BỘ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ ĐẠI HỌC QUỐC GIA TP.HCM
TRƯỜNG ĐH KHOA HỌC TỰ NHIÊN

CHƯƠNG TRÌNH KHCN CẤP NHÀ NƯỚC KC.04/06-10

BÁO CÁO TỔNG HỢP
KẾT QUẢ KHOA HỌC CÔNG NGHỆ ĐỀ TÀI

NGHIÊN CỨU ỨNG DỤNG TIN SINH
HỌC TRONG VIỆC PHÁT TRIỂN
VĂCXIN VÀ THUỐC
MÃ SỐ KC.04.18/06-10

Chủ nhiệm đề tài: Cơ quan chủ trì đề tài:
PGS.TS. BÙI VĂN LỆ GS. TS Trần Linh Thước
Ban chủ nhiệm Chương trình Bộ Khoa học và Công nghệ
Văn phòng các Chương trình GS.TSKH. Trần Duy Quý
TP Hồ Chí Minh - 2010 i


 31
 33

 34

 35

 35
 35

 36

e 40

 43

MHC 45
 49

 50
 50

  50
 c nhn din
bi t 
ng 54
1.2.4. Kt lun 58

iii


HMM- ANN 99

 102


 102

 109

 116


 119
 
 125
 
 130

 132
 132
 134
 134
 142
 152

v
4.2.  H5N1
 153
 153

 194
 194
 198

 198

 202
5.4.3. 

 204

 207

 208
TRONG
 209
t v 209
6.2. Vt li 210
6.2.1. Vt liu 210
6.2.2.  211
 222
6.3.1. 
 222

vii
6.3.2. 
 234
 240
6.3.4. 
 244

-SVM 343

HMM-ANN 355

 360

 374

 382


  386

E. coli 
 400

 
 421

ix
DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT AChRP 
ADT AutodockTools
Agonist 
Amp Ampicilline
ANN 
Antagonist 
APS Ammonium persulfate

Antigen)
HMM 
HPLC High Performance Liquid Chromatography
IEDB Immune Epitope Database
IFN-  Interferon
IPTG Isopropyl--D-thiogalactoside
IVR (Influenza Virus Resource)
kDa Kilo Dalton
LB  Bertani
LC
50
Lethal Concentration, 50%
LD
50
Lethal Dose, 50%
LOOCV 
Validation)
M1 Matrix protein 1
M2 Matrix protein 2
MCS Multi cloning site
MDCK Madin-Darby Canine Kidney
MHC Major Histocompatibility Complex

xi
MHC 
MHCBN Database of MHC Binding and Non-binding peptides
MHCPEP Database of MHC-binding Peptides
MP Matrix protein
NA Neuraminidase
nAChR Nicotinic acetylcholine receptor

SVM 
SYFPEITHI Database of MHC ligands and peptide motifs
TAE Tris-Acetic-EDTA
TCID
50
Tissue Culture Infectious Dose
50
TE Tris-EDTA
TEMED -Tetramethylethyldiamine
TFA Triflour acetic acid
-BTX -Bungarotoxin
-Cbtx -Cobratoxin

xiii
DANH MỤC CÁC HÌNH

Hình 1.1.  37
Hình 1.2. 



BLOSUM 50), Comb-- 
--BLOSUM 50) 47
Hình 1.3. 
 54
Hình 1.4. 





Hình 2.6.  74
Hình 2.7. 
 75
Hình 3.1. 
Hình 3.2. 
HMM 92
Hình 3.3.  xiv
 104
Hình 3.4. 
 105
Hình 3.5.  n kt c
 121
Hình 4.1.1. Vector pGEX-fljB 135
Hình 4.1.2
 141
Hình 4.1.3. Plasmid pGEX-
 144
Hình 4.1.4. E. coli 
pGEX-fljB-(hat)3 144
Hình 4.1.5. 

3
. 145
Hình 4.1.6. 

3
 145

Hình 4.2.1. 
 156
Hình 4.2.2.  
pGEX-fljB-H
BLT
. 158
Hình 4.2.3.  
-R/ fljB-F 159
Hình 4.2.4
 160
Hình 4.2.5. 
epitope N
BLT
 160
Hình 4.2.6. -fljB-E. coli
BL21(DE3). 161
Hình 4.2.7. 
E. coli BL21(DE3)/pGEX-fljB-H
BLT
162
Hình 4.2.8. 
GST-H
BLT
--PAGE 162
Hình 4.2.9. 
GST-H
BLT
--PAGE 163
Hình 4.3.1. 
 169

BKLT
)
2
--PAGE. 175
Hình 4.4.1. E. coli 
 180
Hình 4.4.2. E. coli DH5 
pGEX-fljB-habt. 182
Hình 4.4.3.  182
Hình 4.4.4. 
 183
Hình 4.4.5. -fljB-E. coli
BL21(DE3). 184
Hình 4.4.6. E. coli BL21 (DE3)/pGEX-fljB-habt 184
Hình 4.4.7. 
GST-HA
BT
--PAGE 185
Hình 4.4.8. 
GST-HA
BT
--PAGE. 186
Hình 5.1. 
 199
Hình 5.2. - 
 199

xvii
Hình 5.3. 
BLT

bng  233
Hình 6.14. ng cc h t
 235
Hình 6.15.  236

xviii
Hình 6.16. Kt qu n di kim tra sn phm ct pPICZ_peptide_model
b. 237
Hình 6.17
LBA 239
Hình 6.18. -
SDS PAGE 16 %. 239
Hình 6.19 241
Hình 6.20.  242
Hình 6.21.  -18 243
Hình 6.22. Polypeptide tinh ch bng HPLC. 244
xix
DANH MỤC CÁC BẢNG

Bng 1.1. ng 57
Bng 2.1.  68
Bng 2.2.  69
Bng 2.3.  69
Bng 2.4 70
Bng 2.5.  71
Bng 2.6.  71
Bng 2.7. 

Bng 3.16. 
 112
Bng 3.17. 
 113
Bng 3.18. 
 113
Bng 3.19. 
 114
Bng 3.20.  116
Bng 3.21. 



 117
Bng 3.22. 






 virus H5N1 118
Bng 3.23. V  123
Bng 3.24. 
 124
Bng 3.25.  sai lch ca peptide HA sau khi docking
c nghim 124

xxi
Bng 4.1.1

Bng 6.2 246
Bng 6.3. -
 247 1

ĐẠI HỌC QUỐC GIA TP. HỒ CHÍ MINH
TRƯỜNG ĐH KHOA HỌC TỰ NHIÊN CỘNG HOÀ XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM
Độc lập - Tự do - Hạnh phúc

TP. Hồ Chí Minh, ngày 20 tháng 09 năm 2010 BÁO CÁO THỐNG KÊ
KẾT QUẢ THỰC HIỆN ĐỀ TÀI

I. THÔNG TIN CHUNG
1. Tên đề tài: Nghiên cứu, ứng dụng Tin sinh học trong việc thiết kế phát triển
vắcxin và thuốc
Mã số đề tài: KC.04.18/06-10
Thuộc: Chương trình “Nghiên cứu, phát triển và ứng dụng công nghệ sinh
học”, mã số KC.04/06-10
2. Chủ nhiệm đề tài:

+ Kinh phí từ các nguồn khác : 0 tr.đ.
b) Tình hình cấp và sử dụng kinh phí từ nguồn SNKH:
Số
TT
Theo kế hoạch
Thực tế đạt được
Ghi chú
(Số đề nghị
quyết toán,
Tr.đ)
Thời gian
(Tháng, năm)
Kinh phí
(Tr.đ)
Thời gian
(Tháng, năm)
Kinh phí
(Tr.đ)
1
2008
1.200,0
19/08/2008
840,0

2
2009
1.572,0
29/05/2009
1.352,0


(khoa học, phổ
thông)
1.030
1.030
0
1.026
1.026
0
2
Nguyên, vật liệu,
năng lượng
840
840

816
816
0
3
Thiết bị, máy móc
1.037
1.037
0
892
892
0
4
Xây dựng, sửa chữa
nhỏ
0
0