TRƢỜNG ĐẠI HỌC NHA TRANG
VIỆN CÔNG NGHỆ SINH HỌC & MÔI TRƢỜNG


BÁO CÁO THỰC TẬP
ỨNG DỤNG TIN HỌC TRONG SINH HỌC
(Dành cho sinh viên ngành công nghệ sinh học)

GVHD: Th.S LÊ PHƢƠNG CHUNG
SVTH: Nguyễn Mạnh Tƣờng
Lớp:

54CNSH

MSSV: 54131251

Nha Trang, tháng 2 năm 2015
(Lưu hành nội bộ)


GVHD: Th.S LÊ PHƢƠNG CHUNG
MỤC LỤC
Bài 1: Khai thác cơ sở dữ liệu trên mạng Internet .................................................................... 3
Bài 2: Đệ trình trình tự lên cơ sở dữ liệu.................................................................................. 11
Bài 3: Thiết kế primer cho PCR ................................................................................................ 15
và thiết lập bản đồ enzyme cắt giới hạn ................................................................................... 15
Bài 4: Thao tác với trình tự DNA thô ....................................................................................... 18
Bài 5: Xây dựng cây phân loại .................................................................................................. 20
Bài 6: Hiển thị cấu trúc protein ................................................................................................. 23
Bài 7: Bài tập bổ sung................................................................................................................. 24
LỜI KẾT....................................................................................................................................... 31

GVHD: Th.S LÊ PHƢƠNG CHUNG

Bƣớc 3: Tìm kiếm trên DDBJ

Báo cáo thực tập TIN SINH

4


GVHD: Th.S LÊ PHƢƠNG CHUNG

Bƣớc 4: Tìm kiếm trên Nature.com

Bƣớc 5: Tìm kiếm trên Sciencedirect.com

Báo cáo thực tập TIN SINH

5


GVHD: Th.S LÊ PHƢƠNG CHUNG

- Chọn 1 kết quả, tải về và phân tích nội dung?
+ NCBI: Tiêu đề  Research Article  Data Deposition  Abstract 
Key Words  Introduction  Materials and Methods  Results  Discussion 
Acknowledgment  References  Tables  Figure Legends  Supplementary Material
+ EMBL: Tiêu đề  Abstract  Resumo  Introduction Materials and
methods  Results and discussion  Conclusions  Acknowledgments  References
+ DDBJ: Chi tiết dự án (Mã số  Loại hình dự án  Kiểu dự liệu của
dự án)  Thông tin chung (Tên dự án  Mô tả dự án  Ngày phát hành)  Loại hình

Nature.com

Sciendirect.com

Chọn thông số

Chọn thông số

mới chọn thông

rồi tìm.

rồi tìm.

Nhiều tài liệu

số.

Nhiều tài liệu

Yêu cầu thu phí

dễ tải về.

Tương đối

dễ tải về.

khi tải về.




GVHD: Th.S LÊ PHƢƠNG CHUNG
>gi …
Trình tự
c. Tìm kiếm trình tự 16S của “Streptomyces”
- Có bao nhiêu kết quả tìm được?

- Chọn 10 kết quả có trình tự lớn hơn 800bp để sử dụng cho các phân tích
tiếp theo (Lưu file .txt)

Báo cáo thực tập TIN SINH

9


GVHD: Th.S LÊ PHƢƠNG CHUNG

d. Tìm kiếm và download một sách tham khảo chuyên ngành trên CSDL mà
anh chị yêu thích?
Bƣớc 1: Chọn trường tìm kiếm là Books với Browse Titles và nhập từ khóa

Bƣớc 2: Download sách về

Báo cáo thực tập TIN SINH

10


GVHD: Th.S LÊ PHƢƠNG CHUNG

Bƣớc 3: Done để lưu file sequin

- Đệ trình trình tự vừa thao tác theo 2 phương pháp
Bƣớc 1: Đệ trình trực tiếp bằng submit trên NCBI
Báo cáo thực tập TIN SINH

13


GVHD: Th.S LÊ PHƢƠNG CHUNG

Bƣớc 2: Đệ trình lên gmail thông qua địa chỉ [email protected]

Báo cáo thực tập TIN SINH

14


GVHD: Th.S LÊ PHƢƠNG CHUNG

3. Thực tập và báo cáo kết quả?

……………………………………………………………………
Bài 3: Thiết kế primer cho PCR
và thiết lập bản đồ enzyme cắt giới hạn

1. Yêu cầu:
Sử dụng các phần mềm thông dụng trực tuyến hoặc không trực tuyến trong
thiết kế mồi cho phản ứng PCR và thiết kế bản đồ enzyme cắt giới hạn.
2. Nội dung thực hành:

Mồi xuôi + Mồi ngược

Thông tin đính kèm

Khác nhau

Khác nhau

Không có nhà sản xuất

Có thêm nhà sản xuất

Chỉ có các thông số về độ

Có thêm nhiều thông số mới

dài,vị trí, nhiệt độ nóng chảy

như: bad GC%, poly X, …

và Delta G
Chức năng bổ sung

Có chức năng tìm cặp mồi tốt

Phải đánh giá mồi thủ công và

nhất

tìm cặp tốt nhất



GVHD: Th.S LÊ PHƢƠNG CHUNG

c. BLAST các trình tự thu được?

Báo cáo thực tập TIN SINH

19


GVHD: Th.S LÊ PHƢƠNG CHUNG
4. Thực tập và báo cáo kết quả đối với các file C2, C3, C4, C5 trong các trình
tự mẫu?

……………………………………………………………………
Bài 5: Xây dựng cây phân loại

1. Yêu cầu:
Nắm được các bước xây dựng cây phát sinh loài trong phân tích đa dạng sinh
học
2. Phần mềm sử dụng: BLAST, ClustalX và Njplot, TreeView
3. Nội dung thực hành:
a. Tìm kiếm trình tự tương đồng bằng BLAST
Bƣớc 1: Đính kèm 2 trình tự cần so sánh

Báo cáo thực tập TIN SINH

20


- Nắm được các phần mềm hiển thị cấu trúc không gian của phân tử protein
- Phân tích được kết quả thu được các mô hình cấu trúc
2. Nội dung thực hành:
a. Sử dụng phần mềm Cn3D?

b. Sử dụng phần mềm RASMOL?

Báo cáo thực tập TIN SINH

23


GVHD: Th.S LÊ PHƢƠNG CHUNG

3. Thực tập và báo cáo kết quả?

……………………………………………………………………
Bài 7: Bài tập bổ sung

1. Yêu cầu:
- Nắm được nội dung và ý nghĩa của từng bài thực hành
- Biết ứng dụng các bài thực hành vào giải quyết các vấn đề thực tế trong các
kỹ thuật công nghệ sinh học
2. Phần mềm sử dụng:
NCBI, DNA club, Bioedit, Sequin, Submit, Clustal X, Tree View, PDB,
Rasmol
Báo cáo thực tập TIN SINH

24