Download miễn phí Luận văn Nghiên cứu đa hình trình tự vùng điều khiển (D-Loop) hệ gen ty thể của gà ri, gà đông tảo và gà tre



MỤC LỤC
Trang
MỞ ĐẦU . 01
Chương 1. TỔNG QUAN TÀI LIỆU . . 04
1.1. SƠ LưỢC VỀ NGUỒN GỐC VÀ VỊ TRÍ PHÂN LOẠI GÀ NHÀ. 04
1.2. MỘT SỐ ĐẶC ĐIỂM CỦA CÁC GIỐNG GÀ NGHIÊN CỨU . 06
1.2.1. Gà Ri . 06
1.2.2. Gà Đông Tảo (Ðông Cảo) . . 07
1.2.3. Gà Tre . 08
1.3. ĐẶC ĐIỂM HỆ GEN TY THỂ VÀ VAI TRÒ CỦA D-LOOP
TRONG ĐỊNH LOẠI GÀ . . 08
1.3.1. Ty thể và đặc điểm cấu trúc, cơ chế di truyền hệ gen ty thể gà . 08
1.3.1.1. Đặc điểm cấu trúc ty thể . . 08
1.3.1.2. Cấu trúc hệ gen ty thể gà . . 09
1.3.1.3. Cơ chế di truyền của mtDNA . . . . 13
1.3.2. Cấu trúc và vai trò của vùng D-loop trong đánh giá đa dạng di truyền. . . . . 14
1.4. MỘT SỐ THÀNH TỰU VỀ ĐỊNH LOẠI PHÂN TỬ DỰA TRÊN
GIẢI TRÌNH TỰ VÙNG D-LOOP TY THỂ TRÊN THẾ GIỚI VÀ VIỆT NAM . . . 16
1.4.1. Các nghiên cứu trên thế giới . . 16
1.4.2. Các nghiên cứu ở Việt Nam . 20
Chương 2. VẬT LIỆU VÀ PHưƠNG PHÁP NGHIÊN C ỨU. . 22
2.1. VẬT LIỆU VÀ ĐỊA ĐIỂM NGHIÊN CỨU. . 22
2.1.1. Nguyên liệu. 22
2.1.2. Thiết bị. 22
2.1.3. Hoá chất. . 23
2.1.4. Địa điểm nghiên cứu . .23
2.2. CÁC PHưƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU . . 24
2.2.1. Điện di trên gel agarose . . 24
2.2.2. Khuếch đại vùng D-loop bằng kỹ thuật PCR (Polymerase Chain Reaction) . . . . 26
2.2.3. Tinh sạch sản phẩm PCR . . . . . 28
2.2.4. Giải trình tự vùng D-loop . . . 29
2.2.5. Phân tích dữ liệu bằng phần mềm chuyên dụng. . 30
Chương 3. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN . . . 31
3.1. Nhân vùng D-loop bằng kỹ thuật PCR . . 31
3.2. Xác định và so sánh trình tự nucleotide của các mẫu nghiên cứu
với trình tự chuẩn trên GenBank . . . . 36
3.3. Sự đồng nhất về trình tự nucleotide của 3 giống gà . . . 56
3.4. Phân tích mối quan hệ di truyền giữa các giống gà nghiên cứu. . 56
3.5. So sánh mức độ đa dạng di truyền của 3 giống gà nghiên cứu với
một số quần thể gà châu Á . . . 58
3.6. Xây dựng cây phát sinh chủng loại . . . 60
KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ. 62
CÔNG TRÌNH ĐÃ CÔNG BỐ. 64
TÀI LIỆU THAM KHẢO . . . 65


http://s1.liketly.com/flash/edoc/jh2i1fkjb33wa7b577g9lou48iyvfkz6-swf-2013-10-22-luan_van_nghien_cuu_da_hinh_trinh_tu_vung_dieu_khi.7E8RajQXz4.swf /tai-lieu/de-tai-ung-dung-tren-liketly-41527/
Để tải bản DOC Đầy Đủ xin Trả lời bài viết này, Mods sẽ gửi Link download cho bạn sớm nhất qua hòm tin nhắn.
Ai cần download tài liệu gì mà không tìm thấy ở đây, thì đăng yêu cầu down tại đây nhé:
Nhận download tài liệu miễn phí

Tóm tắt nội dung:

gian 1 phút.
- Giai đoạn gắn mồi: điều quan trọng nhất khi thực hiện phản ứng PCR
là việc lựa chọn và tìm ra nhiệt độ gắn mồi thích hợp. Nhiệt độ gắn mồi phải
thấp hơn Tm của cặp mồi sử dụng để cho mồi có thể bắt cặp tốt với DNA
khuôn. Vì Tm nhỏ nhất của cặp mồi trên là 55oC nên chúng tui đã tiến hành
thử chạy phản ứng ở một số giá trị khác nhau trong khoảng nhiệt độ từ 50 -
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên
35
54
oC, qua đó chọn đƣợc nhiệt độ gắn mồi tối ƣu trong thí nghiệm này là 54oC.
Thời gian của giai đoạn gắn mồi là 1 phút 10 giây.
- Giai đoạn kéo dài chuỗi: nhiệt độ lúc này đƣợc tăng đến 72oC để cho
enzyme Taq polymerase hoạt động tốt nhất. Trình tự vùng D-loop quan tâm
có kích thƣớc 1227 bp trong khi tốc độ tổng hợp của phản ứng vào khoảng
1000 nucleotide/ phút nên thời gian của giai đoạn này là 1 phút 20 giây.
Bảng 3.2. Chu trình nhiệt của phản ứng PCR
Các bƣớc Khởi động nóng
Biến
tính
Gắn
mồi
Kéo
dài
Ổn
định
Giữ
mẫu
Nhiệt độ 94oC 94 oC 54 oC 72 oC 72 oC 4 oC
Thời gian 4’ 1’ 1’10’’ 1’20’’ 10’ 
Số chu kỳ 1 35 1 1
Kết quả điện di sản phẩm PCR trên gel agarose 0,8% (Hình 3.1) cho
thấy các băng DNA đều sáng đậm, rõ nét, tập trung ở vị trí giữa băng 1,5 kb
và 1 kb, nhƣ vậy sản phẩm PCR có kích thƣớc phân tử vào khoảng 1,3 kb,
phù hợp với tính toán lý thuyết khi thiết kế mồi. Do đó, có thể sơ bộ kết luận
đây là vùng D-loop của hệ gen ty thể gà.
Hình 3.1. Ảnh điện di sản phẩm PCR của một số mẫu gà nghiên cứu
Dt: gà Đông Tảo, Ri: gà Ri, Tr: gà Tre
M Dt01 Dt05 Dt09 Dt17 Ri03 Ri07 Ri14 Ri21 Tr06 Tr11 Tr18
1,5
1
Kb
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên
36
3.2. Xác định và so sánh trình tự nucleotide của các mẫu nghiên cứu với
trình tự chuẩn trên GenBank
Trình tự 609 nucleotide vùng D-loop từ vị trí 21 đến vị trí 629 trên
mtDNA của 71 mẫu thuộc 3 giống gà Ri, Đông Tảo, Tre, đƣợc xác định trực
tiếp theo phƣơng pháp dideoxy sử dụng mồi L16725, bộ hóa chất BigDye
Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit trên máy phân tích trình tự DNA tự
động ABI PRISM® 3100 Genetic Analyzer. Dữ liệu trình tự nucleotide sau
khi đƣợc xử lý bằng phần mềm DNA Sequencing Analysis v5.3.1, SeqScape®
v2.6 và BioEdit v7.0.9 đƣợc so sánh với trình tự gà White Leghorn gốc Nhật
Bản (thuộc phân loài Gallus gallus domesticus), trình tự này mang mã số
AP003580 trên GenBank đƣợc Nishibori và đtg công bố năm 2003.
Trình tự 609 nucleotide trong vùng D-loop của 71 mẫu cá thể thuộc 3
giống gà nghiên cứu đƣợc xử lý và so sánh nhƣ sau:
10 20 30 40 50 60 70
....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....|
AP003580 CTCCCCTACT AAGTGTACCC CCCCTTTCCC CCCCAGGGGG GGTATACTAT GCATAATCGT GCATACATTT
Dt-01 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Dt-02 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Dt-03 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Dt-04 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Dt-05 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Dt-06 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Dt-07 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Dt-08 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Dt-09 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Dt-10 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Dt-11 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Dt-12 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Dt-13 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Dt-14 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Dt-15 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Dt-16 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Dt-17 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Dt-18 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Dt-19 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Dt-20 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Dt-21 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Dt-22 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Ri-01 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên
37
10 20 30 40 50 60 70
....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....|
AP003580 CTCCCCTACT AAGTGTACCC CCCCTTTCCC CCCCAGGGGG GGTATACTAT GCATAATCGT GCATACATTT
Ri-02 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Ri-03 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Ri-04 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Ri-05 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Ri-06 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Ri-07 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Ri-08 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Ri-09 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Ri-10 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Ri-11 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Ri-12 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Ri-13 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Ri-14 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Ri-15 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Ri-16 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Ri-17 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Ri-18 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Ri-19 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Ri-20 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Ri-21 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Ri-22 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Ri-23 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Ri-24 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Ri-25 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Ri-26 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Ri-27 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Ri-28 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Ri-29 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Ri-30 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Ri-31 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Tr-01 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Tr-02 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Tr-03 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Tr-04 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Tr-05 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Tr-06 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Tr-07 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Tr-08 .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..........
Tr-09 ....

---