ĐẠI CƢƠNG CƠ SỞ HÓA HỌC CỦA SINH HỌC PHÂN TỬ
Sự sống của tế bào phụ thuộc vào hàng ngàn phản ứng và tương tác hóa học. Những phản ứng và
tương tác này phối hợp một cách tinh vi theo không gian, thời gian và do chỉ lệnh di truyền cũng
như môi trường chi phối. Nghiên cứu những tương tác và phản ứng như vậy ở mức độ phân tử sẽ
giúp chúng ta giải pháp các câu hỏi cơ bản về sự sống của tế bào. Những câu hỏi đó là: Tế bào
hấp thụ dinh dưỡng và thông tin từ môi trường như thế nào? Chúng chuyển hóa năng lượng và
dự trữ chúng trong chất dinh dưỡng thành hoạt động tế bào ra sao? Tế bào chuyển đổi năng
lượng lưu giữ trong dinh dưỡng thành cấu trúc của chúng như thế nào? Tế bào liên kết với nhau
tạo thành mô như thế nào? Tế bào giao tiếp với nhau như thế nào để một sinh vật phức tạp có thể
tăng trưởng và thích nghi cao với môi trường? Một trong những mục tiêu của sinh học phân tử tế
bào là cung cấp đáp án dưới dạng thuộc tính của từng phân tử và ion cho các câu hỏi trên cũng
như nhiều câu hỏi khác về cấu trúc, chức năng của tế bào và sinh vật.

Hình 1.1: Các phân tử hóa học và tương tác hóa học điển hình trong giới sinh học(Theo Lodish’s
Molecular Cell Biology 5
th
)
Ví dụ, các thuộc tính của nước, một trong những phân tử như vậy, đã và đang kiểm soát tiến hóa,
cấu trúc và chức năng của tế bào. Bạn sẽ không thể hiểu sinh học phân tử nếu không thực sự thấu
hiểu các tính chất của nước đã kiểm soát hóa học của sự sống ra sao. Sự sống đầu tiên được phát
sinh từ môi trường nước. Chiếm 70-80% trọng lượng của hầu hết các loại tế bào, nước là phân tử
phong phú nhất trong hệ sinh học. Chính trong môi trường lỏng này các tiểu phân tử và ion
(chiếm 7% trọng lượng vật chất) lắp ráp thành đại phân tử, đại phân tử tích hợp thành bộ máy và
hình thể của tế bào, tức toàn bộ phần trọng lượng còn lại của cơ thể sinh vật. Các tiểu phân tử
gồm amino acid, nucleotide, lipid và đường.
Nhiều phân tử sinh học dễ hòa tan trong nước gọi là ưa nước. Các phân tử khác là chất dạng béo,
dầu phân tách với nước nên gọi là kị nước. Ngoài ra nhiều phân tử sinh học khác (Ví dụ như
phospholipid) chứa cả vùng kị nước và ưa nước nên được gọi là lưỡng phần. Phospholipid cấu
thành màng linh động như bức tường bao quanh tế bào và các cơ quan tử. Hoạt động nhịp nhàng
của tế bào, mô và sinh vật phụ thuộc vào tất cả các loại phân tử kể trên, từ những phân tử nhỏ
nhất đến lớn nhất. Thực vậy, xét trên sự sinh tồn của loài người thì một ion đơn giản (H+) đóng

nguyên tử khác là đặc trưng cho nguyên tử đó. Kích thước nguyên tử, phân bố diện tích và số
điện tích có thể góp chung quyết định mô hình liên kết. Một số nguyên tử (Ví dụ, carbon) luôn
tạo thành số liên kết cộng hóa trị bền cố định nhưng số khác (Ví dụ, lưu huỳnh) tạo số liên kết
cộng hóa trị bền khác nhau.
Carbon là trung tâm tổ chức của tất cả các khối cấu trúc sinh học. Carbon thường hình thành bốn
liên kết cộng hóa trị với ba hoặc bốn nguyên tử khác. Ví dụ, carbon của phân tử formaldehyde có
thể liên kết với ba nguyên tử trên một mặt phẳng chung. Ở đó, carbon tham gia tạo hai liên kết
đơn với hai nguyên tử và một liên kết đôi (sử dụng hai cặp điện tử góp chung) với nguyên tử thứ
ba. Khi không bị các hạn chế khá, nguyên tử tham gia liên kết đơn thường quay tự do quanh trục
liên kết, trong khi các nguyên tử tham gia liên kết đối thì không thể. Mặt phẳng cố định do liên
kết đôi áp đặt có nghĩa vô cùng to lớn đối với hình dạng và độ linh động của các phân tử sinh
học như phosphlipid, protein, và acid nucleic.
Carbon cũng có thể gắn với bốn nguyên tử như trong phân tử methane (CH
4
). Trong trường hợp
này, góc giữa hai liên kết luôn là 109,5
o
và các nguyên tử tham gia liên kết nằm tại bốn đỉnh của
hình tứ diện. Cấu hình này xác định cấu trúc của nhiều phân tử sinh học. Carbon liên kết với bốn
phân tử hoặc các nhóm chức khác nhau theo cấu hình không phẳng gọi là carbon bất đối xứng,
tạo ra hai đồng phân là ảnh qua gương của nhau. Đặc tính này có tên tính chất bàn tay (chyrality)
và các phân tử như vậy đươc coi là đồng phân quang học, hay đồng phân lập thể. Nhiều phân tử
trong tế bào chứa ít nhất một nguyên tử carbon bất đối xướng, thường gọi là nguyên tử carbon
bàn tay. Hoạt tính sinh học của các đồng phân lập thể thường hoàn toàn khác biệt. Điều này là do
sắp xếp của các nguyên tử trong cấu trúc khác nha nên chúng chỉ có duy nhất một phương thức
tương tác và phản ứng hóa học với các phân tử khác.
Một số loại thuốc chứa hỗn hợp đồng phân lập thể của các tiểu phân tử nhưng chỉ trong một số
đó mang lại hoạt tính sinh học có lợi. Do đó sử dụng duy nhất một đồng phân lập thể tinh khiết
có thể đem lại hiệu lực cao hơn và giảm hiệu ứng phụ. Ví dụ một đồng phân lập thể của thuốc
chống suy nhược citalopram (Celexa) có hiệu lực cao gấp 170 lần những đồng phân khác. Hoạt

tế bào ATP cũng chứa ba nhóm phosphate (Xem phần 2.4). (Theo Lodish’s Molecular Cell
Biology 5
th
)

Hình 1.3 : Cấu trúc 3 chiều của Methane và Formaldehyde (Theo Lodish’s Molecular Cell
Biology 5
th
)
Trong liên kết cộng hóa trị, điện tử góp chung có thể nằm cân bằng hoặc lệch về một phía. Độ
âm điện là mức độ mà một nguyên tử có khả năng hút điện tử. Khi hai nguyên tử có độ âm điện
bằng nhau hoặc tương tự thì cặp điện tử tham gia liên kết về cơ bản nằm cân bằng giữa hai
nguyên tử như trường hợp liên kết C-C và C-H. Liên kết này gọi là không phân cực. Tuy nhiên
trong nhiều phân tử, các nguyên tử tham gia liên kết có độ âm điện khác nhau nên cặp điện tử
góp chung nằm lệch về một phía. Liên kết giữa chúng được gọi là phân cực.
Một đầu của liên kết phân cực có điện tích âm hơn (δ
-
) và đầu kia có điện tích dương hơn (δ
+
).
Ví dụ trong liên kết O-H, O có độ âm điện lớn hơn H nên các điện tử dành nhiều thời gian để
quanh xung quanh nguyên tử O hơn. Do vậy liên kết O-H có tính lưỡng điện tức hai đầu liên kết
tích điện ngang bằng nhưng trái dấu. Trong lưỡng cực điện O-H, (δ
-
) trên O bằng khoảng 25%
điên tích của điện tử, giá trị tuyệt đối của nó cũng bằng (δ
+
) trên H. Bởi vì hai liên kết O-H của
nước không nằm đối diện qua O nên phân tử nước (H
2

chứa điện tử không cặp đôi (gọi là một gốc).

Hình 1.4: Phân bố điện tử lớp ngoài cùng tham gia và không tham gia liên kết của nhóm peptide
(Theo Lodish’s Molecular Cell Biology 5
th
)
Năng lượng liên kết đơn cộng hóa trị trong phân tử sinh học tương đương với năng lượng liên
kết C-C của ethane. So với liên kết đơn thì liên kết đôi cần nhiều điện tử góp chung hơn để hình
thành nên cũng cần nhiều năng lượng hơn để phá vỡ. Ví dụ, cần 84 Kcal/mol để phá vỡ liên kết
đôi C=O. Những liên kết đôi phổ biến nhất trong các phân tử sinh học là C=O, C=N, C=C và
P=O.

Hình 1.5: biểu đồ năng lượng của một số liên kết (Theo Lodish’s Molecular Cell Biology 5
th
)
Ngược lại, năng lượng liên kết của các tương tác không cộng hóa trị chỉ từ 1 đến 5Kcal/mol, thấp
hơn rất nhiều so với của liên kết cộng hóa trị. Thật vậy, tương tác cộng hóa trị yếu đến nổi chúng
hình thành và phá vỡ với vận tốc ngang nhau tại nhiệt độ phòng. Mặc dù yếu và tồn tại ngắn ở
nhiệt độ sinh lý (24-37
o
C,nhiều tương tác không cộng hóa trị có thể cùng hoạt động tương hỗ).
Điều này tạo ra những kết hợp đặc hiệu và ổn định giữa các thành phần khác nhau của một phân
tử lớn hoặc giửa các đại phân tử. Dưới đây chúng ta điểm lại bốn loại tương tác không cộng hóa
trị chính, sau đó xem xét vai trò gắn kết các phân tử sinh học với nhau và với các phân tử khác
của chúng.
Tƣơng tác ion là lực hút giữa các ion chứa điện tích trái dấu.
Tương tác ion hình thành từ các ion tích điện dương(cation) và ion tích điện âm (anion). Ví dụ,
trong NaCl cặp điện tử góp chung của Na hoàn toàn chuyển tới Cl. Không giống như liên kết
cộng hóa trị, tương tác ion không có nhiều cấu hình đặc hiệu hoặc cố định vì trường tĩnh điện
xoay quanh ion (lực hút của ion với một điện tích trái dương) đồng nhất theo mọi chiều. Trong

) thì A
-
và C
+
càng có nhiều
cơ hội tương tác ion với những ion nay và do đó năng lượng cần để phá vỡ tương tác giữa A
-
và
C
+
càng thấp. Kết quả là tăng nồng độ muối (ví dụ NaCl) trong dung dịch chứa các phân tử sinh
học có thể làm yếu và thậm chí phá vỡ tương tác ion giữa chúng.
Liên kết hydrogen xác định độ hòa tan trong nƣớc của phân tủ không tích điện
Liên kết hydrogen là tương tác giữa nguyên tử hydrogen tích điện dương trong phân tử lưỡng
cực (ví dụ nước) với điện tử không chia của nguyên tử khác. Liên kết hydrogen có thể hình thành
trong cùng một phân tử (nội phân tử) hoặc giữa hai phân tử (liên phân tử). Thông thường
nguyên tử hydrogen chỉ tham gia tạo liên kết cộng hóa trị với ngyên tử có độ âm điện (D) sẽ tạo
ra phân tử phân cực. Trong phân tử này, H có thể tham gia tạo liên kết hydrogen với nguyên tử
nhận (A) có một cặp điện tử chưa liên kết:

Liên kết cộng hóa trị D-H lúc này sẽ dài hơn một chút so với khi không có liên kết hydrogen do
A kéo H ra xa D. Đặc trưng quan trọng của mọi liên kết hydrogen là tính định hướng. Trong các
liên kết hydrogen mạnh nhất , nguyên tử cho, nguyên tử hydrogen và nguyên tử nhận cùng nằm
trên một đường thẳng (tuyến tính). Các liên kết hydrogen phi tuyến yếu hơn nhưng nhiều liên kết
như vậy giúp ổn định cấu trúc lập thể của protein.
Liên kết hydrogen dài hơn và yếu hơn liên kết cộng hóa trị hình thành từ cùng loại nguyên tử. Ví
dụ giữa hai phân tử nước, khoảng cách giữa hạt nhân của hydrogen và oxy trong liên kết
hydrogen là khoảng 0.27 nm. Giá trị này gấp khoảng hai lần độ dài của liên kết cộng hóa trị O-H
trong một phân tử nước. Liên kết hydrogen giữa hai phân tử nước (xấp xỉ 5kcal/mol) mạnh hơn
so với liên kết hydrogen tạo thành giữa nhiều phân tử sinh học khác (1-2kcal/mol) nhưng yếu

Như vậy tương tác Van der Waals là do các lưỡng cực điện tạm thời hoặc cố định gây ra và tồn
tại trong mọi loại phân tử, phân cực cũng như không phân cực. Đặc biệt, tương tác Van der
Waals giúp cố kết các phân tử không phân cực do chúng không thể tạo ra liên kết hydrogen hoặc
tương tác ion với các phân tử khác. Vì cường độ tương tác Van der Waals giảm nhanh chóng khi
khoảng cách tăng nhanh nên liên kết này chỉ tạo thành khi các nguyên tử ở rất gần nhau. Tuy
nhiên nếu các nguyên tử nằm quá gần, chúng sẽ đẩy nhau ra bởi điện tích âm của nguyên tử. Khi
lực hút Van der Waals giữa hai nguyên tử cân bằng chính xác với lực đẩy giữa hai đám mây điện
tử (orbital), ta gọi các nguyên tử đang tiếp xúc Van der Waals. Tương tác Van der Walls có
cường độ khoảng 1 kcal/mol, yếu hơn liên kết hydrogen điển hình và chỉ lớn hơn một chút so với
nhiệt năng của phân tử tại 25
o
C. Vì vậy cần nhiều tương tác Van der Waals và/hoặc tương tác
Van der Waals cùng với các tương tác không cộng hóa trị khác để có thể ảnh hưởng đáng kể tới
độ bền của tiếp xúc trong các phân tử.
Hiệu ứng kị nƣớc làm các phân tử không phân cực kết tụ
Vì các phân tử không phân cực chứa các nhóm tích điện, không có moment lưỡng cực hoặc được
hydrate hóa nên chúng không hoặc hầu như không tòa tan trong nước hay nói cách khác, chúng
có tính kị nước. C-C và C-H là những liên kết cộng hóa trị không phân cực phổ biết nhất trong
hệ sinh học. Hydrocarbon là loại phân tử chỉ chứa carbon và hydrogen và hầu như không tan
trong nước. Chất béo động vật và dầu thực vật có bản chất là triacylglycerol lớn (hay
triglyceride) cũng không hòa tan trong nước. Như sẽ đề cập dưới đây, thành phần phân tử chính
của chúng là các chuỗi hydrocarbon dài. Sau khi lắc trong nước, triacylglycerol tách pha. Một ví
dụ quen thuộc là dầu ăn tách khỏi giấm trong món salad trộn.

Hình 1.9: Sơ đồ minh họa hiệu ứng kị nước. Trong dung dịch, nước quanh phân tử không phân
cực tạo thành bộ khung có trật tự cao hơn các phân tử nước còn lại. Các phân tử không phân cực
tích tụ lại làm giảm số phân tử nước cần cho bộ khung này tạo ra trạng thái entropy cao hơn.
Trạng thái này có lợi hơn về mặt năng lượng (bên phải) so với (bên trái). (Theo Lodish’s
Molecular Cell Biology 5
th

không cộng hóa trị giữa chúng. Điều này quyết định hai protein gắn bền vững hoặc tạm thời với
nhau. Ái lực và độ vừa vặn giừa hai phân tử càng cao thì chúng các gắn chặt với nhau do càng
nhiều liên kết không cộng hóa trị có thể hình thành. Tham số định lượng ái lực quan trọng là
hằng số phân ly K
d
sẽ được đề cập sau.. Hầu như mọi phản ứng hóa học xảy ra trong tế bào cũng
phụ thuộc vào các tính chất gắn của enzyme. Những protein này không chỉ làm tăng tốc (hay xúc
tác) phản ứng mà còn làm vậy với tính đặc hiệu cao, tức chúng có khả năng gắn chặt với một hay
một số rất ít những phân tử có tính chất gần giống nhau. Tính đặc hiệu của các phản ứng và
tương tác nội phân tử phụ thuộc vào độ bổ sung phân tử, là thiết yếu cho nhiều quá trình quan
trọng của sự sống.
1.2 Các đơn vị cấu trúc hóa học của tế bào
Một motif phổ quát trong sinh học là sự hình thành các đại phân tử sinh học và cấu trúc từ nhiều
tiểu phân tử tương đồng hoặc giống hệt nhau thông qua các liên kết cộng hóa trị hay không cộng
hóa trị. Ba nhóm đại phân tử sinh học phổ biến và quan trọng nhất trong các hệ sinh học là
protein, acid nucleic và polysaccharide. Chúng là polymer của các tiếu phân tử (đơn phân) liên
kết cộng hóa trị với nhau. Protein là polymer mạch thẳng chứa mười cho tới vài ngàn acid amin
gắn với nhau bằng liên kết peptide. Acid nucleic là polymer mạch thẳng chứa hàng trăm cho tới
hàng triệu nucleotide gắn với nhau theo liên kết phosphodieste. Polysaccharide là polymer mạch
thẳng hay nhánh của các monosaccharide (đường), như glucode, gắn với nhau theo liên kết
glycoside. Cơ chế các đơn phân liên kết cộng hóa trị tạo thành phức hệ. Liên kết cộng hóa trị tạo
thành giữa hai đơn phân thường làm mất H từ một đơn phân và OH từ đơn phân kia, hay nói
cách khác là loại một phân tử nước nên có thể xem như phản ứng dehydrate hóa. Những liên kết
này bền dưới điều kiện sinh học bình thường, (ví dụ 37
o
C, pH trung tính) và do đó các polymer
sinh học kể trên khá ổn định và có thể thực hiển rất nhiều nhiệm vụ rất đa dạng trong tế bào (lưu
trữ thông tin, xúc tác phản ứng hóa học, thành phần cấu trúc xác định hình thành và vận động
của tế bào…).


này chứa những acid amin có tính ưa nước nhất với nhóm R tích điện (ion hóa) tại pH đặc trưng
của dịch sinh học (= 7). Arginine và lysine có mạch nhánh tích điện dương và được gọi là acid
amin base. Mạch nhánh của acid aspartic và acid glutamic chứa nhóm COO
-
nên tích điện âm
(dạng ion hóa gọi là aspartate và glutamate)và có tính acid. Vì vậy histidine có thể chuyển từ
dạng tích điện dương sang dạng không tích điện phụ thuộc vào những biến đổi nhỏ trong độ acid
của môi trường.
Do khả năng trên của histidine nên có thể điều khiển hoạt tính của nhiều protein bằng các dịch
chuyển độ acid môi trường. Asparagine và glutamine không tích điện nhưng có mạch nhánh
chứa nhóm –NH
2
phân cực với khả năng tạo liên kết hydrogen mạnh. Tương tự serine và
threonine không tích điện nhưng mang nhóm hydrogenxyl phân cực nên có khả năng tạo liên kết
hydrogen với phân tử phân cực khác.
Sau cùng, cysteine, glycine và proline có vai trò đặc biệt trong protein vì mạch nhánh của chúng
có tính chất đặc biệt. Mạch nhánh của cysteine chưa nhóm sulfhydryl (-SH) hoạt hóa với khả
năng oxy hóa để hình thành liên kết disulfide cộng hóa trị (-S-S-) với cysteine thứ hai :

Các vùng thuộc một chuỗi protein (nội phân tử) hoặc thuộc các chuổi khác nhau (giữa các phân
tử) đôi khi gắn chéo với nhau qua liên kết disulfide. Các liên kết này làm bền cấu trúc gấp nếp
của một số protein. Acid amin nhỏ nhất là glycine có nhóm R là một nguyên tử hydrogen, kích
thước nhỏ cho phép glycine nằm vừa trong không gian hẹp. Không như các acid amin khác,
mạch nhánh của proline uốn lại thành vòng bởi liên kết cộng hóa trị với nguyên tử nito trong
nhóm amin gắn Ca. Vì vậy acid amin này rất kém linh động và tạo thành điểm cong cố định
trong chuỗi protein, điều này hạn chế vùng khả năng gấp nếp ở vùng protein chứa proline. Một
số acid amin có tỷ lệ xuất hiện trong protein cao hơn so với các acid amin khác. Cysteine,

Trích đoạn V=V(chất tham gia) X10 (∆G≠ /2,3RT)

---