31
ctcggcgtga taagttatct atcgctgaga cactgtaaaa aggtggccat tgtatatgca
ag
Với primer ITS4, vùng rDNA-ITS của dòng SR-650 đã đọc được là
566bp. Trình tự như sau:
gtttttcacg ggggagatcc tacctgattt gagatcagat cataaaaatg tattttgtc
caagtcaagt cgactattag aagcggttcg tcttgcattt accttggcca cctttttac
agtgtcctca gcgatagata acttatcacg ccgagtggaa ccaagcataa cacttagag
atccagctaa taaacaaaga ggcgcagggt gtgaaactgc aaagacctcc aaaaccaaa
gtaagagacc gattgaatta acaaaaggtt tactttgaag atttcatgat actcaaaca
ggcatgctcc aaggaatacc aaggagcgca aggtgcgttc aaagattcga tgattcact
Gaattctgca attcacatta cttatcgcat ttcgctgcgt tcttcatcga tgcgagagt
caagagatcc gttgttgaaa cttagtatta gatgcgttac atcaattaca ttcgtttta
aatttaatag agtttgtatg ttaattgagt agacagcaaa agccaagaaa ggaggattt
atttttttta atgaaactcc cccttg

Sau đó chúng tôi so trình tự của 2 chuỗi DNA đã đọc được thì thu được
trình tự của vùng rDNA-ITS là 468bp. Trình tự như sau:

caagtgtgga gcttcattgc aaaacttttc cctccttctc ttggcttttg ctgtctactc
aattaacata caaactctat taaatttaaa acgaatgtaa ttgatgtaac gcatctaata
ctaagtttca acaacggatc tcttggctct cgcatcgatg aagaacgcag cgaaatgcga
taagtaatgt gaattgcaga attcagtgaa tcatcgaatc tttgaacgca ccttgcgctc
cttggtattc cttggagcat gcctgtttga gtatcatgaa atcttcaaag taaacctttt
gttaattcaa tcggtctctt actttggttt tggaggtctt tgcagtttca caccctgctc
ctctttgttt attagctgga tctctaagtg ttatgcttgg ttccactcgg cgtgataagt
tatctatcgc tgaggacact gtaaaaaggt ggccaaggta aatgcaag


Trong dấu {}là đoạn DNA tương đồng kết quả đọc được của dòng SR-650 với dòng
nấm mang mã số AB122126. Đoạn tương đồng này từ vị trí nucleotide 137 đến vị trí
605 dối với dòng nấm có mã số AB122126. Đoạn này có 468 nucleotide.

CLUSTAL X (1.83) multiple sequence alignment SR650
AB122126 AAGGATCATTATTGAATTTATTAATGAGGAGTAGAGTTGTAGCTGGCCATTTTTCTGGCA SR650
AB122126 ATGTGCACACTCTTCTCTTTCATCCACACACCCCTGTGCACCTGTGAGACAGTTACAAGG SR650 CAAGTGTGGAGCTTCATTGCAAAACTTTTCCCTCCTTCTCTTG
AB122126 TCATTTTGGAGTTTGGGCAAGTGTGGAGCTTCATTGCAAAACTTTTCCCTCCTTCTCTTG
*******************************************

SR650 GCTTTTGCTGTCTACTCAATTAACATACAAACTCTATTAAATTTAAAACGAATGTAATTG
AB122126 GCTTTTGCTGTCTACTCAATTAACATACAAACTCTATTAAATTTAAAACGAATGTAATTG
33
************************************************************

SR650 ATGTAACGCATCTAATACTAAGTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAG
AB122126 ATGTAACGCATCTAATACTAAGTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAG
************************************************************

Như vậy, kết quả đọc trình tự trực tiếp sản phẩm PCR được làm tinh sạch bằng
kit “GFX PCR DNA and Gel Band Purication” của công ty Amersham đã cho kết quả
tốt hơn so với sử dụng kit Quantum Prep Freeze “N Squeeze DNA gel Extraction Spin
Column” của BioRad. Tuy nhiên, với cùng 1 kit làm tinh sạch (của Amersham) và qui
trình đọc trình tự, vùng rDNA-ITS của dòng BV-62-03 chi đọc được 1 đoạn ngắn. điều
này cho thấy qui trình đọc trình tự với máy đọc trình tự DNA ABI 3100 của hãng
Applied Biosystem có thể là chưa hoàn thiện nên kết quả không ổn định.
34
PHẦN V
KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ

5.1.Kết luận
 Cải thiện được qui trình li trích DNA của nấm R. solani bằng cách thêm một
khâu khử protein. DNA tổng số thu được có thể sử dụng cho phản ứng PCR
mà không cần xử lí RNase.
 Chọn được thành phần phản ứng PCR để khuếch đại thành công vùng
rDNA-ITS của nấm R. solani.
 Bước đầu đã đọc được trình tự vùng rDNA-ITS của nấm R. solani .
5.2.Đề nghị
 Hoàn thiện qui trình đọc trình tự để có kết quả đọc trình tự tốt hơn.
 Đọc trình tự vùng rDNA-ITS của nhiều dòng nấm để có thể đánh giá sự đa
dạng di truyền của quần thể nấm này.
Tháp. Luận văn thạc sĩ ngành Nông Học đại học Nông Lâm, thành phố Hồ Chí
Minh.
5. Khuất Hữu Thanh, 2003. Cơ sở di truyền phân tử và kĩ thuật gen. Nhà xuất bản
Khoa Học và Kĩ Thuật, Hà Nội.
6. Nguyễn Văn Uyển, 1995. Những phương pháp công nghệ sinh học thực vật.
Nhà xuất bản Nông Nghiệp, thành phố Hồ Chí Minh.

Tiếng Anh

7. Banniza. S., Sy. A. A., Bridbe. P. D., Simons .S. A. and Holderness. M., 1999.
Characterization of populations of Rhizoctonia solani in Paddy Rice Fields in
Cote d’Ivoire. Phytopathology 89: 414 – 420.

36
8. Boysen. M., Borjia. M., Moral. C., Salazar. O., and Rubio. V., 1996.
Identification at strain level of Rhizoctonia solani AG4 isolates by direct
sequence or asymmetric PCR products of the ITS region. Curr. Genet. 29: 174 –
1811.
9. Butler, E. E., and Bracker, C. E, 1970. Morphology and cytology of
Rhizoctonia solani. Pages 32 – 51 in J. R. Pameter, Jr.,ed. Rhizotonia solani,
Biology and Pathology. University of California Press, Berkeley. 255pp.
10. Carling. D. E. and Sumner. D. R., 1992. Rhizoctonia. Pages 157 – 165 in:
Method for reseach on soilborne phytopathogenic fungi. L. L. Songton, J. D.
Mihail and Rush (eds). APS, St. Paul, Minnesota.
11. Hsiang. T., and Dean .J. D., 2001. DNA sequencing for anastomosis grouping
of Rhizotonia solani isolates from Poa annua. International turgrass society
research journal 9: 674 – 678.

Plants and Fungi. Methology. Pages 192 – 200.
22. White, T. J., Burns. T., Lee. S., and Taylor. L., 1991. Amplification and direct
sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetic. Pages 315 – 322
in . M. A. Innis, D. H. Gelfand, J. J. Sninsky and T. J. White (ed.) PCR
Protocol. A guide to method and appliffiaction. Academic Press, New York.

3. Internet

23.
24.
25.
26.

27.



40