34

ĐỀ CƢƠNG MÔN HỌC
SINH TIN HỌC
(Bioinformatics)

1. Thông tin chung về môn học
- Tên môn học: Sinh tin học
- Mã môn học: 211117
- Môn học: Bắt buộc
- Số tín chỉ: 02
- Các môn học tiên quyết: Sinh học phân tử, Di truyền số lượng, Phương pháp nghiên
cứu khoa học
- Giờ tín chỉ đối với các hoạt động: 45 tiết
+ Nghe giảng lý thuyết: 8 tiết
+ Sửa bài tập cá nhân và nhóm: 3 tiết
+ Hoạt động theo nhóm – thảo luận: 4 tiết
+ Thực hành, thực tập (ở Phòng máy tính): 30 tiết
+ Tự học: 45 tiết
2. Mục tiêu của môn học
Môn học giới thiệu cho sinh viên ngành Công nghệ Sinh học về hệ thống dữ liệu sinh
học (các ấn phẩm, công trình khoa học và các trình tự sinh học) và phương pháp khai thác dữ
liệu trên mạng Internet (bao gồm việc tìm kiếm và sử dụng các phần mềm trực tuyến). Đồng
thời, sinh viên cũng được làm quen một số công cụ phần mềm phân tích trình tự gene, protein
trong sinh học phân tử và kỹ thuật di truyền. Ngoài ra, việc phân tích các dữ liệu từ thực
nghiệm sinh học phân tử cũng được trình bày trong môn học này. Thông qua môn học, sinh
viên có khả năng tự tìm được các bài báo về nghiên cứu công nghệ sinh học, trình tự sinh học
như trình tự DNA, RNA, protein, các cấu trúc sinh học, xử lý các thông tin cũng như trình tự
sinh học đó như thiết kế mồi, sắp giống cột, tìm motif, tìm ORF, tạo cây phân loài từ trình tự
hay từ kết quả của các kỹ thuật marker phân tử.

Bài 3: Giới thiệu về cơ sở dữ liệu (CSDL) trình tự sinh học
Bài 4: Tìm kiếm các trình tụe sinh học
Bài 5: Tìm kiếm các trình tự sinh học bằng công cụ BLAST (tiếp theo)
Chƣơng 2: Sắp gióng cột (Alignment)
Bài 6: Săp gióng cột hai hay nhiều trình tự
Chƣơng 3: Công cụ BLAST
Bài 7: Công cụ BLAST cơ bản
Bài 8: Công cụ BLAST nâng cao
Chƣơng 4: Phân tích trình tự DNA cơ bản
Bài 10: Phân tích trình tự DNA
Chƣơng 5: Thiết kế mồi (primer)
Bài 9: Các bước thực hiện thiết kế mồi (primer) và các phần mềm thiết mồi
Bài 10: Trình tự dùng để thiết kế mồi và cách kiểm tra mồi
Chƣơng 6: Sơ lƣợc về công cụ đánh giá độ đa dạng di truyền bằng marker phân tử
và trình tự sin học
Bài 10: Sơ lược về phả hệ phân tử
Bài 11: Phân nhóm di truyền trên cơ sở biểu hiện đa hình từ kết quả điện di trong kỹ
thuật RAPD, RFLP, SSR, AFLP
Chƣơng 7: Một số công cụ hỗ trợ khác
Bài 12: Vẽ bản đồ plasmid
Bài 13: Trình kết quả trong nghiên cứu sinh học phân tử
Bài 14: HBO – Phần mềm sinh tin học Việt Nam đầu tiên
5. Học liệu
5.1. Học liệu bắt buộc: giáo trình do giảng viên soạn và cập nhật hằng năm
5.2 Học liệu tham khảo
1. David W. Mount. Bioinformatics. Sequence and Genome Analysis, 2
nd
ed
2. 2nd edition, Prentice Hall, 2001. Bioinformatics Genes, Proteins and Computers 1st
ed., Bios Scientific Publishers, 2003