52

4.4.4. Trang cây phân loài (Taxonomy)
 Nội dung trang web: trang gồm có hai trang về hai họ Caulimoviridae
và Closteroviridae.
 Hình thức thể hiện: Hình 4.11

4.4.4.1. Trang Caulimoviridae: cung cấp thông tin chung cho các đặc
trƣng cho họ nhƣ thông tin về các giống, loài trong hai họ, đồng thời, kích thƣớc
genome, hình thể, các đặc tính sinh hóa, dãy kí chủ trong tự nhiên, triệu chứng, vùng


Hình 4.12 Trang web thể hiện nội dung các đặc tính của họ
54

4.4.4.2. Trang Closteroviridae: cung cấp các thông tin về họ
Closteroviridae tƣơng tự nhƣ trang caulimoviridae (phụ lục).
4.4.5. Trang liên kết (LINK PAGE)
Trang này thực hiện việc liên kết đến một vài CSDL lớn trên thế giới nhƣ
NCBI, EMBL,… (phụ lục).
4.4.6. Trang thông tin về bộ môn công nghệ sinh học (ABOUT PAGE)
Trang này cung cấp các thông tin về cấu trúc tổ chức, các hoạt động giáo dục
- đào tạo và nghiên cứu khoa học,… của khoa công nghệ sinh học (phụ lục).
Dùng giao diện web để truy xuất thông tin và chia sẽ nguồn thông đó. Trang
web đƣợc viết dựa trên mụch đích tiện ích cho ngƣời sử dụng. Các thông tin cần truy
xuất hầu hết điều hiển thị trên giao diện web. Nên ngƣời sử dụng chỉ check vào các ô
chọn lựa để truy xuất các thông tin mong muốn. Web chứa trang công cụ Alignment
và BLAST giúp ngƣời sử dụng tìm kiếm các trình tự tƣơng đồng thông qua công cụ
này chúng ta có thể biết đƣợc mức độ tƣơng đồng của về trình tự giữa các loài. Ngoài
ra, trên web này còn liên kết với các CSDL lớn nhƣ NCBI, EBI, DDBj, SIB thông qua
trang liên kết. Mục đích của trang web chỉ phục vụ cho việc truy xuất thông tin trong
nội bộ ở cấp độ phòng thí nghiệm, trƣờng đại học,… nên chúng tôi không xây dựng
chế độ bảo mật cho web. Tuy nhiên, trang web còn tồn tại một số vấn đề nhƣ số lƣợng
trang trên web ít (6 trang chính), các thông tin cung cấp không chƣa đáp ứng thỏa mãn
cho các nghiên cứu lớn và các công cụ đƣợc tích hợp vào ít cần đƣợc bổ sung vào

 Dùng từ khóa chính xác hơn để khảo sát đƣợc toàn bộ các loài chứa hai gene
này ở hai họ và khảo sát về hai hai giống còn lại trong họ Caulimoviriae trên
NCBI.
 Tiến hành khảo sát chính xác vị trí gene hsp-70 và RT-RNaseH trong ORF
hay genome của hai loài virus thông qua các thông tin cung cấp trên mạng hay
sử dụng trình tự nucleotide đã biết để thiết kế một primer, primer còn lại đƣợc
thiết kế ngẩu nhiên, thông qua các kỹ thuật sinh học phân tử để thu nhận đƣợc
chính xác vị trí và chiều dài của gen.
 Mở rộng CSDL gene khác của loài (nhƣ gene mã hóa cho protein vỏ,…) của
hai họ hay các họ khác, đồng thời bổ sung các thông tin về trình tự gene, trình
tự và cấu trúc protein, đặc tính của họ, … Thông qua việc thu nhận các thông
tin liên quan đƣợc đăng tải trên Internet hay các thông tin từ nghiên cứu của
phòng thí nghiệm.
56

 Xây dựng nhiều trang web chứa các thông tin và công cụ (thiết kế primer,
enzyme cắt giới hạn, xây dựng mô hình cấu trúc,…) phục vụ cho việc khai
thác thông tin và các ứng dụng khác.
 Tiến hành thiết kế primer phục vụ cho phản ứng PCR phân biệt các loài trong
họ và giữa các họ thông qua các trang web thiết kế primer trực tuyến trên
Internet nhƣ GeneFisher, Primer3,… Hay xây dựng trang web chứa công cụ
phục vụ cho thiết kế primer nhƣ GPRIME, Primer3,…kết hợp với ngôn ngữ
lập trình Perl.


4. Võ Cẩm Quy, 2003. Tài liệu soạn thảo web. Đại học Khoa Học Tự Nhiên –
Đại học Quốc Gia thành phố Hồ Chí Minh.
5. Lê Thành Sách và Nguyễn Cao Đạt, 2001. Tài liệu lập trình mạng (phần
1, 2, 4) . Đại học Bách Khoa – Đại học Quốc Gia thành phố Hồ Chí Minh.
6. Trần Hiếu Thuận, 2003. Tài liệu lập trình Perl. Đại học Khoa Học Tự
Nhiên – Đại học Quốc Gia thành phố Hồ Chí Minh.
7. Trần Linh Thƣớc, 2002. Thực tập Bioinformatics (Công nghệ sinh học).
Đại học Khoa Học Tự Nhiên – Đại học Quốc Gia thành phố Hồ Chí Minh.
8. Trần Thành Trai, 1996. Nhập môn cơ sở dữ liệu. Nhà xuất bản trẻ.
TÀI LIỆU NƢỚC NGOÀI
9. Alkowni R., Rowhani A., DauBert S. and Golino D., 2004. Partial
characterization of new ampelovirus associated with grapevine leafroll diease. Journal
of Plant Pathology 86(2): 123-133.
10. Dina V.Alzhanova, Alberto J.Napuli, Rebecca Creamer and Valerian
V.Dolja., 2001. Cell-to-cell movement and assembly of plant closterovirus: roles for
the capsid proteins and Hsp70 homolog. The EMBO Journal 20: 6997-7007.
11. James Tisdall, 2001. Beginning Perl for bioinformatics. 1
st
edition,
O’Reilly & Associates, Inc. 468 pages.
12. James Tisdall, 2001. Mastering Perl for bioinformatics. 1
st
edition,
O’Reilly & Associates, Inc. 369 pages.
58

13. Kreuze J. F., Savenkov E. I., and Valkonen J. P. T., 2002. Complete
genome sequence and analyses of the subgenomic RNAs of sweet potato chlorotic
stunt virus reveal several new features for the genus crinivirus. Journal of Virology 76:
9260-9270.

33.
59

PHỤ LỤC

MỘT SỐ HÌNH ẢNH TRANG WEB TRONG CSDL GENE hsp-70 VÀ
RT-RNaseH.
Trang tìm thông tin khi biết tên sinh vật Trang kết quả tìm kiếm thông tin bằng tên sinh vật

Trang About