1

Khám phá tương tác trội
nhờ phương pháp tối ưu đàn kiến
Detecting epistatic interactions using ant colony optimization method
NXB H. : ĐHCN, 2014 Số trang 64 tr. + Nguyễn Thị Chi

Đại học Công nghệ
Luận văn ThS ngành: Hệ thống thông tin;Mã số: 60 48 05
Người hướng dẫn: TS. Đỗ Đức Đông
Năm bảo vệ: 2014

Keywords: Hệ thống thông tin; Thuật toán; Phương pháp tối ưu đàn kiến; Bài toán tương
tác gen

Content
Tin sinh học là một lĩnh vực khoa học liên ngành, trong đó sinh học phân tử và tin học đóng
vai trò chủ đạo. Sinh học làm môi trường dữ liệu cơ sở, trên đó xây dựng và hoàn thiện các
chương trình xử lý dữ liệu ứng dụng làm công cụ hỗ trợ hiệu quả cho việc nghiên cứu, thu nhận
và sản xuất ra các sản phẩm sinh học mong muốn khác nhau phục vụ đời sống con người…Về cơ
bản, tin sinh học tập trung vào nghiên cứu và áp dụng các phương pháp cũng như các kĩ thuật
trong tin học để giải quyết các bài toán trong sinh học phân tử. Tin sinh học có tính ứng dụng cao
trong cuộc sống, đặc biệt trong lĩnh vực nông nghiệp và lĩnh vực y-dược.
Vấn đề về sức khỏe và bệnh tật của con người là những vấn đề rất được quan tâm và chú ý.
Hiện nay có rất nhiều các căn bệnh như: Bệnh ung thư, bệnh thoái hóa điểm vàng, bệnh tim
mạch… Tất cả đều là những căn bệnh di truyền. Có nhiều các tác nhân liên quan đến bệnh như:
Tác nhân vật lý, chế độ ăn uống, tác nhân hóa học,…, nhưng yếu tố di truyền vẫn là tác nhân
chính.

ACO. Ví dụ về bài toán người chào hàng giải quyết bằng thuật toán ACO.
Chương 3: Giới thiệu một vài thuật toán giải quyết bài toán tương tác gen với những ưu,
nhược điểm. Trình bày lại thuật toán AntEpiSeeker và trình bày về hàm kiểm định thống kê Chi-
square.
Chương 4: Đưa ra kết quả mà bài báo công bố, giải thích ý nghĩa của các tham số và ý nghĩa
đánh giá các thuật toán với nhau khi nào là tốt khi nào là xấu. Chạy thực nghiệm lại với một bộ
dữ liệu mô phỏng để so sánh tốc độ của thuật toán ban đầu với tốc độ sau khi xử lý song song hóa
các tác vụ của kiến và kiểm tra khả năng tìm ra tập các vị trí nucleotide biến đổi ở phương pháp
cập nhật mùi mới.

References
Tiếng Việt
[1] Đỗ Đức Đông (2012), Phương pháp tối ưu đàn kiến và ứng dụng, Đại học Công nghệ- Đại
học Quốc gia Hà Nội, luận án Tiến sĩ.
[2] Hoàng Trọng Phán, Trương Thị Bích Phượng, Trần Quốc Dung (2005), Giáo trình di truyền
học, Dự án Giáo dục Đại học- Đại học Huế.
Tiếng Anh
[3] W.Bateson (1909), “Mendel’s Principles of Heredity”, Cambridge University Press,
Cambridge.
[4] YM. Cho, MD. Ritchie, JH. Moore, JY. Park, KU. Lee, HD. Shin, HK. Lee, KS. Park
(2004), “Multifactor-dimensionality reduction shows a two-locus interaction associated with
type 2 diabetes mellitus”, Diabetologia, 47:549-554.
[5] HJ. Cordell (2002), “ Epistasis: what it means, what it doesn't mean, and statistical methods
to detect it in humans”, Hum Mol Genet, 11:2463-2468.
[6] D. Corne, M. Dorigo, F. Glover (1999), New Ideas in Optimization, McGraw-Hill.
[7] M. Dorigo, G. Di Caro, LM. Gambardella (1999), “Ant Algorithms for Discrete
Optimization”, Artificial Life, 5:137-172.
[8] M. Dorigo, T.Stützle (2004), Ant Colony Optimization, The MIT Press, Cambridge,
Masachusetts, 2004.
[9] M. Dorigo, L.M. Gambardella (1997), “Ant colony system: A cooperative learning

[21] CT. Tsai, LP. Lai, JL. Lin, FT. Chiang, JJ. Hwang, MD. Ritchie, JH. Moore, KL. Hsu,
CD.Tseng,CS. Liau, YZ.Tseng (2004), “Renin-angiotensin system gene polymorphisms and
atrial fibrillation”, Circulation, 109:1640-1646.
[22] Y. Wang, X. Liu, K. Robbins, R. Rekaya (2010), “AntEpiSeeker: detecting epistatic
interactions for case-control studies using a two-stage ant cology optimization algorithm”,
BMC Research Notes, 3:117.
[23] C. Yang, Z. He, X. Wan, Q. Yang, H. Xue, W. Yu (2009), “SNPHarvester: a filtering-based
approach for detecting epistatic interactions in genome-wide association studies”,
Bioinformatics, 25:504-511.
[24] Y. Zhang, JS. Liu (2007), “Bayesian inference of epistatic interactions in case-control
studies”, Nat Genet, 39:1167-1173.
Một số trang web
[25] http://hoiyhoctphcm.org.vn/Data/pdf/1212Dunstan.pdf
[26] http://vietsciences.free.fr/timhieu/khoahoc/ykhoa/ynghiacuatrisoP.htm
[27] http://www.zsinhhoc.blogspot.com/2013/01/tuong-tac-at-che.html
[28] http://math.hws.edu/javamath/ryan/ChiSquare.html
[29] http://xacsuatthongkea.wikispaces.com/file/view/Chuong+6.pdf
[30] http://timmachhoc.vn/y-hoc-thuc-chung/297-y-hc-thc-chng-sanofi.html
[31] http://tudu.com.vn/vn/y-hoc-thuong-thuc/diem-bao/tac-dong-gen-de-tri-benh-huong-di-
moi-trong-tuong-lai/