Luận văn tốt nghiệp đại học

GVHD: TS.Thái Khắc Minh, ThS. Đỗ Tường Hạ

CHƯƠNG 1: ĐẶT VẤN ĐỀ

SVTH: Lê Quang Hiển - 071933H

1


Luận văn tốt nghiệp đại học

GVHD: TS.Thái Khắc Minh, ThS. Đỗ Tường Hạ

Trong cơ thể con người, có nhiều quá trình hình thành hoặc huỷ hoại tế bào
thường xuyên diễn ra. Có những chất tưởng như là nguồn cung cấp dưỡng chất
chính của tế bào nhưng đồng thời cũng có thể làm hại tế bào, có những chất gây ra
những tác hại thì cũng có những chất đề kháng lại hoạt động này. Trong đó, gốc tự
do, oxy và chất chống oxy hóa là một thí dụ. Những phân tử này có liên hệ với nhau
và ảnh hưởng tới hoạt động sống của cơ thể con người rất nhiều, nhất là ở giai đoạn
cuối của cuộc đời.
Ngoài ra, một trong nhiều lý thuyết cố gắng giải thích nguyên nhân sự lão
hóa là tác dụng của những gốc tự do vào các phân tử trong cơ thể. Và để trì hoãn
tiến trình này, các chất chống oxy hóa đã được nghiên cứu và rất nhiều người cao
tuổi hiện nay đang dùng.
Trong quá trình hoá học, một điện tử bị tách rời thì lập tức phân tử đó trở
thành một gốc tự do. Do đó, gốc tự do này không cân bằng, không ổn định về điện
tử nên dễ tạo ra phản ứng và luôn luôn tìm kiếm điện tử từ các phân tử khác, và lần
lượt tạo ra một chuỗi những gốc tự do mới, gây rối loạn cho sinh hoạt bình thường
của tế bào. Trong cuộc đời của một người sống tới 70 tuổi, thì có chừng 17 tấn gốc

bệnh, đáng kể nhất gồm có: bệnh vữa xơ động mạch, ung thư, Alzheimer,
Parkinson, đục thuỷ tinh thể, bệnh tiểu đường, cao huyết áp không nguyên nhân, xơ
gan….
Gốc tự do được tạo ra bằng nhiều cách, có thể là sản phẩm của những căng
thẳng thần kinh, thể xác bệnh hay mệt mỏi, ô nhiễm môi trường, thuốc lá, dược
phẩm, tia phóng xạ mặt trời, thực phẩm có chất mầu tổng hợp, nước có nhiều clo và
ngay cả oxy.
Trong lĩnh vực y khoa hiện nay, vấn đề được đề cập nhiều nhất hiện nay là
tác hại của chất oxy hoá, phản ứng oxy hoá và nhấn mạnh sự cần thiết sử dụng các
chất chống oxy hoá để bảo vệ, duy trì sức khoẻ cho con người.
Tuy nhiên, việc nghiên cứu và tổng hợp ra một loại chất chống oxy hoá có
thông số chống oxy hoá xác định và được sử dụng cho con người gồm nhiều giai
đoạn rất phức tạp và khó khăn, đòi hỏi chúng ta phải tốn nhiều công sức và kinh
phí. Nhưng với sự hỗ trợ của máy tính, cụ thể là hoá tin học, công việc đã thực sự
đỡ nặng nề hơn, rút ngắn thời gian và ít tốn kém hơn. Chính điều này đang mở ra
một hướng đi mới cho việc tìm ra chất chống oxy hoá nói riêng và trong lĩnh vực
nghiên cứu và tổng hợp thuốc, chất hữu cơ nói chung. Với phương pháp này, trong
tương lai có thể thấy rõ được hình dạng cấu trúc của chất chống oxy hoá nhằm phục
vụ cho quá trình nghiên cứu sau này.
Trên thế giới đã có nhiều chất chống oxy hoá được tìm ra và xác định được
chỉ số chống oxy hoá, tuy nhiên ở đề tài này, hướng nghiên cứu chính là hợp chất
flavonoid. Vì hợp chất này có sự hiện diện rộng rãi trong nhiều loại thực vật xung

SVTH: Lê Quang Hiển - 071933H

3


Luận văn tốt nghiệp đại học



GVHD: TS.Thái Khắc Minh, ThS. Đỗ Tường Hạ

2. TỔNG QUAN
2.1. Tổng quan về chất chống oxy hoá
2.1.1.Khái niệm
Các chất chống oxy hóa là những chất khử mạnh và có hoạt tính với oxy cao
hơn dược chất mà nó bảo vệ.
Các chất chống oxy hóa là những chất mà khi hiện diện ở nồng độ thấp hơn
so với dược chất mà nó bảo vệ có khả năng làm trì hoãn hay làm giảm quá trình oxy
hóa của dược chất đó.
Trong cơ thể có nhiều hệ thống chống oxy hóa nội sinh có khả năng bảo vệ
những chất hóa học từ những phản ứng oxy hóa có hại bằng cách phản ứng với các
gốc tự do hay những dạng oxy hoạt động khác, vì vậy ngăn cản tiến trình oxy hóa.
Tuy nhiên sự cung cấp các chất chống oxy hóa nội sinh này có giới hạn vì thế cần
có nguồn bổ sung chất chống oxy hóa từ bên ngoài vào.
2.1.2. Cơ chế tác động của các chất chống oxy hóa
Các chất chống oxy hóa đóng vai trò là chất cho hydro đến các gốc tự do để
tạo thành các gốc tự do mới bền vững hơn.
Cơ chế phản ứng được thu gọn như sau:
K1

Chất khởi đầu
K2

R ° + O2

K4

RO°2 + RO°2


GVHD: TS.Thái Khắc Minh, ThS. Đỗ Tường Hạ

2.1.3. Phương pháp xác định hoạt tính chống oxy hóa
Trong các phương pháp xác định hoạt tính chống oxy hóa, các phương pháp
đánh bắt gốc tự do 1,1-diphenyl-2-picrylhydrazyl (DPPH) và mô hình beta-caroten acid linoleic dùng để đánh giá rất phù hợp để khảo sát hoạt tính chống oxy hóa của
các flavonoid, do các flavonoid khảo sát không hấp thu trong vùng hấp thu của
DPPH và beta-caroten. Hơn nữa sử dụng 2 phương pháp này rất thuận lợi để nghiên
cứu đánh giá mang tính sàng lọc và hàng loạt trên đối tượng mẫu khá lớn. Phương
pháp đánh bắt gốc tự do DPPH và mô hình beta-caroten - acid linoleic cũng được
rất nhiều tác giả áp dụng để nghiên cứu hoạt tính chống oxy hóa của các flavonoid.
2.1.3.1. Phương pháp đánh bắt gốc tự do DPPH
Dựa vào khả năng bắt giữ gốc tự do DPPH của chất có tác dụng chống oxy
hóa.
Nguyên tắc:
Các chất nghiên cứu có tác dụng chống oxy hóa theo cơ chế dập tắt gốc tự do
sẽ làm giảm màu của dung dịch DPPH. Xác định khả năng này bằng cách đo độ hấp
thu ở bước sóng có hấp thu cực đại tại 517 nm.
Mô tả:
Dùng 1 ml dung dịch flavonoid (nồng độ 10-4M pha trong methanol) cho vào
2 ml dung dịch DPPH ( nồng độ 10 mg/L pha trong methanol). Hỗn hợp được lắc
đều và để ở nhiệt độ phòng. Đo độ hấp thu sau 5 phút và 30 phút ở bước sóng 517
nm, mỗi lần đo 3 lần lấy giá trị trung bình. Mẫu đối chiếu được tiến hành trong cùng
điều kiện nhưng không sử dụng flavonoid.
Khả năng đánh bắt gốc tự do được tính theo công thức sau:
Khả năng đánh bắt gốc tự do (S%) được tính như sau:
𝐴𝑡𝑠
𝑆(%) = 100 × (1 − 𝑡 )
𝐴𝑐
Ast : Độ hấp thu của mẫu thử ở thời điểm t = 5 phút, 30 phút.


) Type equation here.

As0 : Độ hấp thu của mẫu thử ở thời điểm 0 phút.
Ast : Độ hấp thu của mẫu thử ở thời điểm t = 60 phút, 120 phút
Ac0 : Độ hấp thu của mẫu đối chiếu ở thời điểm 0 phút
Act : Độ hấp thu của mẫu đối chiếu ở thời điểm t = 60 phút, 120 phút
2.2 .Tồng quan về flavonoid và hoạt tính chống oxy hoá
2.2.1.Flavonoid
2.2.1.1.Định nghĩa:
Flavonoid là một nhóm hợp chất tự nhiên lớn thường gặp trong thực vật,
phần lớn có màu vàng và được chia làm nhiều nhóm khác nhau. Hầu hết flavonoid
có cấu trúc polyphenolic.
2.2.1.2.Nguồn gốc của flavonoid
Cũng như vitamin C, các flavonoid được khám phá bởi một trong những nhà
sinh hoá nổi tiếng nhất thế kỉ 20: Albert Szent – Gyorgyi (1893 – 1986). Ông nhận

SVTH: Lê Quang Hiển - 071933H

8


Luận văn tốt nghiệp đại học

GVHD: TS.Thái Khắc Minh, ThS. Đỗ Tường Hạ

giải Nobel năm 1937 với những khám phá quan trọng về đặc tính của vitamin C và
flavonoid.
2.2.1.3.Cấu trúc và phân loại
Flavonoid là một nhóm hợp chất lớn thường gặp trong thực vật. Cho đến nay


GVHD: TS.Thái Khắc Minh, ThS. Đỗ Tường Hạ

O

O

O

O

O
OH
O
Flavanon

Flavonol

Flavon

O

O

OH

O

O


dược liệu… Điều đó cho thấy flavonoid là một hợp chất có tiềm năng, cần nghiên
cứu sâu hơn, nhất là các flavonoid tổng hợp nhằm sàng lọc những hợp chất thuốc
tinh khiết, hoạt tính mạnh, hiệu quả và am toàn để có những bước phát triển lâm
sàng.

SVTH: Lê Quang Hiển - 071933H

10


Luận văn tốt nghiệp đại học

GVHD: TS.Thái Khắc Minh, ThS. Đỗ Tường Hạ

2.2.2.Hoạt tính sinh học của flavonoid
Đã có nhiều nghiên cứu tổng hợp và khảo sát hoạt tính sinh học các dẫn chất
flavonoid và chalcon cho thấy các dẫn chất này có tác dụng sinh học đáng kể trên cả
in vitro và in vivo. Các tác dụng sinh học đã được chứng minh bằng thực nghiệm
bao gồm tác dụng kháng khuẩn kháng nấm, tác dụng kháng viêm, tác dụng bảo vệ
tim mạch, kháng ung thư…
Nhiều nghiên cứu gần đây đã cho thấy các bệnh như ung thư, xơ vữa động
mạch, viêm mạn tính có liên quan đến sự stress oxy hóa (oxydative stress) do các
tác nhân oxy hóa có hoạt tính (reactive oxygen species) trong cơ thể. Các
polyphenol mà đặc biệt là flavonoid đã được chứng minh là những chất có khả năng
chống oxy hóa mạnh do có khả năng trung hòa các gốc tự do bằng cách đóng vai trò
là chất cho electron hay nguyên tử hydro (hình 3). Hệ thống liên hợp trong phân tử
flavonoid và một vài nhóm hydroxyl như nhóm –OH ở vị trí 3 trên dị vòng C và vị
trí 3’,4’ trên vòng B có vai trò quan trọng trong việc tạo thành các gốc tự do bền
sau khi đã cho electron hay nguyên tử hydro cho các gốc tự do không bền trong cơ
thể.

năm 1994, chemical abstracts liệt kê hơn 13 triệu chất nhưng chỉ một phần rất nhỏ
chúng có thể được tổng hợp. Nếu việc tìm kiếm những sản phẩm mới chỉ bằng cách
tổng hợp và thử những hợp chất mới mà không có một hướng dẫn nào thì đó thực
sự là một công việc lâu dài và tốn kém.
Việc những tính chất hóa học khác nhau có tác dụng sinh học khác nhau đã
được biết hàng triệu năm trước. Khả năng xác định cấu trúc đã sớm cho phép người
ta thành lập những mối lien hệ cấu trúc – tác dụng (SAR – Structure activity
Relationship), là những quan sát đơn giản mà một thay đổi xác định trong cấu trúc
hóa học có ảnh hưởng xác định lên hoạt tính sinh học. Khi mà cấu trúc hóa học (hay
rộng hơn là tính chất hóa lý hoặc các trường) được mô tả bằng những thông số mô
tả định lượng được thì ta có thể xây dựng mối tương quan cấu trúc – tác động sinh
học một cách định lượng (QSAR – Quantitative Structure activity Relationship). Sự

SVTH: Lê Quang Hiển - 071933H

12


Luận văn tốt nghiệp đại học

GVHD: TS.Thái Khắc Minh, ThS. Đỗ Tường Hạ

định lượng ở đây không liên quan đến việc tác dụng sinh học có định lượng được
hay không, mặc dù đó là một nhầm lẫn thường gặp. Mục tiêu của nghiên cứu QSAR
là tìm ra mô hình có khả năng dự đoán đáng tin cậy cho dẫn chất, nhờ đó định
hướng thiết kế và tổng hợp những chất phù hợp với mục đích nghiên cứu trong vô
vàn hợp chất hữu cơ đề cập ở trên.
QSAR cổ điển chỉ quan tâm 2D – QSAR (2 Dimensions – QSAR) là những
tính toán chỉ dựa trên những thông số công thức hoá học hai chiều. Một cách tổng
quát, còn có:

Variable). Các PC hay LV đều là sự kết hợp tuyến tính của tập hợp các biến độc
lập.
PC1 = a11v1 + a12v2 + …a1 NvN
PC2 = a21v1 + a22v2 + …a2 NvN
PCq = aq1v1 + aq2v2 + …aq NvN
LV1 = b11v1 + b12v2 + …b1 NvN
LV2 = b11v1 + b12v2 + …b1 NvN
LVq = bq1v1 + bq2v2 + …bq NvN
Nhưng khác biệt là PLS tính LV và các hệ số tương quan cùng một lúc. Đây
là quy trình lặp nhằm kết hợp bước PCA trong PCR với bước hồi quy. LV cũng như
PC được tính để giải thích phương sai trong tập các giá trị x trong khi vẫn giữ sự
trực giao với một LV khác. Vì vậy, LV đầu tiên sẽ giải thích phần lớn phương sai
trong tập độc lập, LV thứ hai giải thích phần lớn thứ hai và cứ tiếp như vậy. Điểm
khác nhau quan trọng giữa PLS và PCR là LV được tạo thành để mà tối đa hoá sự
tương quan với biến phụ thuộc. Không như phương trình PCr nơi mà các PC không
tham gia vào bất kì một thứ tự riêng nào thì LC sẽ tham gia vào phương trình PLS
theo thứ tự một, hai, ba… Một điểm mạnh cần đề cập của PLS là có thể tiến hành
trên lượng lớn thông số mô tả.
Cụ thể, việc xây dựng tiến hành theo thuật toán sau:
Giả sử, ta có m phân tử, mỗi phân tử được mô tả bởi một vector n hướng
(hay n phần tử, n vector) gồm các số thực xi=(xi1…xin), gồm các thông số mô tả cho
phân tử I (ví dụ, hoạt tính sinh học, logP hay tính khúc xạ). Giả sử mỗi phân tử có
một trọng số (con số thể hiện mức độ quan trọng) kèm theo, Wi là một số không âm.
Những trọng số này được coi như là xác suất tương đối bắt gặp phân tử kèm theo và
thường là tất cà đều bằng 1. Tuy nhiên, trong vài ứng dụng, những trọng số không
cân bằng thường đợc dung. Đặt W là tổng các trọng số.

SVTH: Lê Quang Hiển - 071933H

14

𝑊
𝑖=1

𝑚

1
𝑥0 = ∑ 𝑤𝑖 𝑥𝑖 ,
𝑊
𝑖=1

𝑚

1
𝑆 = ∑ 𝑤𝑖 (𝑥𝑖 − 𝑥0 )(𝑥𝑖 − 𝑥0 )𝑇
𝑊
𝑖=1

Phải cẩn thận khi giải các phương trình trên vì S thường suy biến (singular)
hoặc gần suy biến. Những phương trình bình thường được giải bằng chéo hoá ma
trận. Vì sao S đối xứng và dương, tất cả những giá trị riêng của nó là một số thực và
không âm. Vì vậy chúng ta có thể tính một ma trận trực giao Q và một ma trận chéo
D sao cho 𝑆 = 𝑄𝑇 𝐷𝑄 và các thành phần của ma trận D được xếp theo thứ tự giảm
dần. Ta lấy p giá trị riêng đầu tiên sao cho tất cả đều dương và điều kiện (giná trị
lớn nhất của p giá trị riêng được chia cho giá trị nhỏ nhất của p giá trị riêng) nhỏ
hơn ngưỡng nào đó được cài đặt trước. Ma trận chéo đảo ngược giả D* sau đó được
tạo thành với sự nghịch đảo p giá trị riêng đã chọn nằm trên đường chéo và bất cứ
chỗ nào bằng 0. Cuối cùng, ta xác định vector thông số a với 𝑎 = 𝑄𝑇 𝐷 ∗ 𝑄𝑏. Phương
pháp này gọi là hồi quy thành phần cơ bản (PCR).
Một biến đổi của PCR là bình phương tối thiểu từng phần (PLS) được dung
để xác định các thông số mô hình tuyến tính. Phương pháp này sẽ tạo những ước


Luận văn tốt nghiệp đại học

GVHD: TS.Thái Khắc Minh, ThS. Đỗ Tường Hạ

2.3.3.Phương pháp lựa chọn thông số mô tả trong xây dựng mô
hình QSAR
Có hai lý do mà ta không dùng tất cả thông số mô tả tính toán được để xây
dựng mô hình dự đoán. Đó là:
Độ đúng của dự đoán. Hệ số tương quan phụ thuộc vào cả độ lệch và
phương sai. Càng nhiều thông số mô tả thì độ lệch càng nhỏ nhưng độ phương sai
càng lớn. Vì vậy để cải thiện độ đúng của dự đoán bằng cách giảm phương sai của
những giá trị dự đoán, nên người ta giảm thông số mô tả.
Việc diễn giải ý nghĩa của mô hình. Với lượng lớn biến độc lập, ta thường
muốn tìm tập nhỏ hơn nhưng ảnh hưởng mạnh nhất.
Để lựa chọ thông số mô tả xây dựng mô hình tốt nhất (có khả năng dự đoán tốt
nhất) ta nhờ vào công cụ phân tích ngẫu nhiên (QSAR – Contingency) trong phần
mềm MOE 2008.10 và phương pháp lựa chọn phản hồi (wrapper) với chiến thuật
tìm kiếm lấy thêm (Forward Selection) trong phần mềm WEKA 3.7.0.
Phân tích ngẫu nhiên
Đây là một ứng dụng thống kê được thiết kế hỗ trợ lựa chọn thông số mô tả
cho QSAR. Về cơ bản nó phân tích tính ngẫu nhiên đồng biến của mỗi thông số mô
tả với giá trị hoạt tính. Nó cho ra một bảng hệ số mà ta có thể dựa vào đó để chọn
những thông số quan trọng.
Đặt X là thông số mô tả phân tử ngẫu nhiên và Y là giá trị hoạt tính ngẫu
nhiên. Ta muốn tính được mức độ các biến ngẫu nhiên Y và X liên quan với nhau
(hay phụ thuộc nhau), gọi là mẫu ngẫu nhiên gồm m cặp (yi,xi).
Phân tích tương quan. Tính đồng biến của hai biến X và Y ngẫu nhiên được
xác định bởi Cov(X,Y) = E(XY) - E(X) E(Y). Hệ số tương quan tuyến tính thể hiện
tính đồng biến và mức độ hai biến tương quan tuyến tính, được xác định:

𝑛𝑖𝑗
𝑚
𝑖𝑗

Có phân phối chi thích hợp. Hai hệ số kết hợp thường được dùng: hệ số
ngẫu nhiên C và cramer‟s V được xác định như sau:
𝐶 = √𝐵/(𝐵 + 𝑚) 𝑉 = √𝐵/𝑚𝑚𝑎𝑥 (𝐼 − 1, 𝐽 − 1)
Với I và J là số hộp i và j tương ứng. Cà hai đều nằm trong khoảng [0,1],
với 1 nghĩa là phụ thuộc và 0 là không phụ thuộc. Tuy nhiên, trong thực tế, không
có giá trị nào đạt được 1.
Hệ số không chắc chắn. Ta có thể xác định một hệ số dựa trên entropy của
những phân phối Pr(X,Y), Pr(Y|X) and Pr(X|Y). Hệ số không chắc chắn entropy, U,
được định nghĩa:

𝑈=2

𝐻𝑋 −𝐻𝑌 −𝐻𝑋𝑌
𝐻𝑋 +𝐻𝑌

Với HXY, HX và HY theo thứ tự là entropy của các phân phối Pr(X,Y), Pr(X)
và Pr(Y). Hệ số U luôn nằm trong khoảng [0,1], với 1 là phụ thuộc hoàn toàn và 0
là không phụ thuộc. Các thông số mô tả phù hợp với phương trình QSAR khi: C >
0,6; V > 0,2; U > 0.2; R2 > 0,2.

SVTH: Lê Quang Hiển - 071933H

18


Luận văn tốt nghiệp đại học

- Tập xây dựng mô hình được chia làm k phần.
- Lấy (k – 1) phần làm tập huấn luyện để xây dựng mô hình thứ cấp sử dụng thông

SVTH: Lê Quang Hiển - 071933H

19


Luận văn tốt nghiệp đại học

GVHD: TS.Thái Khắc Minh, ThS. Đỗ Tường Hạ

số mô tả đã chọn trước đó.
- Đánh giá mô hình thứ cấp bằng phần còn lại được giá trị bình phương hệ số
tương quan giữa giá trị dự đoán và giá trị thực nghiệm R2 và căn bậc hai của
tổng bình phương độ lệch giá trị dự đoán – giá trị thực nghiệm RMSE.
- Xáo trộn ngẫu nhiên k lần tập xây dựng mô hình và lặp lại từ đầu. Kết quả, giá trị
đánh giá chéo là trung bình của R2 (nếu là LOO thì là gọi là Q2) và RMSE sau k lần
lặp.
2.3.5. Quy trình thực hiện nghiên cứu QSAR

SVTH: Lê Quang Hiển - 071933H

20


Luận văn tốt nghiệp đại học

GVHD: TS.Thái Khắc Minh, ThS. Đỗ Tường Hạ



Loại bỏ chất gây nhiễu (outlier)
Tập hợp xây dựng mô hình (training set)
Dựa vào Z – score (Plot – MOE 2008.10)

Đánh giá khả năng dự đoán ngoại
Tập hợp đánh giá ngoại (external set)
R2,RMSE

Ứng dụng mô hình trong dự đoán
Giải thích mô hình
Xây dựng thư viện các hợp chất
Áp dụng mô hình dự đoán tìm ứng viên

SVTH: Lê Quang Hiển - 071933H

21


Luận văn tốt nghiệp đại học

GVHD: TS.Thái Khắc Minh, ThS. Đỗ Tường Hạ

Chương 3: ĐỐI TƯỢNG
VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU

SVTH: Lê Quang Hiển - 071933H

22


Sử dụng ᵦ-caroten, acid linoleic

Cấu trúc và giá trị hoạt tính kháng sốt của các chất được lưu trữ dạng
*.docx. Kết quả tổng hợp lưu trữ trong dạng *.xlsx.
Từ tập dữ liệu phức tạp trên các hợp chất được chọn lựa theo tiêu chí: (i)
cùng cách đánh giá hoạt tính chống oxy hoá (IC50), (ii) cùng đơn vị đo hoạt tính
(nM), (iii) cùng phương pháp xác định hoạt tính, (iv) có giá trị chất đối chiếu tương
đương. Số lượng chất không quá ít (≥ 50).
Dựa vào chất đối chiếu có thể quy đổi giá trị hoạt tính của các chất theo quy
tắc tam suất nếu chênh lệch giữa các giá trị hoạt tính của chất đối chiếu trong các

SVTH: Lê Quang Hiển - 071933H

23


Luận văn tốt nghiệp đại học

GVHD: TS.Thái Khắc Minh, ThS. Đỗ Tường Hạ

bài báo khác nhau từ năm lần trở lên. Do các IC50 có giá trị chênh lệch nhau nhiều
nên được đổi thành pIC50 = -log (IC50) để phù hợp cho việc xây dựng phương trình
tuyến tính quan hệ cấu trúc – tác dụng.

3.2.2. Xây dựng thông số mô tả
Cấu trúc 2 chiều (2D – 2 dimensions) và giá trị IC50 của các chất nghiên
cứu được lưu trữ bằng tập tin *.mdb trong phần mềm MOE 2008.10 (Molecular
Operating Environment phiên bản 2008.10) để tiến hành xây dựng các mô hình.
Trước tiên, các cấu trúc 3D được tối thiểu hoá năng lượng và động lực học
phân tử trong SYBYL. Sau đó, các cấu trúc 2D được tối thiểu hóa năng lượng

STT

Nhóm thông số mô tả 2D

1

Tính chất vật lý

2

Diện tích bề mặt được phân chia nhỏ

3

Đếm số nguyên tử và số liên kết

4

5

Mô tả
Không phụ thuộc cấu dạng
Tính theo hệ số phân chia octanol/nước
hay tính khúc xạ

Chỉ số hình dạng Kappa và chỉ số liên
kết Kier&Hall
Thông số ma trận khoảng cách và ma

Thể hiện mối liên kết giữa các nguyên

SVTH: Lê Quang Hiển - 071933H

25