Khoa/Viện/TT: Công nghệ sinh học và môi trường
Bộ môn: Công nghệ sinh học
LỊCH TRÌNH VÀ PHƯƠNG PHÁP GIẢNG DẠY
Họ và tên CBGD: Lê Phương Chung Chức danh, học vị: Giảng viên
Email: [email protected] om ĐTDĐ: 0983 098527
Học phần: Tin sinh học Mã HP: …………………Số TC: 3
• Lớp 1: 52 CNSH Phòng học: G5.204
Từ ngày: 05/11/2012 đến ngày: 13/01/2013
Thời khóa biểu: Thứ 2: tiết 1,2 ;Thứ 3: tiết 3,4
Chủ đề 1: Cơ sở tin sinh học
Số tiết: 3 tiết (Từ ngày: 05/11/2012 đến ngày: 06/11/2012)
Hình thức
day- học
Nội dung
Phương pháp
giảng dạy
Yêu cầu người
học chuẩn bị
Ghi chú
Lý thuyết
(gồm cả giờ
bài tập, thảo
luận)
1. Cơ sở toán học
trong việc mô hình
hóa các thông tin
sinh học
2. Nguyên lý kỹ
thuật số hóa các
thông tin sinh học.
3. Vai trò và ứng

giờ lên lớp)
1.Một số thuật toán
ứng dụng trong tin
học
2. Vai trò của tin
học trong các lĩnh
vực khoa học và
1
đời sống
Chủ đề 2: Cơ sở dữ liệu tin sinh học
Số tiết: 5 tiết (Từ ngày: 06/11/2012 đến ngày: 13/11/2012)
Hình thức
day- học
Nội dung
Phương pháp
giảng dạy
Yêu cầu người
học chuẩn bị
Ghi chú
Lý thuyết
(gồm cả giờ
bài tập, thảo
luận)
1. Khái niệm và
đặc điểm của cơ sở
dữ liệu tin sinh học
2. Cấu trúc, đặc
điểm một số cơ sở
dữ liệu tin sinh học
trên thế giới:

phòng
G5.204
-Ngày TH dự
kiến:
13/11/2012
Tự nghiên
cứu (ngoài
giờ lên lớp)
-Truy cập vào các
cơ sở dữ liệu trên
thế giới như NCBI,
EMBL và DDBJ để
tìm hiểu cấu trúc,
thành phần và
thông tin trên các
cơ sở dữ liệu đó
-So sánh các thông
tin từ các cơ sỡ dữ
liệu khác nhau
Chủ đề 3: Tìm kiếm và truy xuất dữ liệu tin sinh học
2
Số tiết: 8 tiết (Từ ngày: 13/11/2012 đến ngày: 20/11/2012)
Hình thức
day- học
Nội dung
Phương pháp
giảng dạy
Yêu cầu người
học chuẩn bị
Ghi chú

cầu
-Phương pháp
tìm kiếm và truy
xuất trình tự
DNA, RNA,
Protein… dưới
định dạng
FASTA
-Địa điểm TH:
phòng
G5.204
-Ngày TH dự
kiến:
20/11/2012
Tự nghiên
cứu (ngoài
giờ lên lớp)
-Tìm kiếm và truy
xuất bài báo, tạp
chí, tài liệu tham
khảo…từ các cơ sở
dữ liệu trên thế giới
-Truy xuất các trình
tự sinh học tùy ý
Chủ đề 4: Xử lý và phân tích trình tự DNA
Số tiết: 9 tiết (Từ ngày: 26/11/2012 đến ngày: 10/12/2012)
Hình thức
day- học
Nội dung
Phương pháp

phương pháp
thiết kế mồi
(primers);tìm
kiếm bản đồ
enzyme cắt giới
hạn, đoán nhận
gen và xác định
khung đọc mở
của một đoạn
DNA
Thực hành
(nếu có):
- Xử lý số liệu trình
tự DNA thu được
từ máy giải trình tự
sequencing
TH cá nhân Phương pháp và
chức năng các
phần mềm tin
sinh thông dụng
trong xử lý trình
tự DNA như
Bioedit;
DNAclub…
-Địa điểm TH:
phòng
G5.204
-Ngày TH dự
kiến: 10 và
11/12/2012

Hình thức
day- học
Nội dung
Phương pháp
giảng dạy
Yêu cầu người
học chuẩn bị
Ghi chú
Lý thuyết
(gồm cả giờ
bài tập, thảo
luận)
1. Nguyên tắc so
sánh các trình tự
sinh học
2. Sử dụng công cụ
BLAST để tìm
kiếm trình tự tương
đồng từ các cơ sở
dữ liệu
3. Ứng dụng xây
dựng cây phân loại
(phylogeny tree)
cứu và thực tiễn
Diễn giảng và
thảo luận nhóm
-Nguyên tắc so
sánh trình tự sinh
học; phương
pháp sử dụng

Số tiết: 10 tiết (Từ ngày: 25/12/2012 đến ngày: 13/01/2013)
Hình thức
day- học
Nội dung
Phương pháp
giảng dạy
Yêu cầu người
học chuẩn bị
Ghi chú
Lý thuyết
(gồm cả giờ
bài tập, thảo
luận)
1. Nguyên tắc xây
dựng cơ sở dữ liệu
mô hình hóa phân
tử (MMDB) và cơ
sở dữ liệu bảo tồn
(CDD)
Diễn giảng và
thảo luận nhóm
Tìm kiếm và truy
xuất cấu trúc 3D
của một phân tử
protein đã có trên
cơ sở dữ liệu.
5