MỤC LỤC

CHƯƠNG
TRANG
Lời cảm tạ..................................................................................................................iii
Tóm tắt........................................................................................................................iv
Mục lục.......................................................................................................................v
Danh sách các chữ viết tắt..........................................................................................viii
Danh sách các hình.....................................................................................................ix
Danh sách các bảng.....................................................................................................x
1. MỞ ĐẦU...............................................................................................................1
1.1.Đặt vấn đề ......................................................................................................2
1.2.Mục đích yêu cầu............................................................................................ 3
2. TỔNG QUAN TÀI LIỆU.....................................................................................3
2.1. Giới thiệu tổng quan về cây cacao ................................................................3
2.1.1. Nguồn gốc cây cacao.............................................................................3
2.1.2. Đặc điểm hình thái.................................................................................3
2.1.3.Yêu cầu sinh thái....................................................................................5
2.1.4. Các giống cacao ....................................................................................5
2.1.4. Đặc điểm chính của 21 dòng cacao nghiên cứu trong đề tài.................6
2.2. Qui trình ly trích DNA ở tế bào thực vật .......................................................6
2.3. Giới thiệu về kỹ thuật PCR............................................................................8
2.3.1. Nguyên tắc của kỹ thuật PCR ...............................................................8
2.3.2. Tối ưu hóa các điều kiện cho phản ứng PCR .......................................10
2.3.2.1. DNA mẫu................................................................................10
2.3.2.2. Taq polymerase ......................................................................10
2.3.2.3. Primer .....................................................................................11
2.3.2.4. Nhiệt độ bắt cặp.......................................................................13
2.3.2.5. Tỉ lệ primer/DNA khuôn mẫu ................................................14
v
2.3.2.6. Các thành phần khác................................................................14

...........................................................................................................................
...........................................................................................................................
...........................................................................................................................
...........................................................................................................................
...........................................................................................................................
...........................................................................................................................
...........................................................................................................................
...........................................................................................................................
...........................................................................................................................
...........................................................................................................................
...........................................................................................................................
...........................................................................................................................
...........................................................................................................................
...........................................................................................................................
...........................................................................................................................
...........................................................................................................................
...........................................................................................................................
...........................................................................................................................
...........................................................................................................................
...........................................................................................................................
...........................................................................................................................
...........................................................................................................................
...........................................................................................................................
...........................................................................................................................
...........................................................................................................................
...........................................................................................................................
...........................................................................................................................
...........................................................................................................................
...........................................................................................................................24
vii

3.2.5.1.Phản ứng multiplex PCR với 3 cặp primer.............................. 43
3.2.6.Điện di sản phẩm PCR.......................................................................... 45
viii
3.2.7.Phương pháp phân tích trình tự bằng máy giải trình tự DNA................ 45
3.2.8.Phương pháp nhận diện bằng phần mềm Cervus................................... 46
3.2.9.Phương pháp phân tích tính đa dạng di truyền bằng phần mềm
Genetix
4. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN.............................................................................. 50
4.1.Sản phẩm DNA li trích.................................................................................... 50
4.2.Sản phẩm PCR................................................................................................ 51
4.3.Dữ liệu Microsatellite để định danh 21 dòng cacao........................................ 52
4.4.Kết quả nhận diện các mẫu được mã hóa........................................................ 55
4.5. So sánh dữ liệu microsatellite .................................................................................. 58
4.6.Kết quả phân tích multiplex PCR................................................................... 59
4.7. Kết quả phân tích tính đa dạng di truyền....................................................... 61
5. KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ................................................................................... 63
6. PHỤ LỤC.............................................................................................................. 65
7. TÀI LIỆU THAM KHẢO .................................................................................... 83
DANH SÁCH CÁC CHỮ VIẾT TẮT
 µg: microgram
 µl: microlite
 µM: micromol/lite
 Al: Allele
 bp: base pair
 CT: Cần Thơ
 CTAB: Cetyltrimethylammonium bromide
 DNA: Deoxyribonucleic acid
 dNTP: Deoxyribonucleotide triphosphate
ix