B GIÁO DO
I HC M TP. H CHÍ MINH
BÁO CÁO KHÓA LUN TT NGHIP
tài:
KH KHÁNG KHÁNG SINH CA
NHÓM TRC KHUN GRAM ÂM: PSEUDOMONAS
AERUGINOSA, KLEBSIELLA PNEUMONIAE C
PHÂN LP T BNH PHM DNG HÔ HP
I TI BNH VING II T
N THÁNG 04/2014
KHOA CÔNG NGH SINH HC
CHUYÊN NGHÀNH: VI SINH SINH HC PHÂN T
GVHD : ThS.BS Trn Th Ngc Anh
SVTH : Lê Th T Quyên
MSSV : 1053010622
KHÓA : 2010-2014
Tp. H Chí Minh, tháng 04, nm 2014
LI C
Li đu tiên, em xin gi li cm n chơn thƠnh đn cô Ths.BS Trn Th
Ngc Anh, trng khoa Vi sinh Bnh vin Nhi ng II, ngi đƣ tn tình hng
dn, ch bo, giúp đ em trong sut quá trình hc, thc hin và hoàn thành tt bài
báo cáo thc tp tt nghip này.
Xin gi li cm n đn Ban Giám đc bnh vin Nhi ng II đƣ đng ý và
to điu kin cho em thc tp ti khoa Vi sinh ca bnh vin.
Em xin gi li cm n chơn thƠnh đn quý cô Nguyn Th Ánh Hng và các
anh ch trong khoa Vi sinh Bnh vin Nhi ng II. Vi s hng dn và nhit tình
giúp đ, trao đi kinh nghim đƣ b sung nhng kin thúc chuyên môn cho em, Tp. H Chí Minh, Ngày tháng nm 2014
(Ký và ghi h tên)
SVTH: LÊ TH T QUYÊN i
T V 1
TNG QUAN TÀI LIU 5
1.1 TÌNH HÌNH NHIM TRỐNG NG HÔ HP DI 6
1.1.1 Trên th gii 6
1.1.2 Vit Nam 7
1.1.3 Các triu chng lâm sàng 8
1.1.4 Các vn đ liên quan nhim trùng đng hô hp di 8
1.2 I TNG VI KHUN NGHIÊN CU 8
1.2.1 Vi khun Klebsiella pneumoniae 9
1.2.2 Vi khun Pseudomonas aeruginosa 10
1.3 KHỄNG SINH VẨ KHÁNG KHÁNG SINH 11
1.3.1 Kháng sinh 11
1.3.2 kháng kháng sinh 15
NG, VT LI
CU 21
2.1 THI GIAN VẨ A IM NGHIÊN CU 22
2.2 VT LIU NGHIÊN CU 22
2.2.1 Vt liu thí nghim 22
SVTH: LÊ TH T QUYÊN iii
DANH MC CH VIT TT
ADH: Arginine decarboxylase
AK: Amikacin
AMP: Ampiciline
AMS: Ampicillin ậ sulbactam
AUG: Amoxcillin ậ clavulanic acid
BA: Blood agar
BCP: Bromocresol purpe agar
CA: Chocolate agar
CAZ: Ceftazidime
CIP: Ciprofloxacine
CTX: Cefotaxime
CXM: Cefuroxime
CFU: Colony forming unit
CLSI: Clinical and Laboratory Standards Institute
CS: Colistin
DNA: Desoxyribonucleic acid
E. coli: Escherichia coli
ESBL: Extended Spectrum Beta ậ Lactamases
FEP: Cefepime
FOX: Cefoxitine
GN: Gentamycine
IMI: Imipenem
K. pneumoniae: Klebsiella pneumoniae
KIA: Kligler Iron Agar
KS: Kháng sinh
LEV: Levofloxacine
Bng 2.3. Kt qu th nghim sinh hoá: Klebsiella pneumoniae 37
Bng 2.4. Kt qu th nghim sinh hoá: Pseudomonas aeruginosa 38
Bng 3.1. S lng vi khun phân lp đc t đng hô hp di 42
Bng 3.2. T l Klebsiella pneumoniae chia theo đ tui 44
Bng 3.3. T l Pseudomonas aeruginosa chia theo đ tui 45
Bng 3.4. T l vi khun đc phân lp theo gii tính 46
Bng 3.5. Kt qu kháng sinh đ ca Klebsiella pneumoniae 47
Bng 3.6. Kt qu kháng sinh đ ca Pseudomonas aeruginosa 49
Bng 3.7. T l vi khun sinh ESBL 51
SVTH: LÊ TH T QUYÊN vi
CÁC V
Hình 1.1. C ch đ kháng kháng sinh 17
Hình 2.1. Quy trình nuôi cy và phân lp vi khun 24
Hình 2.2. S đ minh ha thƠnh t bƠo vi khun Gram dng (trái) vƠ Gram ơm
(phi) 26
Hình 2.3. Cu khun Gram dng 26
Hình 2.4. Trc khun Gram âm 26
Hình 2.5. Quy trình nhum Gram 28
Hình 2.6. Khun lc Klebsiella pneumoniae trên môi trng CA 30
Hình 2.7. Khun lc Klebsiella pneumoniae trên môi trng BA 30
Hình 2.8. Khun lc Klebsiella pneumoniae trên môi trng BCP 31
Hình 2.9. Khun lc Pseudomonas aeruginosa trên môi trng CA 31
Hình 2.10. Khun lc Pseudomonas aeruginosa trên môi trng BA 31
Hình 2.11. S đ đnh danh mt s vi khun đng rut thng gp 32
Hình 2.12. S đ đnh danh mt s trc khun Gram âm 33
Hình 2.13. Kt qu th nghim sinh hoá ca Klebsiella pneumoniae 37
Hình 2.14. Kháng sinh đ đt cho Pseudomonas aeruginosa 39 T VN
SVTH: LÊ TH T QUYÊN 2
Nhim trùng là s xâm nhp ca vi sinh vt (bao gm các tác nhân gây bnh
nh virus, vi trùng, Mycoplasma, Chlamydia, nm, kỦ sinh trùngầ) vƠo c th con
ngi. Ngày nay bnh nhim trùng đang lƠ vn đ ln ca Y t th gii, nht là các
nc đang phát trin. Bnh nhim trùng đƣ xut hin t rt lơu nhng con ngi ch
hiu rõ chúng trong khong mt th k tr li đơy. Hin nay, bnh nhim trùng
đng hô hp đang xy ra và là vn nn cho xã hi, đc bit là viêm phi. Viêm
phi là bnh cnh nhim trùng bnh vin thng gp, ch đng sau nhim trùng
tiu. Vì lây truyn bng đng hô hp nên vi khun d b phát tán và lan truyn
Nhm góp phn nghiên cu tính nhy cm vi các kháng sinh ca các vi
khun Pseudomonas aeruginosa, Klebsiella pneumoniae phc v cho các nghiên
cu lâm sàng, tôi thc hin đ tài: Kho sát tính đ kháng kháng sinh ca nhóm
trc khun Gram âm: Pseudomonas aeruginosa, Klebsiella pneumoniae đc
phân lp t bnh phm dch đng hô hp di ti bnh vin Nhi ng II t
tháng 11/2013 đn tháng 04/2014”.
SVTH: LÊ TH T QUYÊN 4
MC TIÊU
Mc tiêu tng quát
Xác đnh mt s trc khun Gram ơm: Pseudomonas aeruginosa, Klebsiella
pneumoniae thng gơy bnh nhim trùng hô hp trong các mu bnh phm vƠ kh
nng đ kháng kháng sinh ca chúng.
T l phơn lp các chng trc khun Gram ơm: Pseudomonas
aeruginosa, Klebsiella pneumoniae trong mu bnh phm đƠm, dch
hút ni khí qun, dch ra ph qun, dch hút đƠm qua mi trên khí
qun.
Xác đnh t l phơn lp Pseudomonas aeruginosa, Klebsiella
pneumoniae theo gii tính.
Xác đnh t l phơn lp Pseudomonas aeruginosa, Klebsiella
pneumoniae theo đ tui, kho sát s liên quan v đ tui vƠ mc đ
nhim khun.
Kho sát tình hình đ kháng kháng sinh ca Pseudomonas
aeruginosa, Klebsiella pneumoniae.
Xác đnh kh nng sinh enzyme ậ lactamase ph rng (ESBL) ca
vi khun Pseudomonas aeruginosa, Klebsiella pneumoniae.
kh nng lƠnh bnh là rt thp vì các chng vi khun luôn luôn bin đi do quá trình
lm dng thuc kháng sinh. S phát hin tình c chng vi khun Klebsiella
pneumoniae vƠo nm 2008 trong mt ca cha tr cho mt bnh nhân 59 tui ngi
Thy in b nhim khun Bnh vin New Delhi đƣ to sc ép ln cho các nhà
khoa hc do kh nng kháng chu ca nó rt mnh li có mt chui nh DNA có th
d dƠng trao đi vi các loi vi khun khác lƠm tng kh nng bin đi ca vi khun
hình thành nhiu chng kháng đa kháng sinh.
Nhim khun hô hp cp tính là bnh lý ph bin nht trong bnh lý nhi
khoa. Tuy viêm phi ch chim 10 ậ 15% các trng hp nhim khun hô hp cp
tính, nhng li gây mt t l t vong đáng k. Theo UNICEF, hng nm trên toƠn
th gii có khong 3 triu tr cht vì viêm phi. Tuy đa s các trng hp t vong
xy ra nhng nc đang phát trin, nhng viêm phi vn là nguyên nhân gây t
vong ch yu nhng nc đƣ phát trin. [28]
Trên th gii đƣ có nhiu nghiên cu cho vic phát hin tác nhân nhim
trùng đng hô hp di. Tình hình nhim trùng ngày càng lan rng do kh nng
chuyn các gen kháng t vi khun này sang vi khun khác. S hình thành các gen
kháng kháng sinh đt ra cho các nhà nghiên cu trên th gii nghiên cu đ tìm ra
hng gii quyt. Ln đu tiên các nhà khoa hc phát hiên kh nng sinh enzyme
ậ lactamase ph rng vi khun Klebsiella pneumoniae, tác nhân gây nhim trùng
hƠng đu gây nh hng đn đng hô hp, t đó hình thƠnh nên hƠng lot các
SVTH: LÊ TH T QUYÊN 7
nghiên cu liên quan bng các phng pháp nuôi cy vi sinh vt truyn thng thm
chí bng các phng pháp sinh hc phân t nh các nghiên cu ca Parveen R.
Mohamudha và cng s (2012), Kolar và cng s (2010), nghiên cu “phát hin
nhanh kh nng sn xut ESBL ca trc khun Gram ơm” ca Patrice Nordmann và
cng s. [19][20][22]
Bên cnh tác nhơn gơy bnh ch yu lƠ Klebsiella pneumoniae, các tác nhân
gây nhim trùng đng hô hp di còn có Escherichia coli, Acinetobacter spp.,
Pseudomonas aeruginosa,… Pseudomonas aeruginosa hin nay đƣ xut hin kh
gơy ra ho. Mt phn, vì ho lƠ c ch ca c th đ lƠm sch các cht tit ra t cơy
khí qun, vƠ viêm nhim đng hô hp di thng tng sn sinh niêm dch (đƠm).
Khó th thng lƠ mt du hiu v trao đi khí phi không đ. Nhng ri
lon v tim vƠ hô hp lƠ nhng nguyên nhơn thông thng nht gơy khó th. [29]
1.1.4 Các vn liên quan nhim trùng ng hô hp i
Mt s bnh lý ca nhim trùng đng hô hp di
Viêm tiu ph qun là mt bnh lý viêm cp tính đng hô hp di xy ra
tr nh di 2 tui, nht là tr di 6 tháng. Bnh din tin vi triu chng ho,
khò khè, chy mi, st nh trc vƠi ngƠy, sau đó nhanh chóng dn đn tình trng
suy hô hp.
Viêm phi là hin tng viêm nhim ca nhu mô phi do vi khun. đơy lƠ
mt bnh ph bin, đng th hai sau bnh tiêu hoá, viêm phi thng gp tr em
và là nguyên nhân chính gây t vong đc bit tr di 1 tui và tr s sinh.
Triu chng ban đu thng rt nghèo nƠn vƠ không đc hiu. Tr bt đu
st sau là suy hô hp, khó th da tím tái, có ting th rít.
1.2
Enterobacteriaceae là trc khun Gram âm, hình que, kích thc thay đi t
1 ậ 5 m. Phn ln di đng nh nhu mao, mt s không di đng gm Klebsiella,
Shigella, Yersinia.
Mt s tính cht chung:
- Hiu khí hoc k khí tùy nghi
- Di đng hoc không di đng
- Lên men glucose, có hoc không sinh hi
- Kh nitrate thành nitrite
SVTH: LÊ TH T QUYÊN 9
- Phn ng oxidase âm tính
- Mc d dƠng trên các môi trng nuôi cy thông thng.
1.2.1 Vi khun Klebsiella pneumoniae
Klebsiella pneumoniae thuc h Enterobacteriaceae, là trc khun Gram
đc cu to bi nhng đn v protein hình cu có khi lng phân t khong 15 ậ
26 kDa. Nhng lông pili này có kh nng đông t hng cu ca nhiu loƠi đng vt
khác nhau.
Có kh nng sn xut hai loi sidephore lƠ enterobactin vƠ aerobactin đ đm
bo nhu cu st ca vi khun cn cho s tng trng thit yu ca vi khun, có chc
nng xúc tác cho các phn ng oxi hóa kh trong quá trình truyn đin t.
1.2.2 Vi khun Pseudomonas aeruginosa
Pseudomonas là vi khun Gram âm dng trc khun di đng sng hiu khí.
Chúng đc tìm thy gn nh khp mi ni, trong đt, trong nc, thc vt và
đng vt. P. aeruginosa là mt tác nhân gây bnh nhơn c hi ni ting ph bin
nht nh hng đn bnh nhân suy gim min dch. Pseudomonas gây bnh đc
tìm thy khp c th, thng gp nht đng tit niu, đng hô hp, máu và vt
thng. [17]
1.2.2.1 Hình thái
Trc khun Gram âm thng hay hi cong, di đng nh đn mao
Kích thc nh 0,6 x 2 m
Hình dng khun lc khi nuôi cy: to dt, b nhn, sn sùi
1.2.2.2 Tính cht nuôi cy
Hiu khí tuyt đi
Pseudomonas aeruginosa s dng nhiu ngun dinh dng, thm chí các
môi trng dinh dng rt đn gin mà không cn nhng hp cht hu c. Chúng
có th sng sót trong thi gian dài và trong nhiu môi trng sng khác nhau, trong
nhng điu kin rt bt li. Trên môi trng nuôi cy chúng có mùi thm nh nh
nho khô. [17]
Có biên đ nhit t 5 ậ 42
o
C. Mc tt nhit đ t 37 ậ 42
o
C
Các dng alginate này kt hp vi nhau to thành dng cu trúc nn cho P.
aeruginosa thành dng biofilm giúp bo v che ch vi khun tn ti đc trong
môi trng t nhiên cng nh tránh đc h min dch ca c th ký ch.
Pseudomonas aeruginosa có th to ra 3 loi protein đóng vai trò trong vic
xâm nhim: protein cytotoxin, protein hemolysin phân gii phospholipid, lecithin.
1.3 NG KHÁNG SINH
1.3.1 Kháng sinh
1.3.1.1 S lc v kháng sinh
nh ngha: Thuc kháng sinh là nhng cht có tác đng chng li s sng
ca vi khun, ngn vi khun nhân lên bng cách tác đng lên mc phân t, hoc tác
SVTH: LÊ TH T QUYÊN 12
đngvào mt hay nhiu giai đon chuyn hoá cn thit ca đi sng vi khun hoc
tác đng vào s cân bng lý hoá. [1]
Kháng sinh có tác dng đc hiu, mt loi kháng sinh s tác đng lên mt vi
khun hay mt nhóm vi khun nht đnh. Mt s kháng sinh có hot ph rng,
chúng có hot tính tng đi vi nhiu loi vi khun gây bnh khác nhau, mt s có
ph hp thì ch có hot tính đi vi mt hoc mt s loi vi khun.
Ngun gc: Lch s ca thuc kháng sinh có th đc mô t trong hai giai
đon lch s c đi và lch s hin đi.
Ngi Ai Cp c đi, Trung Quc và Trung M s dng nm mc đ điu tr
vt thng b nhim trùng.
Ngi Hy Lp và Serbia dùng bánh mì lên mc đ điu tr vt thng.
Nm 1928, Alexander Flemming mt nhà khoa hc Scotland phát hin nm
Penicillium notatum tit ra cht penicillin có tác dng dit khun.
Nm 1941, phát hin ra chng Penicillin chrysogenium ch to ra loi
penicilin có hot tính cao hn c triu ln penicilin do Flemming tìm thy ln đu
nm 1928ầ
1.3.1.2 C ch tác đng
c ch thành lp vách t bào:
tetracyclines, aminoglycosides (amikacin, gentamicin, kanamicin, neomicin,
netilmicin, streptomicin, tobramicinầ).
Nhng thuc chloramphenicol, tetracyclines, aminoglycosides, erythro ậ
mycin, lincomycins đƣ đc bit là nhng thuc có th c ch s tng hp protein
ca vi khun.
Aminoglycosides: kiu tác đng ca streptomicin đƣ đc nghiên cu k hn
các loi aminoglycosides khác. Giai đon đu thuc gn vào mt loi protein là th
th chuyên bit trên tiu đn v 30S. Giai đon hai thuc phong b hot tính ca
phc hp đu tiên (initiation complex) ca quá trình thành lp chui peptide. Giai
đon ba thông tin mRNA b đc sai vùng nhn din ca ribo th, kt qu là mt
acid amin không phù hp đc đa vƠo chui peptide, to ra mt protein không
chc nng. Giai đon th t s gn ca thuc làm v các polysomes thành các
monosome không có kh nng tng hp protein.
SVTH: LÊ TH T QUYÊN 14
Tetracyclines: thuc này gn vi tiu đn v 30S ca ribo th. Thuc c ch
s tng hp protein bng cách ngn chn các amino acids mi ni vào chui peptide
mi thành lp.
Cloramphenicol: thuc này gn vi tiu đn v 50S ca ribo th c ch
enzyme peptidyl transferase, lƠm ngn chn các amino acids mi ni vào chui
peptide mi thành lp.
Macrolides (erythromycin, oleandomicin): các thuc này gn vào tiu đn v
50S ca ribo th v trí 23S rRNA, ngn cn vic thành lp phc hp đu tiên đ
tng hp chui peptide.
Lincomycins (lincomycin, clindamycin): lincomycins gn vào tiu đn v
50S ca ribo th, vƠ tng t nh các macrolides nhng đim nh v trí gn, tác
đng kháng khun vƠ c ch tác đng. [1]
c ch s tng hp acid nucleic:
Nh actinomycin, mitomicin, nalidixic acid, novobiocin, pyrimethamine,
rifampin, sulfonamides, trimethoprimầ
Theo cu trúc hóa hc
Nhóm beta lactam: penicillin, cephalosporin, các beta lactam khác:
carbapenem, monobactam, cht c ch beta lactam. [28]
Nhóm aminoglycosid (aminosid): streptomycin, gentamicin, tombramycin,ầ
Nhóm macrolid: erythromycin, clarithromycin, spiramycin,ầ
Nhóm lincosamid: lincomycin, clidamycin,ầ
Nhóm phenicol: cloramphenicol, thiamphenicol
Nhóm tetracyclin: tetracyclin, doxycyclin
Nhóm quinolon: acid nalidixic, ciprofloxacin, ofloxacin,ầ
Nhóm co ậ trimoxazol: co ậ trimoxazol.
Nhóm peptid: glucopeptid: vancomycin, polypeptid: polymyxin, bacitracin.
1.3.2 kháng kháng sinh
1.3.2.1 S lc v đ kháng kháng sinh
nh ngha
Mt vi khun đc gi lƠ đ kháng khi nng đ c ch ti thiu (MIC) ca vi
khun đó cao hn nng đ c ch đa s các chng vi khun khác ca cùng loƠi đó.
Các mc đ ca MIC xác đnh cho tính nhy cm, tính trung gian vƠ tính đ kháng