêu cầu về thời gian sinh trưởng ngắn, năng suất cao, chất lượng tốt và có khả năng kháng bệnh trở thành nhu cầu bức xúc.
Để chọn giống kháng bệnh bạc lá cần, xác định các chủng vi khuẩn gây bệnh bạc lá và các gen kháng bệnh. Cho đến nay trên thế giới đã phát hiện được nhiều gen kháng bệnh bạc lá khác nhau. ở mỗi vùng, thậm chí trong cùng một vết bệnh cùng tồn tại một số chủng gây bệnh. ở Việt Nam, thường xuất hiện nhiều chủng vi khuẩn gây bệnh bạc lá có độc tính cao và có sự đa dạng về chủng rất lớn. Sau đây là kết quả nghiên cứu xác định nhóm chủng vi khuẩn gây bệnh bạc lá lúa ở miền Bắc Việt Nam.
II. Vật liệu
và phương pháp nghiên cứu
Vật liệu nghiên cứu: Mẫu bệnh bạc lá được thu thập trên các giống lúa ở các vùng sinh thái khác nhau.
Phương pháp phân lập vi khuẩn từ mẫu bệnh: Phân lập vi khuẩn gây bệnh trên môi trường Wakimoto. Sau khi xuất hiện khuẩn lạc, chọn các khuẩn lạc có hình dạng tròn, nhẵn bóng, lồi lên, kích thước 1 – 2 mm, màu vàng chanh, là đặc trưng khuẩn lạc của vi khuẩn Xanthomonnas oryzae để cấy truyền. Bảo quản Isolate đã phân lập trên môi trường Skim milk.
Phương pháp xác định vi khuẩn bạc lá bằng kỹ thuật PCR: tiến hành chiết xuất AND của vi khuẩn. Nhân gen PCR bằng mồi đặc hiệu để nhận biết đoạn trình tự 16S – 13S rDNA có mặt đặc thù trong DNA vi khuẩn bạc lá với trình tự mồi đặc hiệu.
XOR-F:5’- CATGACGTCATCGTCCTGT-3’
XOR-R2:5’-CTCGGAGCTATATGCCGTGC-3’
STT
Tên mồi
Trật tự mồi
1
XPC15
5’GACGGATCA3’
2
XPC9
5’CTCACCGTCC3’
3
OPAF-3
5’GAAGGAGGCA3’
4
OPC8
5’TGGACCGGTG3’
5
OPC10
5’TGTCTGGGTG3’
6
PAG01
5’CTACGCCTTC3’
7
OPB01
5’GTTTCGCTCC3’
8
OPB02
5’TGATCCCTGG3’
9
OPB10
5’CTGTGGGAC3’
10
OPB14
5’TCCGCTCTGG3’
11
OPB18
5’CCACCGCAGT3’
Điện di sản phẩm trên gel agarose 2% ở 65V, 150mA trong vòng 20 phút; Nhuộm bản gel bằng Ethilium bromide rồi chụp ảnh để xác định các Isolate vi khuẩn Xanthomonas oryzae.
Xác định nhóm chủng tương đồng của vi khuẩn Xanthomonas oryzae nhờ kỹ thuật PCR (RAPD): sử dụng 10 mồi ngẫu nhiên để nhân các đoạn AND ngẫu nhiên trong bộ gennom vi khuẩn Xanthomonas oryzae
Sau khi có kết quả điện di tiến hành xử lý số liệu bằng phần mềm NTSY spc2.0
III. Kết quả và thảo luận
3.1. Kết quả thu thập mẫu bệnh, phân lập vi khuẩn Xanthomonas oryzae pv oryzae trên môi trường và xác địnhvi khuẩn gây bệnh bằng kỹ thuật PCR
Kết quả bảng 1 cho thấy, 70 mẫu bệnh bạc lá đã được thu thập trên nhiều giống lúa khác nhau từ nhiều địa phương khác nhau ở 3 vùng sinh thái chính của miền Bắc Việt Nam là miền núi phía Bắc, Đồng bằng sông Hồng và Bắc Trung Bộ.
Kết quả phân lập trên môi trường và căn cứ và hình thái khuẩn lạc cho thấy có 65 mẫu bệnh khi phân lập đã xác định có vi khuẩn Xanthomonas oryzae là nguyên nhân gây bệnh bạc lá lúa. Có 5 mẫu khi phân lập không thấy sự hiện diện của vi khuẩn Xanthomonas oryzae.
Bằng kỹ thuật PCR đã xác định được 60 mẫu có vi khuẩn tương đồng với bộ genom của vi khuẩn Xanthomonas oryzae. 60 mẫu xác định có Xanthomonas oryzae bằng kỹ thuật PCR hoàn toàn trùng lặp với kết quả phân lập trên môi trường nhân tạo.
Bảng 1. Kết quả thu thập mẫu bệnh, phân lập trên môi trường và
xác định vi khuẩn Xanthomonas oryzae bằng kỹ thuật PCR
TT
Mã số
Vùng sinh thái
Địa điểm thu thập
Tên giống thu thập
Kết quả phân lập trên môi trường
Kết quả xác định bằng PCR
1
H16
Miền núi phía Bắc
Kim Sơn, Đông Triều, Quảng Ninh
Nếp
+
+
2
H17
Kim Sơn, Đông Triều, Quảng Ninh
Khang dân
+
+
3
H18
Kim Sơn, Đông Triều, Quảng Ninh
Khang dân
+
+
4
H25
Hập Hải, Lâm Thao, Phú Thọ
Việt lai 20
+
+
5
H26
Cao Mại, Lâm Thao, Phú Thọ
Bắc thơm 7
+
+
6
H32
Cao Mại, Lâm Thao, Phú Thọ
Thục hưng
+
+
7
H33
Cao Mại, Lâm Thao, Phú Thọ
Việt lai 20
+
+
8
H37
TT. Lâm Thao, Phú Thọ
Việt lai 20
+
+
9
H27
TT. Lâm Thao, Phú Thọ
Khang dân
+
+
10
H29
Việt Trì, Phú Thọ
Bắc thơm 7
+
-
11
H34
Việt Trì, Phú Thọ
Khang dân
+
+
12
H31
Việt Trì, Phú Thọ
Q5
+
+
13
H28
Mê Linh, Vĩnh Phúc
Bắc thơm 7
+
+
14
H30
Yên Lập, Vĩnh Tường, Vĩnh Phúc
Bắc thơm 7
+
+
15
H35
Nghĩa Hưng, Vĩnh Tường, Vĩnh Phúc
Q5
+
+
16
H36
Vĩnh Yên, Vĩnh Phúc
Q5
+
+
17
H1
Đồng bằng sông Hồng
Cổ Loa, Đông Anh, Hà Nội
Bắc thơm 7
+
+
18
H2
Cổ Loa, Đông Anh, Hà Nội
Khang dân
+
+
19
H10
Cổ Loa, Đông Anh, Hà Nội
Khang dân
+
-
20
H11
Cổ Loa, Đông Anh, Hà Nội
Bắc thơm 7
+
+
21
H6
Xuân Nộn, Đông Anh, Hà Nội
Khang dân
+
+
22
H7
Xuân Canh, Đông Anh, Hà Nội
Bắc thơm 7
+
+
23
H9
Đông Anh, Hà Nội
Khang dân
+
-
24
H8
Tiên Dược, Sóc Sơn, Hà Nội
Bắc thơm 7
+
+
25
H4
Tiên Dược, Sóc Sơn, Hà Nội
Khang dân
+
-
26
H5
Tiên Dược, Sóc Sơn, Hà Nội
Bắc thơm 7
+
+
27
H3
Trung Rã, Sóc Sơn, Hà Nội
Khang dân
+
+
28
H19
Anh Dũng, Kiến Thụy, Hải Phòng
Nếp
+
+
29
H20
Anh Dũng, Kiến Thụy, Hải Phòng
HT1
-
+
30
H23
Anh Dũng, Kiến Thụy, Hải Phòng
Bắc thơm 7
+
+
31
H24
Kiến Thụy, Hải Phòng
Bắc thơm 7
+
+
32
H21
Đông Tiến, Quỳnh Phụ, Thái Bình
Q5
+
+
33
H22
Đông Tiến, Quỳnh Phụ, Thái Bình
Nếp 87
+
+
34
H38
Đông Mỹ, Đông Hưng, Thái Bình
Q5
+
+
35
H44
Phố Tăng, Đông Hưng, Thái Bình
Q5
+
-
36
H45
Phố Tăng, Đông Hưng, Thái Bình
Nếp 87
+
+
37
H46
Phố Tăng, Đông Hưng, Thái Bình
Bắc thơm 7
+
+
38
H50
Đông Mỹ, Đông Hưng, Thái Bình
Hương cốm
+
+
39
H53
Đông Mỹ, Đông Hưng, Thái Bình
Bắc thơm 7
+
+
40
H54
Đông Mỹ, Đông Hưng, Thái Bình
Nếp
+
+
41
H59
Đông Mỹ, Đông Hưng, Thái Bình
Bắc thơm 7
+
+
42
H61
Đông Mỹ, Đông Hưng, Thái Bình
NR11
+
+
43
H48
Hồng Lĩnh, Hưng Hà, Thái Bình
Q5
+
+
44
H60
Vũ Hội, Vũ Thư ,Thái Bình
Tạp giao
+
+
45
H49
Hồng Lĩnh, Hưng Hà, Thái ...

---