Phân tích đặc điểm sinh học phân tử gen NP,
gen M và gen NS của một số chủng virus
cúm A/H5N1 mới xuất hiện năm 2011 tại
Việt Nam Phạm Thị Duyên

Trường Đại học Khoa học Tự nhiên
Luận văn ThS chuyên ngành: Vi sinh vật học; Mã số: 60 42 40
Người hướng dẫn: PGS.TS. Lê Thanh Hoà
Năm bảo vệ: 2012 Abstract: Thu nhận các phân đoạn gen NP, M, NS và giải trình trình tự 3 phân
đoạn gen này của một số chủng virus cúm A/H5N1 phân lập từ bệnh phẩm gây
bệnh cúm gia cầm ở Việt Nam năm 2011. Phân tích, so sánh sự biến đổi trình tự
nucleotid của 3 phân đoạn gen NP, M, NS và trình tự amino acid suy diễn của các
chủng được phân lập với một số chủng virus cúm A/H5N1 của Việt Nam và thế
giới có trong Ngân hàng gen. Phân tích mối quan hệ phả hệ của các chủng virus
nghiên cứu nói trên với các chủng trên thế giới dựa trên cấu trúc 3 phân đoạn gen
NP, M, NS.

Keywords: Sinh vật học; Vi sinh vật học; Virus cúm Content
MỞ ĐẦU
Virus cúm A/H5N1 thuộc nhóm virus cúm A, họ Orthomyxoviridae, bộ

1.1. Bệnh cúm gia cầm A/H5N1
1.1.1. Tình hình bệnh cúm A/H5N1 trên thế giới
Năm 1996, virus cúm A/H5N1 gây dịch cúm gia cầm ở Quảng Đông (Trung Quốc).
Một năm sau (1997) dịch cúm gia cầm A/H5N1 xuất hiện ở Hồng Kông, đã có 6 người tử
vong trong tổng số 18 người xác định nhiễm virus cúm A/H5N1 trong vụ dịch này, và là
lần đầu tiên virus cúm chim lây truyền trực tiếp sang người [75].
Đặc biệt, virus cúm A/H5N1 có khả năng gây bệnh được trên người, với hàng trăm
người nhiễm và tử vong trong các vụ dịch cúm gia cầm xảy ra ở các quốc gia trên thế giới
[77], [80]. Virus cúm A/H5N1 được coi là virus có độc lực cao nhất cho đến nay [2], [70].
Tuy nhiên vẫn chưa có bằng chứng sinh học cho thấy chủng virus cúm A/H5N1 đang lưu hành, có khả năng dễ dàng thích ứng lây nhiễm từ gia cầm sang người và giữa người với
người. Các trường hợp người nhiễm virus cúm A/H5N1 được xác định là do tiếp xúc trực
tiếp với gia cầm bệnh, hoặc do các yếu tố sinh học cá thể hay gia hệ có liên quan đến khả
năng tăng tính cảm thụ với virus [7], [41], [80].
1.1.2. Tình hình bệnh cúm A/H5N1 tại Việt Nam
Dịch cúm gia cầm A/H5N1 bùng phát lần đầu tiên vào tháng 12/2003, chỉ trong hai
tháng dịch đã nhanh chóng lây lan ở 52/64 tỉnh/thành trong cả nước, đã có 3 người nhiễm
và cả 3 đều bị tử vong (100%) trong vụ dịch này [53].
Cho đến nay, dịch bệnh liên tục tái bùng phát nhiều đợt hàng năm ở nhiều địa
phương trong cả nước, và gần đây trong các tháng đầu năm 2012 dịch tái bùng phát trở lại
ở các tỉnh: Thanh Hoá, Nghệ An, Hà Tĩnh, Quảng Trị, Sóc Trăng với 2 trường hợp tử
vong trên người trong 2 tháng đầu năm 2012 [79].
1.2. ĐẶC ĐIỂM SINH HỌC VIRUS CÚM A/H5N1
1.2.1. Phân loại và danh pháp virus cúm A/H5N1
- Vị trí phân loại của virus cúm A/H5N1
Virus cúm A/H5N1 thuộc nhóm virus cúm A, họ Orthomyxoviridae, bộ
Mononegavirales [6], virus có đặc tính thích ứng đa vật chủ, lưu hành chủ yếu ở quần thể
chim hoang dã, gây bệnh đường hô hấp phổ biến và gây ra dịch cúm ở gia cầm từ năm

- Hình thái: Virus cúm A/H5N1 cũng như nhóm virus cúm A tồn tại dưới dạng các
hạt virus (virions). Hạt virus (virion) có cấu trúc hình khối đa diện, đường kính khoảng 80
– 120 nm, đôi khi là dạng hình khối kéo dài thành hình sợi đường kính 20 nm và dài từ 200
- 300 nm (Hình 1.4). Phân tử lượng của một hạt virion vào khoảng 250 triệu dalton [49].
- Cấu tạo hạt virus cúm A/H5N1:
Cấu tạo hạt virus cúm A/H5N1: Hạt virus cúm A/H5N1 có cấu tạo đơn giản, bao
gồm: vỏ capsid và lõi là RNA sợi đơn âm (Hình 1.4).

Hình 1.4. Ảnh chụp và mô hình tiểu phần virus cúm A [2].
(A: Ảnh chụp các tiểu phần virus cúm A dưới kính hiển vi điện tử truyền qua. B: Mô hình
cấu tạo hạt virus cúm A, Hemagglutinin: phân tử kháng nguyên HA, Neuraminidase: phân
tử kháng nguyên NA, Capsid: vỏ virus, Lipid envelope: lớp màng bao lipid, RNA: hệ gen
virus).

1.3.2. Đặc điểm sinh học phân tử hệ gen virus cúm A/H5N1

Như vậy, gen M của hệ gen virus cúm A/H5N1 mã hóa cho ít nhất 2 protein là:
protein nền M1 và protein nội màng - kênh ion M2, bởi các khung đọc mở khác nhau.
Protein M1 gồm 252 aa được mã hóa từ một mRNA của phân đoạn M không cắt - ghép.
Protein M2 gồm 97 aa được mã hóa từ mRNA M2 đã cắt - ghép từ mRNA phân đoạn MA
nguyên thuỷ.
- Đặc điểm cắt – ghép mRNA xảy ra ở phân đoạn 8 (gen NS)
Phân đoạn gen 8 (gen NS) là phân đoạn có kích thước nhỏ nhất trong genome của
virus cúm A, mã hoá 2 loại protein là protein NS1 và protein NS2 từ các mRNA riêng biệt,
được tạo thành do quá trình cắt - ghép từ cùng một mRNA (Hình 1.8).
Hình 1.8. Mô hình minh họa hiện tượng cắt – ghép mRNA phân đoạn gen 8 (gen NS) ở
virus cúm A [34].

1.4. CẤU TRÚC VÀ CHỨC NĂNG CÁC PROTEIN NP, M VÀ NS CỦA VIRUS
CÚM A/H5N1
1.4.1. Protein NP (Nucleoprotein)
Protein NP (nucleoprotein) là một loại protein được photphoryl hóa, biểu hiện đặc
tính kháng nguyên đặc hiệu theo nhóm và tồn tại trong hạt virus liên kết với mỗi phân đoạn
RNA dạng xoắn anpha, tạo thành dạng cấu trúc ribonucleoprotein [51].

Cụ thể:
- Protein NS1:
Protein NS1 được tổng hợp từ mRNA phân đoạn 8 không cắt ghép [61] trọng lượng
phân tử theo tính toán là 27x10
3
Da (trên thực tế là 25x10
3
Da) [75]. NS1 có cấu trúc bậc 2
đối xứng hai bên gồm 6 nếp gấp xoắn anpha. Cấu trúc không gian 3 chiều mới của nó không giống như bất kì cấu trúc nào khác hiện tại trong cơ sở dữ liệu đặc tính protein. Mỗi
chuỗi đối xứng chứa 73 aa và có khối lượng chuỗi polypeptide là 18 kDa (Hình 1.11-A)
[2], [59].

1.5. Tầm quan trọng của nghiên cứu đặc tính và biến đổi di truyền các gen NP, M và
NS của virus cúm A/H5N1
Bên cạnh các đột biến xảy ra trên các gen kháng nguyên HA(H5) và NA(N1) của
virus cúm A/H5N1, tạo ra hiện tượng ”lệch kháng nguyên” hình thành nên các clade virus
mới. Các đột biến xảy ra trên các gen NP, M và NS cùng với hiện tượng cắt – ghép gen,
xảy ra ở các gen này trong hệ gen virus cúm A/H5N1, đều có liên quan đến độc tính và khả
năng gây bệnh của virus.
Điều đặc biệt nguy hiểm là thông qua những đột biến này cùng với sự trao đổi chéo
các phân đoạn gen trong hệ gen, giữa các chủng virus cúm A/H5N1 đang lưu hành sẽ tạo
ra các chủng virus mới. Các chủng virus này sẽ có thể thu nhận và tăng cường khả năng
gắn vào tế bào của người bị virus xâm nhiễm. Bên cạnh đó, rất có thể những biến đổi này
cũng là bước chuẩn bị cho việc phân hóa dòng virus hiện tại thành những dòng virus khác.
Bởi vì đã từng có tiền lệ cho thấy, virus A/H5N1 phân hóa thành những dòng virus khác
nhau như ở Trung Quốc từ 1997 tới năm 2001 có tới 6 dòng virus A/H5N1 lưu hành trên
thủy cầm (đó là các dòng A, D, C, D, E và Xo). Thế nhưng đến năm 2002, xuất hiện 8

- Phương pháp so sánh đối chiếu kết quả bằng chương trinh tin-sinh học.
- Phương pháp xác định hệ số tương đồng và nguồn gốc phả hệ
CHƢƠNG 3
KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN
2 1 M
3.1. THU NHẬN, GIẢI MÃ GEN NP, GEN M VÀ GEN NS CỦA VIRUS CÚM
A/H5N1 CHỦNG Dk-VN-QT800 VÀ Dk-VN- QT1603
3.1.1. Tách RNA tổng số và thực hiện phản ứng RT-PCR


3,9 kb
M 1 2
A
M 1 2 3 4
B
2 kb
1,027 kb
1,027 kb
3,9 kb
2 kb
M 1 2
M 1 2
A
B
M 1 2 3 4
phẩm RT-PCR cần tách dòng. DNA plasmid tái tổ hợp được giải trình tự và thu nhận chuỗi
gen NP của 2 chủng nghiên cứu. Toàn bộ gen NP gồm 1497 nucleotide mã hóa cho 498
amino acid (hình 3.3, phụ lục 1.A)
Hình 3.2. Kết quả điện di sản phẩm RT-PCR và DNA plasmid tái tổ hợp gen NP
(A): Kết quả điện di kiểm tra sản phẩm RT-PCR trên thạch agarose 1%, M: thang DNA
chuẩn, Giếng 1 và giếng 2: sản phẩm RT-PCR chủng Dk-VN-QT800 và chủng Dk-VN-
QT1603; (B): DNA plasmid tái tổ hợp cắt bằng enzym EcoRI, M: thang DNA chuẩn,
giếng 1, giếng 2: DNA plasmid tái tổ hợp clone 1 và clone 2 chủng Dk-VN-QT800; giếng
3, giếng 4: DNA plasmid tái tổ hợp clone 1 và clone 2 của chủng Dk-VN-QT1603 .

có kích thước khoảng 1 kb; (B): DNA plasmid tái tổ hợp cắt bằng enzym EcoRI, M: chỉ thị
phân tử DNA, giếng 1, giếng 2: DNA plasmid tái tổ hợp clone 1 và clone 2 của chủng Dk-
VN-QT8000, giếng 3, giếng 4: DNA plasmid tái tổ hợp clone 1 và clone 2 của chủng Dk-
VN-QT1603.

Hình 3.4B là kết quả điện di DNA plasmid tái tổ hợp của clone tương ứng sau khi cắt
bằng enzym giới hạn EcoRI để kiểm tra đoạn DNA chèn vào. Kết quả ở hình 3.3B cho thấy,
có hai băng DNA hiển thị trên thạch agarose, một băng có kích thước khoảng 3,9 kb tương
ứng với kích thước của vector pCR
®
2.1-TOPO và một băng có kích thước khoảng 1 kb
tương ứng với đoạn DNA từ sản phẩm RT-PCR cần tách dòng.
Tiến hành giải trình tự DNA plasmid của clone tương ứng với mỗi chủng. Sau khi
giải trình tự đã thu được chuỗi DNA của gen M gồm 2 gen M1 (759 bp) và M2 (294 bp)
3.1.4. Thực hiện RT-PCR, thu nhận và giải trình tự gen NS
Phân đoạn 8 mã hóa gen NS của virus cúm A/H5N1 chủng Dk-VN-QT800 và Dk-
VN-QT1603 được nhân lên bằng phản ứng RT-PCR từ nguồn khuôn RNA tổng số sử dụng
cặp mồi NSF1-NSR1 (Bảng 2.1) với chu trình nhiệt tương ứng trình bày ở hình 2.2.
Kết quả điện di kiểm tra sản phẩm RT-PCR được thể hiện ở hình 3.6A, đó là một
băng DNA đặc hiệu có độ dài khoảng 0,9 kb tương ứng với kích thước của phân đoạn gen
NS cần nhân lên.

380 * 400 * 420 * 440 *
AAAGCAAACTTCAGTGTGATTTTTGACCGATTAGAAACCCTAATACTGCTTAGAGCTTTCACAGAAGAAGGAGCA
K A N F S V I F D R L E T L I L L R A F T E E G A>
> 460 * 480 * 500 * 520
ATCGTGGGAGAAATCTCACCATTACCTTCTCTTTCAGGACATACTAGGGAGGATGTCAAAAATGCAATTGGCGTC
I V G E I S P L P S L S G H T R E D V K N A I G V>
>
D I L G R M S K M Q L A S>
> * 540 * 560 * 580 * 600
CTCATCGGAGGACTTGAATGGAATGATAACACAGTTAGGATCTCTGAAACTATACAGAGATTCGCTTGGAGAAGC
L I G G L E W N D N T V R I S E T I Q R F A W R S>
>
S S E D L N G M I T Q L G S L K L Y R D S L G E A>
>

* 620 * 640 * 660 *
AGTGATGAGGGTGGGAGACTTCCACTCCCTCCAAATCAGAAACGGAAAATGGCGAGAACAATTGAGTCAGAGGTT
S D E G G R L P L P P N Q K R K M A R T I E S E V >
>

V M R V G D F H S L Q I R N G K W R E Q L S Q R F>
>

680 * 700 * 720 * 740 *


Hình 3.6. Kết quả điện di sản phẩm RT-PCR và DNA plasmid tái tổ hợp gen NS
(A): Kết quả điện di kiểm tra sản phẩm RT-PCR trên thạch agarose 1%, M: Chỉ thị phân tử
DNA chuẩn, giếng 1 và giếng 2: sản phẩm RT-PCR của chủng Dk-VN-QT8000 và chủng
Dk-VN-QT1603 có kích thước khoảng 0,89 kb; (B): DNA plasmid tái tổ hợp cắt bằng
enzym EcoRI, M: Chỉ thị phân tử DNA chuẩn, giếng 1, giếng 2: DNA plasmid tái tổ hợp
clone 1 và clone 2 của chủng Dk-VN-QT8000, giếng 3, giếng 4: DNA plasmid tái tổ hợp
clone 1 và clone 2 của chủng Dk-VN-QT1603.
DNA plasmid tái tổ hợp sau đó được giải trình tự và thu nhận được chuỗi DNA của
phân đoạn 8 chứa 2 gen NS1 gồm 678 bp và NS2 gồm 366 bp (Hình 3.7, phụ lục 1.C).
Kết quả giải trình tự nucleotide và so sánh với các chủng cho thấy, gen NP của hai
chủng Dk-VN-QT800 và Dk-VN-QT1603 có 186 vị trí nucleotide sai khác với các chủng
so sánh, dẫn tới 27 amino acid sai khác với các chủng so sánh (Phụ lục 2.A).
Bảng 3.2 liệt kê những vị trí sai khác lớn giữa 2 chủng nghiên cứu với 20 chủng
được so sánh.
- Trong đó có 27 vị trí sai khác lớn giữa 2 chủng nghiên cứu với các chủng lựa
chọn so sánh, cụ thể: (G ↔ A) tại các vị trí 222, 225, 237, 294, 486, 531, 810, 846, 1194,
1212, 1242, 1308, 1377, 1452, 1455; (C↔T) tại các vị trí 363, 396, 513, 822, 939, 1035,
1110, 1191, 1230, 1254; (C↔A) tại vị trí 349, 1257. Đặc biệt 2 chủng trong nghiên cứu có
4 nucleotide sai khác hoàn toàn so với hầu hết các chủng so sánh ở các vị trí: 486, 531,
846, 1035.
- Đối với chủng Dk-VN-QT800, có 8 vị trí nucleotide sai khác hoàn toàn so với các
chủng so sánh còn lại, cụ thể (A↔G) tại vị trí 647, 898, 1200,1248, (T↔C) tại vị trí 861,
921, 1280, 1404.
- Chủng Dk-VN-QT1603 có 5 vị trí nucleotide sai khác hoàn toàn của so với các
chủng so sánh còn lại, cụ thể (T↔C) tại vị trí 177, 809, 1036, (A↔G) tại các vị trí 746,
1011.
Những sai khác về nucleotide nêu trên dẫn đến thay đổi về amino acid ở 6 vị trí
(Bảng 3.2). Trong đó chỉ 03 vị trí sai khác hoàn toàn giữa chủng Dk-VN-QT800 với các
chủng so sánh, cụ thể: (K↔R) tại vị trí 216, (R↔G) tại vị trí 300, (V↔A) tại vị trí 427. Tương tự cũng có 3 vị trí có sai khác hoàn toàn giữa chủng Dk-VN-QT1603 với các chủng
so sánh, đó là: (E↔G) tại vị trí 249, (A↔V) tại vị trí 270, (L↔F) tại vị trí 346.
Như vậy, gen NP của hai chủng Dk-VN-QT800 và Dk-VN-QT1603 có một số sai
khác lớn về thành phần nucleotide, tuy nhiên những sai khác về nucleotide này không làm
thay đổi nhiều về thành phần amino acid của chuỗi polypeptide NP.2.1.2. Phân tích sự đồng nhất về nucleotide và tương đồng về amino acid

98
98
95
98
96
95
95
95
98
94
96
96
95
97
96
96
97
95
96
2
98

98
98
98
95
99
97
95
95

97
97
97
95
97
4
99
99
99

99
96
99
97
95
95
96
98
95
97
97
95
97
97
97
97
95
97
5
99

99
99
98
96
95
96
96
97
96
97
97
96
96
97
7
99
99
99
100
100
98

97
96
96
96
99
95
97
97

9
98
98
98
99
99
99
99
99

100
98
96
95
96
96
97
96
97
97
96
96
97
10
98
98
98
99
99
99

96
96
97
97
97
97
96
96
98
12
98
98
98
99
99
98
99
99
98
98
98

95
98
98
96
98
97
97
98

100
98
100
100
99
99
99
99
99

99
96
99
98
98
98
96
98
15
99
99
99
100
100
98
100
100
99
99
99

97
96
96
98
17
99
99
99
100
100
98
100
100
99
99
99
99
99
100
100
99

98
98
98
96
98
18
99
99

98
98
99
99
99
99
99
99
99

97
97
99
20
98
98
99
99
99
98
99
99
98
98
98
98
98
99
99
98

99
99
99
99
99
98
99
99
98
98
98
99
99
98
99
99
99
99
99
99
98

Ghi chú : 1. Dk-VN-QT-801-2011; 2. Dk-VN-QT1603-2011: 3. Md-VN-LBM113-2012; 4. Md-VN-LBM132-2012; 5. EVM-Hunan-3-
2011: 6. Eurasian-eagle-owl-KP-Q13
3.2.2. Phân tích gen M
3.2.2.1. Phân tích thành phần nucleotide và amino acid
Bảng 3.6. Tỷ lệ (%) đồng nhất về nucleotide (trên đường chéo) và tương đồng về amino acid (dưới đường chéo) của gen M1 giữa các

99
96
99
96
96
96
96
97
97
98
97
98
99
97
97
98
97
97
2
99

98
98
99
96
98
96
96
96
96

97
98
97
97
4
99
98
100

99
96
99
96
96
96
96
97
97
98
97
98
99
97
97
98
97
97
5
100
99

99
98
98
97
98
97
98
97
97
97
98
96
97
7
99
98
98
98
99
99

96
96
96
96
97
97
98
97
98

99
98
99
99
99
99
98
99

99
98
98
97
97
97
97
97
97
97
98
96
97
10
100
99
99
99
100
100
99

97
98
97
97
97
98
96
97
12
100
99
99
99
100
100
99
99
99
100
100

97
98
98
98
98
98
98
98
97

100
99
99
99
100
100
100
99

99
100
99
98
99
98
98
99
15
100
99
99
99
100
100
99
99
99
100
100
100

99
98
99
17
100
99
99
99
100
100
99
99
99
100
100
100
99
100
100
100

98
98
98
97
98
18
100
99
99

100
100
99
100
100
100
100
100

98
98
99
20
100
99
99
99
100
100
99
99
99
100
100
100
99
100
100
100
100

22
99
98
99
99
99
99
98
99
99
99
99
99
99
99
99
99
99
99
99
99
99 Ghi chú : 1. Dk-VN-QT-801-2011; 2. Dk-VN-QT1603-2011: 3. Md-VN-LBM113-2012; 4. Md-VN-LBM132-2012; 5. EVM-Hunan-3-
2011: 6. Eurasian-eagle-owl-KP-Q133:
7. A-Hubei-1-2010: 8. Ck-Jiangsu-k0402-2010: 9. Dk-Hokkaido-WZ83-2010: 10. Dk-Hokkaido-WZ101-2010: 11. Water-Hunan-2009:
12 Great-crested-grebe-Qinghai-2009.:
13. Water-Hebei-2009: 14. Water-Xinjiang-2009: 15. Ck-Hunan-2008: 16. Black-crowned-heron-HK-659-2008: 17. Grey-heron-HK-
1046-2008: 18. Little-egret-HK-8863-2007:

97
80
65
63
94
99
98
88
97
65
35
67
38
26
76
0.002
M1
Nucleotide
Clade 2.3.4
Clade 2.3.2
Clade 2.3.2
Clade 2.3.2.1
Clade 2.3.2.1
Eurasian-eagle-owl-KP-Q133-2011-JN808066
Dk-Hokkaido-WZ101-2010-AB612912
Dk-Hokkaido-WZ83-2010-AB612904
Ck-Jiangsu-k0402-2010-JQ638675
Great-crested-Qinghai-2009-CY063321
A-VN-HN31388M1-2007-HM114588
A-VN-UT31239-2007 HM114556.txt

0.002
Clade 2.3.2.1
Clade 2.3.2.1
Clade 2.3.2
Clade 2.3.4
Clade 2.3.2
M2
Nucleotide
3.2.2.3. Phân tích mối quan hệ phả hệ nguồn gốc
Gen M1 và M2 thu nhận từ chủng Dk-VN-QT800và Dk-VN-QT1603 được đưa vào phân tích phả hệ cùng với 20 chủng
A/H5N1 của Việt Nam và thế giới (Hình 3.9., phụ lục 3.A).


các chủng so sánh qua các năm 2005-2012 có sự biến động 92 - 99% về thành phần
nucleotide và 90 - 99% về thành phần amino acid; so với các chủng khác của Việt Nam tỷ
lệ này là 92 - 99% và 90 - 99%; so với các chủng của thế giới các tỷ lệ tương ứng là 96 -
98% và 93 - 99%.
Đối với gen NS2 (Bảng 3.11)
- Các chủng có tỷ lệ đồng nhất về nucleotide là 93 - 100% và tương đồng về amino
acid với các chủng so sánh từ năm 2005 tới năm 2012 biến động khá lớn 89 - 100%.
Nhìn chung, tỷ lệ đồng nhất về nucleotide và tương đồng về amino acid của chủng
Dk-VN-QT800và Dk-VN-QT1603 là khá cao so với một số chủng phân lập qua các năm
2010 - 2012, nhưng có biến động lớn hơn so với một số chủng phân lập qua các năm 2005
– 2009 NS1
Nucleotide
Clade 2.3.2.1
Clade 2.3.2
Clade 2.3.4
Clade 2.3.2
DK-VN-QT800-2011
Dk-VN-QT1603-2011
Md-VN-LBM113-2012-AB742259
Md-VN-LBM132-2012-AB742267
A-Hubei-1-2010-CY098762
EVM-Hunan-3-2011-JX576790
Water-Hunan-7-2009-CY098857
Dk-Hokkaido-WZ101-2010-AB612913
Dk-Hokkaido-WZ83-2010-AB612905
Eurasian-eagle-owl-KP-Q133-2011-JN808066
Ck-Jiangsu-k0402-2010-JQ638681

Md-VN-LBM113-2012-AB742259
A-Hubei-1-2010-CY098762
Water-Hunan-7-2009-CY098857
Dk-Hokkaido-WZ83-2010-AB612905
Dk-Hokkaido-WZ101-2010-AB612913
Little-egret-HK-8863-2007-CY036209
Ck-Jiangsu-k0402-2010-JQ638681
Eurasian-eagle-owl-KP-Q133-2011-JN808
Great-crested-Qinghai-1-2009-CY063322
Black-crowned-heron-HK-659-2008-CY036233
Grey-heron-HK-10462008-CY036249
Ck-Hunan-2008-GU182161
Water-Xinjiang-3-2009-CY098834
Water-Hebei-2-2009-CY098778
Dk-VN-208-2005-EU930944
A-VN-HN31388M1-2007-HM114586
A-VN-UT31239-2007-HM114557
Md-Vietnam-1455-2006-CY029539
87
29
54
37
19
8
70
69
38
36
59
30

KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ
KẾT LUẬN
(1) Toàn bộ 3 phân đoạn thuộc nhóm gen cấu trúc gồm phân đoạn 5: gen NP; phân đoạn 7: gen
M và phân đoạn 8: gen NS của virus cúm A/H5N1 chủng Dk-VN-QT800 và Dk-VN-QT1603 đã
được thu nhận và giải trình tự.
- Phân đoạn 5 chứa gen NP có kích thước 1497 nucleotide mã hoá cho chuỗi polypeptide
NP gồm 498 amino acid; Phân đoạn gen M có kích thước 998 nucleotide; phân đoạn gen NS có
kích thước 875 nucleotide.
- Phân đoạn 7 (gen M) và phân đoạn 8 (gen NS) xảy ra hiện tượng cắt – nối exon
(splicing) tạo ra các sản phẩm gen khác nhau.
(2) Chủng Dk-VN-QT800và Dk-VN-QT1603 có mức độ đồng nhất (về nucleotide) và tương
đồng (về amino acid) cao ở tất cả 3 phân đoạn gen với các chủng cúm A/H5N1 phân lập ở Việt
Nam năm 2012 và với chủng cúm A/H5N1 phân lập trên người ở Hồ Bắc – Trung Quốc năm
2010.
(3) Phân tích mối quan hệ phả hệ từng gen riêng biệt của toàn bộ hệ gen cho thấy chủng Dk-VN-
QT800và Dk-VN-QT1603 tập hợp trong cùng nhóm với các chủng cúm A/H5N1 phân lập ở Việt
Nam năm 2012 và với chủng cúm A/H5N1 phân lập trên người ở Hồ Bắc – Trung Quốc năm
2010
KIẾN NGHỊ
Tiếp tục giải trình tự toàn bộ hệ gen của các chủng virus cúm A/H5N1 mới xuất hiện
trong năm 2012 và những năm tiếp theo, lưu giữ các gen của các chủng phân lập ở các địa
phương khác nhau, trên đối tượng các vật chủ khác nhau để trên cơ sở đó giám sát chặt chẽ cũng
như có biện pháp phòng chống bệnh cúm gia cầm đạt hiệu quả. Cần phân tích đặc tính sinh học
phân tử nhóm gen kháng nguyên của các chủng mới xuất hiện năm 2012 và những năm tiếp theo
để đánh giá mức độ tiến hóa cũng như mối quan hệ về kháng nguyên-miễn dịch của các chủng
virus cúm A/H5N1 với các chủng vaccine cũng như tạo được nguồn nguyên liệu chủ động trong
việc kiến tạo và sử dụng vaccine tại Việt Nam.

TÀI LIỆU TIẾNG ANH
8. ACIP - Advisory Committee on Immunization Practices (2000), "Prevention and Control
of Influenza", 49 (03), pp. 1-38.
9. Alonso-Caplen F.V., Nemeroff M.E., Qiu Y., and Krug R.M., (1991),
"Nucleocytoplasmic transport: The influenza virus NS1 protein regulates the transport of
spliced NS2 mRNA and its precursor NS1 mRNA", Genes and Development, 6, pp. 255-
267. 10. Baigent S.J., McCauley J.W. (2001), "Glycosylation of haemagglutinin and stalk-length
of neuraminidase combine to regulate the growth of avian influenza viruses in tissue
culture", Virus Res, 79(1-2), pp. 177-185.
11. Basler C.F. (2007), "Influenza viruses: basic biology and potential drug targets", Infect
Disord Drug Targets, 7(4), pp 282-93. Review.
12. Bender C., Hall H., Huang J., Klimov A., Cox N., Hay A., Gregory V., Cameron K., Lim
W., Subbarao K. (1999), "Characterization of the surface proteins of influenza A (H5N1)
viruses isolated from humans in 1997-1998", Virology, 254, pp. 115-123.
13. Castrucci M.R., Kawaoka Y. (1993), "Biologic importance of neuraminidase stalk length
in influenza A virus", J Virol, 67, pp. 759-764.
14. Cauthen A.N., Swayne D.E., Schultz-Cherry S., Perdue M.L., Suarez D.L. (2000),
"Continued circulation in China of highly pathogenic avian influenza viruses encoding
the hemagglutinin gene associated with the 1997 H5N1 outbreak in poultry and
humans", J Virol, 74, pp. 6592-6599.
15. Chen W., Calvo P.A., Malide D., Gibbs J., Schubert U., Bacik I., Basta S., O’Neill R.,
Schickli J., Palese P., Henklein P., Bennink J.R., Yewdell J.W. (2001), "A novel
influenza A virus mitochondrial protein that induces cell death", Nat Med, 7(12), pp.
1306-1312.
16. Chen Z. (2004), "Influenza DNA vacxin: an update", Chin. Med. J. (Engl), 117(1), pp.
125-132.
17. Claas E.C., Osterhaus A.D., van Beek R., De Jong J.C., Rimmelzwaan G.F., Senne D.A.,