BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO
TRƢỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP. HỒ CHÍ MINH
BỘ MÔN CÔNG NGHỆ SINH HỌC

KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP PHÂN TÍCH ĐA DẠNG DI TRUYỀN MỘT SỐ MẪU NẤM
Corynespora cassiicola (Berk. & Curt.) Wei GÂY BỆNH TRÊN
CÂY CAO SU (Hevea brasiliensis Muell. Arg.)
BẰNG PHƢƠNG PHÁP RFLP – PCR NGÀNH: CÔNG NGHỆ SINH HỌC
NIÊN KHÓA: 2001 – 2005
SINH VIÊN THỰC HIỆN: VŨ THỊ QUỲNH CHI
Thành phố Hồ Chí Minh


Hội đồng hƣớng dẫn: Sinh viên thực hiện:
PGS.TS. BÙI CÁCH TUYẾN VŨ THỊ QUỲNH CHI
ThS. PHAN THÀNH DŨNG
Thành phố Hồ Chí Minh
-2005- iii

LỜI CẢM TẠ

Chân thành cảm ơn:
Ban Giám Hiệu trường Đại Học Nông Lâm Tp. Hồ Chí Minh, Ban Chủ Nhiệm
Bộ Môn Công Nghệ Sinh Học, cùng tất cả quý thầy cô đã truyền đạt những
kiến thức quý báu cho tôi trong suốt thời gian học tại trường.
Ban giám đốc Viện Nghiên Cứu Cao Su Việt Nam đã tạo điều kiện thuận lợi
cho tôi thực tập và hoàn thành tốt khóa luận tốt nghiệp .
PGS.TS Bùi Cách Tuyến cùng ThS. Phan Thành Dũng – Viện Nghiên Cứu Cao
Su Việt Nam – đã tận tình hướng dẫn, giúp đỡ tôi hoàn thành khóa luận.
TS. Bùi Minh Trí và TS. Đinh Duy Kháng đã có những chỉ dẫn, động viên giúp
tôi thực hiện tốt khóa luận này.
KS. Nguyễn Ngọc Mai cùng các cô chú, anh chị là cán bộ công nhân viên Bộ
Môn Bảo Vệ Thực Vật/Viện Nghiên Cứu Cao Su đã nhiệt tình giúp đỡ và

cũng là cách giúp khống chế bệnh nhanh hơn, trước khi bệnh lây lan. Những nghiên
cứu trên thế giới cho thấy, nấm C. cassiicola có sự phân hóa trong cùng loài,
C. cassiicola trên các dòng vô tính cao su khác nhau có sự khác biệt về di truyền, nhờ
đó có thể nhận biết C. cassiicola qua khả năng gây bệnh cho các dòng vô tính cao su
khác nhau. Việc nghiên cứu đa dạng di truyền của nấm C. cassiicola trên cây cao su ở
nước ta là một việc làm cần thiết nhằm tìm hiểu mối quan hệ giữa sự đa dạng di
truyền của C. cassiicola với tính kháng của một số dòng vô tính cao su đang được
trồng ở Việt Nam.

Kết quả đạt được:

Nhận diện được triệu chứng đặc trưng của bệnh rụng lá Corynespora trên cây
cao su.

Thu thập mẫu bệnh trên 32 dòng vô tính cao su khác nhau, tiến hành quy trình
chẩn đoán và phân tích đa hình vùng ITS của nấm C. cassiicola bằng phương pháp
RFLP – PCR trên 7 dòng vô tính.

Qua phân tích chúng tôi đi đến kết luận:

Quy trình phản ứng PCR đối với nấm C. cassiicola của Silva và cộng sự
(1998) có thể sử dụng để nghiên cứu vùng ITS nấm C. cassiicola ở Việt Nam.

Chẩn đoán bệnh Corynespora bằng cách nhận diện sản phẩm khuếch đại vùng
ITS sử dụng cặp primer ITS A và ITS B là không hiệu quả, sản phẩm thu nhận được
không đặc trưng cho nấm C. cassiicola.
v

2.2.2. Phạm vi phân bố 4
2.2.3. Phạm vi ký chủ và khả năng gây bệnh 5
2.2.4. Đặc tính sinh học của C. cassiicola 5
2.3. Nấm C. cassiicola (Berk. & Curt.) Wei trên cây cao su Hevea brasiliensis
Muell. Arg 6
2.3.1. Sự xuất hiện của nấm C. cassiicola (Berk. & Curt.) Wei trên cây cao su
Hevea brasiliensis 6
2.3.2. Tình hình bệnh do C. cassiicola gây ra trên cây cao su tại một số nước
trồng cao su 6
2.3.3. Đặc tính sinh học của nấm C. cassiicola trên cây cao su 9
2.4. Triệu chứng bệnh của cây cao su bị nhiễm bệnh do C. cassiicola 9 vii

2.5. Kỹ thuật polymerase chain reaction (PCR) 10
2.5.1. Nguyên tắc của phản ứng PCR 10
2.5.2. Các yếu tố ảnh hưởng đến phản ứng PCR 12
2.6. Enzyme cắt giới hạn (restriction endonuclease – RE) 14
2.6.1. Giới thiệu 16
2.6.2. Định danh các enzyme 15
2.6.3. Trình tự nhận biết của các enzyme cắt giới hạn 16
2.6.4. Sử dụng các enzyme cắt giới hạn trong phân tích DNA 16
2.6.5. Phân tích kết quả của các phản ứng cắt bằng RE 18
2.6.6. Bản đồ giới hạn 19
2.7. Vùng ITS và vai trò của nó trong phân tích đa dạng di truyền 19
2.8. Những nghiên cứu về C. cassiicola trong và ngoài nước 21
2.8.1. Những nghiên cứu về C. cassiicola ngoài nước 21
2.8.2. Những nghiên cứu về C. cassiicola trong nước 23
3. VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP TIẾN HÀNH 24
ix

DANH SÁCH CÁC CHỮ VIẾT TẮT

PCR: Polymerase Chain Reaction.
RE: Restriction endonuclease.
PDA: Potato Dextrose Agar.
PSA: Potato Saccharose Agar.
EtBr: Ethidium Bromide.
TE: Tris EDTA.
TAE: Tris Glacial Acetic Acid EDTA.
RFLP: Restriction Fragments Length Polymorphism.
ITS: Internal Transcribed Spacer.
RAPD: Random Amplified Polymorphism DNA.
Bp: base pairs
rRNA: ribosomal RNA.
dvt: dòng vô tính.
BVTV: bảo vệ thực vật
VNCCSCN: Viện Nghiên Cứu Cao Su Việt Nam x

DANH SÁCH CÁC BẢNG

BẢNG TRANG
Bảng 2.1: Một vài RE và vị trí phân cắt của nó 15
Bảng 2.2: Liệt kê các RE xếp thứ tự theo bản chất vị trí cắt của nó 17