ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN
TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC

HÀ THỊ THANH HOÀN

SO SÁNH TRÌNH TỰ NUCLEOTIDE
CỦA ĐOẠN SSR CÓ LIÊN QUAN ĐẾN PROTEIN

THỰC HIỆN CHỨC NĂNG TRAO ĐỔI CHẤT

Ở MỘT SỐ MẪU CHÈ TẠI THÁI NGUYÊN

Chuyên nghành: Công nghệ Sinh học
Mã số: 60 42 02 01

LUẬN VĂN THẠC SỸ CÔNG NGHỆ SINH HỌC

Ngƣời hƣớng dẫn khoa học: TS. Hoàng Thị Thu Yến

Thái Nguyên, 2015
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – ĐHTN

http://www.lrc.tnu.edu.vn


ii

LỜI CAM ĐOAN
Tôi xin cam đoan đây là công trình nghiên cứu của riêng tôi. Các số
liệu và kết quả trình bày trong luận văn là trung thực và chƣa đƣợc ai công bố
trong bất kỳ công trình nào khác. Mọi trích dẫn trong luận văn đều ghi rõ

Cuối cùng, tôi xin bày tỏ lòng biết ơn tới toàn thể gia đình, cảm ơn bạn
bè, đồng nghiệp và nhóm nghiên cứu di truyền đã luôn cổ vũ, động viên tôi
trong suốt thời gian qua.
Tác giả

Hà Thị Thanh Hoàn

Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – ĐHTN

http://www.lrc.tnu.edu.vn


iv

DANH MỤC NHỮNG TỪ VÀ CHỮ VIẾT TẮT

Từ viết tắt

Viết đầy đủ

AFLP

Amplified Fragment Length Polymorphic (đa hình chiều dài
các đoạn cắt khuếch đại)

bp

Cặp base

DNA


Primer R

Primer Reverse (mồi ngƣợc)

RAPD

Random Amplify Polymorphic DNA (phân tích đa dạng DNA
khuếch đại ngẫu nhiên)

RNA

Ribonucleic Acid

RFLP

Restriction Fragment Length Polymorphic (đa hình chiều dài
đoạn cắt giới hạn)

SSR

Simple Sequence Repeat (đoạn lặp lại trình tự đơn giản)

TAE

Tris acetat EDTA

VNTR

Variable Number of Tandem Repeat (DNA lặp lại nối tiếp có

năng trao đổi chất............................................................................................14
1.3.1. Khát quát về chỉ thị SSR....................................................................14
1.3.2. Chỉ thị SSR liên quan đến protein thực hiện chức năng trao đổi chất17
CHƢƠNG 2. VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU.................22
2.1. Vật liệu nghiên cứu..................................................................................22
2.1.1. Nguyên liệu........................................................................................22
2.1.2. Hóa chất.............................................................................................22
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – ĐHTN

http://www.lrc.tnu.edu.vn


vi

2.1.3. Thiết bị...............................................................................................22
2.2. Phƣơng pháp nghiên cứu.........................................................................23
2.2.1. Phƣơng pháp thu mẫu lá chè............................................................. 23
2.2.2. Phƣơng pháp tách chiết DNA tổng số từ lá chè................................ 23
2.2.3. Phƣơng pháp điện di..........................................................................25
2.2.4. Phƣơng pháp xác định hàm lƣợng và kiểm tra độ tinh sạch DNA tổng số 27

2.2.5. Kỹ thuật PCR-SSR.............................................................................27
2.2.6. Phƣơng pháp tinh sạch sản phẩm PCR..............................................29
2.2.7. Phƣơng pháp xác định và phân tích trình tự......................................30
CHƢƠNG 3. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN................................................. 31
3.1. Tách DNA tổng số từ các mẫu chè nghiên cứu....................................... 31
3.2. Phân tích chỉ thị SSR ở các mẫu chè nghiên cứu.....................................32
3.2.1. Phân tích một số chỉ thị SSR ở các mẫu chè nghiên cứu bằng kỹ thuật
PCR - SSR................................................................................................... 32
3.2.2. Đánh giá mối quan hệ di truyền giữa các mẫu chè dựa trên phân tích

YTS98.............................................................................................................36
Hình 3.6. Sơ đồ quan hệ di truyền của 18 mẫu chè nghiên cứu.....................40
Hình 3.7. So sánh trình tự nucleotide đoạn SSR của bốn mẫu nghiên cứu với
các trình tự đã công bố....................................................................................43
Hình 3.8. So sánh trình tự nucleotide đoạn SSR của bốn mẫu nghiên cứu với
các trình tự đã công bố....................................................................................44

Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – ĐHTN

http://www.lrc.tnu.edu.vn


viii

DANH MỤC CÁC BẢNG TRONG LUẬN VĂN

Bảng 2.1. Danh mục các thiết bị, dụng cụ đƣợc sử dụng...............................23
Bảng 2.2. Thành phần gel polyacrylamide 8%...............................................27
Bảng 2.3. Danh sách 14 cặp mồi SSR đƣợc sử dụng trong nghiên cứu........28
Bảng 2.4. Thành phần của phản ứng PCR - SSR........................................... 29
Bảng 2.5. Chu trình nhiệt của phản ứng PCR – SSR..................................... 29
Bảng 3.1. Số phân đoạn DNA xuất hiện và số phân đoạn DNA đa hình đối
với mỗi chỉ thị.................................................................................................37
Bảng 3.2. Bảng hệ số tƣơng đồng di truyền của 18 mẫu chè nghiên cứu......39

Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – ĐHTN

http://www.lrc.tnu.edu.vn




http://www.lrc.tnu.edu.vn


2

thông tin khá lớn. Khi so sánh các đoạn EST ở chè và các gen đã biết từ các
loài khác cho thấy rằng chỉ thị SSR-EST đƣợc nghiên cứu cho tới nay đƣợc
cho rằng có liên quan đến các quá trình sinh học.
Trao đổi chất là những quá trình sinh hoá xảy ra trong cơ thể sinh vật
với mục đích sản sinh nguồn năng lƣợng nuôi sống tế bào hoặc tổng hợp
những vật chất cấu thành nên tế bào, đó là nền tảng của mọi hiện tƣợng sinh
học. Đối với thực vật nói chung và cây chè nói riêng thì quá trình trao đổi chất
do nhân tố nào điều khiển đang đƣợc sự quan tâm của các nhà khoa học trên
thế giới.
Xuất phát từ những thực tế trên, chúng tôi đã thực hiện đề tài: “So s nh
tr nh tự nuc eotide của đo n SSR
năng trao đổi chất ở

t số

iên quan tới protein thực hiện chức

ẫu ch t i Th i Nguyên”

2. Mục tiêu nghiên cứu
- Đánh giá đƣợc mối quan hệ di truyền của 18 mẫu giống chè nghiên cứu.
- Xác định đƣợc sự khác biệt trình tự nucleotide của đoạn SSR có liên quan
đến protein thực hiện chức năng trao đổi chất ở một số mẫu chè tại Thái Nguyên.


Nguồn gốc cây chè là vấn đề phức tạp, cho đến nay có nhiều quan điểm
khác nhau về nguồn gốc cây chè, dựa trên những cơ sơ về lịch sử, khảo cổ học
và thực vật học. Một số quan điểm đƣợc nhiều nhà khoa học công nhận nhất
là:
+ Cây chè có nguồn gốc ở Vân Nam Trung Quốc:
Nhiều công trình nghiên cứu, khảo sát trƣớc đây cho rằng nguồn gốc
của cây chè là ở Vân Nam – Trung Quốc, nơi có khí hậu ẩm ƣớt và ấm. Theo
các tài liệu Trung Quốc thì cách đây trên 4000 năm ngƣời Trung Quốc đã biết
dùng chè làm dƣợc liệu và sau đó là để uống [44]. Năm 1753, Carl Van
Linnacus, nhà thực vật học lần đầu tiên trên thế giới đã xác định Trung Quốc
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – ĐHTN

http://www.lrc.tnu.edu.vn


4

là vùng nguyên sản của cây chè và định tên khoa học của cây chè là Thea
sinensis, phân thành 2 thứ: Thea bohea và Thea viridis [17].
Theo Daraselia Gruzia (1989) thì các nhà khoa học Trung Quốc nhƣ:
Schenpen, Jaiding, …đã giải thích cây chè mẹ ở Trung Quốc nhƣ sau: Tỉnh
Vân Nam là nơi bắt đầu hàng loạt các con sông lớn đổ về các con sông ở Việt
Nam, Lào, Campuchia, Mianma. Đầu tiên cây chè mọc ở Vân Nam, sau đó
hạt chè di chuyển theo đƣờng nƣớc đến các nƣớc nói trên và sau đó lan dần
ra các nơi khác, dọc theo cao nguyên Tây Tạng 11 , 16].
+ Cây chè có nguồn gốc ở vùng Atxam (Ấn Độ):
Năm 1823, Bruce đã phát hiện đƣợc cây chè dại lá to ở vùng Atxam
(Ấn Độ), từ đó các học giả ngƣời Anh cho rằng: Nguyên sản của cây chè là ở
vùng Atxam chứ không phải ở Vân Nam – Trung Quốc [11].
+ Cây chè có nguồn gốc ở Việt Nam:

thân bụi và đƣợc trồng để thu lá làm nguyên liệu cho công nghiệp chế biến và
mang một số đặc điểm sinh học sau đây 16]:
Đặc điểm hình thái
Thân: Thẳng và tròn, phân nhánh liên tục thành một hệ thống cành và
chồi. Trên thân có mấu chia thành nhiều lóng.
Cành: Do mầm dinh dƣỡng biến đổi thành. Trên cành chia ra làm nhiều
đốt, chiều dài đốt cành biến đổi từ 1 – 10 cm tùy theo giống và điều kiện sinh
trƣởng. Tùy theo lứa tuổi mà màu sắc cành chè biến đổi từ màu xanh thẫm,
xanh nhạt, màu đỏ, màu nâu và khi cành già có màu xám.
Chồi: Mọc ra từ nách lá, chia theo sự biệt hóa của chồi có chồi dinh
dƣỡng mọc ra lá và chồi sinh thực mọc ra nụ, hoa, quả. Chia theo vị trí trên
cành có: Chồi ngọn (đỉnh), chồi nách, chồi ngủ (trong cành).
Lá: Lá chè là loại lá hình đơn nguyên, có hệ gân lá rất rõ, rìa lá có răng
cƣa, chiều dài từ 4 – 15 cm, rộng từ 2 – 5 cm. Mặt phiến lá có thể nhẵn, lồi
lõm, láng bóng. Hệ gân lá hình mạng lông chim. Lá chè có thể có hình thuôn,
mũi mác, ô van, trứng gà, gần tròn. Gốc lá nhọn, tròn đến tù; chóp lá nhọn tù.
Lá chè thƣờng thay đổi về hình dạng, màu sắc và kích thƣớc tùy theo giống,
điều kiện tự nhiên và điều kiện canh tác. Các độ tuổi khác nhau của lá chè tạo
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – ĐHTN

http://www.lrc.tnu.edu.vn


6

ra các các sản phẩm chè có chất lƣợng khác nhau do thành phần hóa học
trong các lá này khác nhau.
Hoa: Hoa chè là loại hoa lƣỡng tính, trong hoa có 5 - 8 cánh màu trắng,
có khi lại hơi phớt hồng. Tràng có 5 - 9 cánh màu trắng hay phớt hồng, bộ nhị
đực trung bình có 200 - 300 cái; bao phấn có hai nửa bao, chia 4 túi phấn, hạt

Sự phát triển của cây chè chia làm hai chu kỳ: Chu kì phát triển lớn
gồm suốt đời sống cây chè từ khi hạt nảy mầm đến khi cây chết và chu kì phát
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – ĐHTN

http://www.lrc.tnu.edu.vn


7

triển nhỏ bao gồm các giai đoạn sinh trƣởng, phát triển lặp lại nhiều lần trong
một năm.
h nh ph n h

học củ

á ch

Thành phần hóa học có trong chè rất đa dạng bao gồm lƣợng lớn nƣớc
và các thành phần hữu cơ và vô cơ khác nhƣ: nƣớc; Flavanol
(Epigallocatechin gallate (EGCG), Epicatechin gallate (ECG), Epigallo
catechin (EGC), Epicatechin (EC), Catechin (C)); Cafein; Axit hữu cơ (citric,
malic,…); Axit hữu cơ (citric, malic,…); xơ (cellulose, hemicellulose);
protein và axit amin; lipid; khoáng; chất màu (carotenoid, chlorophyll) [42].
Đặc điểm di tru ền củ c

ch

Chè là loại cây trồng quan trọng ở nhiều nơi trên thế giới nhƣng cho
đến nay, vẫn chƣa có nhiều thông tin về hệ gen của cây chè. Những nghiên
cứu trƣớc đây đã cho ra những kết quả rất khác nhau. Năm 2001, nghiên cứu

có thể kích thích hệ thần kinh trung ƣơng, vỏ cầu đại não, giúp tăng cƣờng sự
hoạt động của cơ thể, giảm mệt nhọc [43].
iá tr y học Nƣớc chè tƣơi còn giảm đƣợc các quá trình viêm nhƣ
viêm khớp, viêm gan mãn tính, tăng cƣờng tính đàn hồi của thành mạch máu.
Uống chè giảm nguy cơ tim mạch, chống lão hóa, chống nhi m độc. Mới đây
nhất, các nhà khoa học còn phát hiện ra chè còn có tác dụng chống khả năng
gây ung thƣ của các chất phóng xạ. Ngƣời ta đã trích ly các chất trong chè để
điều chế các thuốc trợ tim, cầm máu, lợi tiểu… Những giá trị tiềm ẩn của cây
chè vẫn còn đang đƣợc quan tâm nghiên cứu [43].
iá tr v m t inh t h i Cây chè giữ vai trò quan trọng trong cơ cấu cây
trồng nông nghiệp, sản phẩm chè là mặt hàng xuất khẩu quan trọng của ngành
nông nghiệp Việt Nam. Sản xuất chè đã góp phần tạo công ăn việc làm, xóa
đói giảm nghèo, tạo nguồn thu nhập ổn định cho ngƣời dân và thúc đẩy quá
trình công nghiệp hóa, hiện đại hóa nông thôn, nhất là vùng Trung du và miền
núi [43].
Ngoài ra, trồng chè còn giúp phủ xanh đất trống đồi trọc, chống sói
mòn đất, bảo vệ môi trƣờng…
iá tr v m t v n hóa Lá chè đƣợc sử dụng không chỉ để chế biến thức
uống phục vụ nhu cầu của con ngƣời, mà từ lâu chè thành phẩm đã trở
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – ĐHTN

http://www.lrc.tnu.edu.vn


9

thành nét văn hóa đặc trƣng của nhiều quốc gia. Uống chè là nét văn hóa lâu
đời của ngƣời Việt Nam, mang một giá trị thiêng liêng, cao quý trong đời
sống tinh thần của con ngƣời. Thƣởng thức chè là một thú vui tao nhã, tạo
đƣợc cảm hứng trong văn thơ, hội họa… Ở Việt Nam chè không thể thiếu


Giống chè LDP1 và LDP2 là hai dòng chè đƣợc tạo ra từ phép lai hữu
tính giữa cây mẹ là Đại Bạch Trà và cây bố là giống PH1. Qua quá trình chọn
lọc, hai dòng này biểu hiện nhiều ƣu điểm nhƣ lá to, búp có màu xanh và mật
độ búp dày, cây sinh trƣởng khỏe và cho năng suất cao.
Giống chè TRI777 có nguồn gốc từ Srilanka, đƣợc chọn lọc từ chè
Shan Mộc Châu – Srilanka, có đặc điểm phân cành thấp, d giâm cành, hệ số
nhân giống cao, chịu hạn tốt, chống chịu sâu bệnh trung bình. Búp 1 tôm 2 lá:
60 – 75 gram, tanin 30,5 %. Dùng để chế biến chè xanh. Trồng thích hợp nhất
ở vùng núi thấp 100 – 500 m so với mực nƣớc biển [15].

Hình 1.1 Một số giống chè trồng tại Công ty chè Sông Cầu tỉnh Thái Nguyên
1.2. Tình hình nghiên cứu hệ gen chè trên thế giới và ở Việt Nam
1.2.1. Tình hình nghiên cứu hệ gen chè trên thế giới
Việc nghiên cứu các giống cây đƣợc coi là tiền đề, là nguồn tƣ liệu tiên
quyết không thể thay thế trong sản xuất nông nghiệp. Trong quá trình sản xuất
chè, giống có vai trò rất quan trọng trong việc nâng cao năng suất, sản lƣợng và
chất lƣợng sản phẩm. Do đó các giống chè tốt không ngừng đƣợc quan tâm
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – ĐHTN

http://www.lrc.tnu.edu.vn


11

nghiên cứu và triển khai vào trồng trên quy mô lớn.
Ấn Độ là quốc gia đứng đầu thế giới về sản lƣợng chè do rất quan tâm
nghiên cứu triển khai các giống tốt cho năng suất cao vào sản xuất. Từ những
năm 50 của thế kỷ XX Ấn Độ đã thành công trong việc chọn ra 110 giống chè
tốt. Công tác chọn dòng chè, kết hợp chọn dòng có sản lƣợng cao và có khả


trình trao đổi chất thứ cấp, hầu hết đƣợc phát hiện qua trình tự EST [32].
Trong nghiên cứu đa dạng di truyền, chỉ thị SSR đƣợc sử dụng rất phổ
biến. Tuy nhiên cho tới nay, số lƣợng chỉ thị SSR đặc hiệu cho cây chè còn
rất ít, do đó các nghiên cứu ứng dụng chỉ thị SSR trong phân tích di truyền hỗ
trợ công tác chọn giống chè còn khiêm tốn. Sự đa dạng di truyền sẽ chỉ ra
đƣợc mức độ sai khác giữa các giống chè nghiên cứu ở mức độ phân tử, đồng
thời giải thích đƣợc tính đa dạng nguồn gen của cây chè.
Chỉ thị RFLP đã đƣợc sử dụng trong phân tích quan hệ di truyền giữa
các giống cây trồng và họ hàng hoang dại của chúng từ năm 1989. Ở cây chè,
ít có những báo cáo về sử dụng chỉ thị RFLP trong nghiên cứu đa dạng di
truyền. Phần lớn các nghiên cứu sử dụng RFLP đến nay đều đƣợc thực hiện ở
Nhật Bản [14].
Năm 1997, Viện tài nguyên di truyền thực vật quốc tế (IPGRI) đã công
bố tiêu chuẩn đánh giá đặc điểm hình thái chè. Dựa theo tiêu chuẩn này, một
số nghiên cứu đánh giá đa dạng di truyền các giống chè bằng chỉ thị hình thái
đã đƣợc thực hiện. Chen và đtg (2005) đã sử dụng 33 chỉ tiêu hình thái để
đánh giá sự đa dạng di truyền của 87 giống chè ở tỉnh Vân Nam - Trung
Quốc. Kết quả cho thấy sự đa dạng rất cao giữa các giống chè, đặc biệt các
đặc điểm của lá và hoa cho thấy sự đa dạng cao hơn so với các chỉ tiêu khác.
Chỉ thị AFLP lần đầu tiên đƣợc áp dụng với cây chè. Kết quả nghiên
cứu với 32 dòng chè Kenia cho thấy sự phân nhóm của ba thứ chè Assam,
Trung Quốc và Cambod, trong đó quần thể chè Trung Quốc có mức độ đa
dạng di truyền cao hơn cả. Các nghiên cứu sau này của Lee (2003) và Mishra
(2004, 2009), cũng cho kết quả tƣơng tự [19], [20].
Năm 2004, Saravanan và đtg đã công bố sự đa dạng di truyền của 26
dòng chè UPASI hoàn toàn dựa trên cơ sở catechin và các phân đoạn của
chúng tại Ấn Độ.
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – ĐHTN


chọn đƣợc một số cá thể chè sinh trƣởng và phát triển tốt. Ngoài ra, Viện còn
sử dụng consixin xử lý trên mầm chè giống PH1 trong thời gian 24 – 48h với
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – ĐHTN

http://www.lrc.tnu.edu.vn


14

nồng độ 0,2 % cũng đã thu đƣợc kết quả bƣớc đầu. Ngoài ra, các nhà khoa
học đã tiến hành nghiên cứu nhân giống bằng phƣơng pháp nhân vô tính từ
rất sớm nhƣ ghép, giâm cành và đã thu đƣợc những kết quả tốt [5].
Ngày nay, nghiên cứu ứng dụng công nghệ sinh học trong chọn giống cây
trồng đã đƣợc nhiều nhà khoa học quan tâm. Việc sử dụng các chỉ thị phân tử
khác nhau đƣợc nghiên cứu và phát triển đã trở thành công cụ mạnh mẽ để phân
tích đa dạng di truyền và xác định các mối quan hệ giữa các giống cây trồng, vật
nuôi nhƣ RAPD, SSR, RFLP, AFLP... Trong đó, chỉ thị SSR (Simple Sequence
Repeats) là một loại chỉ thị đƣợc sử dụng khá phổ biến, chính xác và hữu hiệu
trong nghiên cứu đa dạng di truyền, xây dựng bản đồ liên kết, phân lập gen, xác
định quan hệ di truyền giữa các giống, dòng cây trồng [18].

Ở Việt Nam, việc ứng dụng các kĩ thuật sinh học phân tử vào việc đánh
giá hệ gen của cây chè trong chọn tạo giống cây trồng còn là vấn đề mới mẻ.
Năm 2004, nhóm tác giả Nguy n Minh Hùng, Đinh Thị Phòng đã sử dụng kỹ
thuật RAPD để nghiên cứu tính đa hình của một số dòng chè đột biến. Năm
2010, Nguy n Thị Thu Hƣơng và đtg đã sử dụng kỹ thuật này để phân tích sự
đa dạng trình tự hệ gen ở các dòng chè Shan [9]. Một số giống chè trồng ở xã
Tân Cƣơng - vùng chè đặc sản chè nổi tiếng của Tỉnh Thái Nguyên cũng
đƣợc phân tích bằng kỹ thuật RAPD bởi Hoàng Thị Thu Yến và đtg [19].
Năm 2009, Trần Đức Trung và đtg đã nghiên cứu đánh giá sự đa dạng di

Theo Litt và Lutty (1989), vi vệ tinh có nhiều motif khác nhau, thƣờng
có mức độ lặp lại thấp và biến đổi ở một locus nhất định, chính vì vậy số
lƣợng alen ở mỗi locus vi vệ tinh là rất nhiều. Các vi vệ tinh có thể đƣợc tìm
thấy khắp nơi, ở vùng mang mã (exon) và không mang mã (intron) trên hệ gen
nhân và cả hệ gen ngoài nhân (ti thể, lục lạp). Có nhiều danh pháp khác nhau
đƣợc dùng để chỉ vi vệ tinh: Trình tự lặp đơn giản – SRS (Simple Repetitive
Sequences), đoạn lặp trình tự đơn giản - SSR (Simple Sequence
Repeats) hay đoạn lặp nối tiếp đơn giản - STR (Simple Tandem Repeat),
trong số này, SSR là danh pháp đƣợc sử dụng phổ biến nhất [12].
Vi vệ tinh - SSR có số lƣợng motif rất phong phú, phân tán đều khắp hệ
gen và có mức độ đa hình rất cao. Theo Jurka và Pethiyagoda (1995), với bốn
loại base nitơ A-T-G-C, số lƣợng các motif SSR trên cấu trúc sợi đôi DNA có
thể lên đến 501 loại khác nhau, từ motif có một nucleotide (monomeric) đến
motif có sáu nucleotide (hexameric). Motif phổ biến nhất ở hệ gen thực vật là
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – ĐHTN

http://www.lrc.tnu.edu.vn


16

(A)n, (AT)n, (GA)n và (GAA)n. Bên cạnh đa dạng về số lƣợng, sự sắp xếp
các motif trong đoạn trình tự lặp cũng góp phần làm phong phú SSR trong hệ
gen. Dựa trên mức độ hoàn chỉnh của các motif lặp lại, đã phân chia các SSR
thành ba nhóm khác nhau, bao gồm: (i) SSR lặp lại hoàn chỉnh (perfect
repeats), có chứa một motif lặp lại liên tục không bị ngắt quãng; (ii) SSR lặp
lại không hoàn chỉnh (imperfect repeat), chuỗi motif lặp lại bị gián đoạn bởi
một hay một vài base không thuộc cấu trúc motif; (iii) SSR lặp lại phức hợp
(compound repeat), là sự kết hợp xen kẽ có hoặc không có quy luật của hơn
hai motif khác nhau [31].

chè, theo tính toán lý thuyết có 1636 đoạn EST chứa 2371 SSR. Nhóm nghiên
cứu này cho rằng loại trình tự SSR lặp1nucleotide là phổ biến nhất (65,9%),
tiếp theo là lặp 2 nucleotide (24,6%), lặp 3 nucleotide (7,8%), lặp 4 nucleotide
(0,8%), lặp 5 nucleotide và 6 nucleotide (0,8%). Khi so sánh các đoạn EST ở
chè với các gen đã biết chức năng từ các loài khác cho thấy hầu hết các chỉ thị
SSR-EST liên quan đến các quá trình sinh học, thành phần cấu tạo tế bào và
chức năng phân tử của gen ở chè. Các EST-SSR cung cấp thông tin liên quan
đến nhiều gen mã hóa các sản phẩm trao đổi, sự dịch mã, vận chuyển lipit,
đáp ứng lại stress, protein bám GTP, Fe, S và nhiều chức năng khác. Tuy
nhiên, mối liên quan của các chỉ thị SSR-EST với các gen thực hiện các chức
năng này ở chè vẫn chƣa đƣợc nghiên cứu.
1.3.2. Chỉ thị

R iên qu n đến protein thực hiện chức năn

tr o đổi chất

Nghiên cứu của Sharman (2009), Ma và đtg (2010) khi so sánh các
đoạn EST ở chè với các gen đã biết trƣớc từ các loài khác cho thấy hầu hết
các chỉ thị SSR-EST đƣợc nghiên cứu cho đến nay đƣợc cho rằng có liên
quan đến các quá trình sinh học, thành phần tế bào và chức năng phân tử ở
chè. Các chỉ thị SSR-EST liên quan đến quá trình sinh học ở chè bao gồm:
quá trình trao đổi chất, protein đáp ứng lại stress, tổ chức tế bào. Có 3 dạng
chỉ thị SSR-EST liên quan đến thành phần tế bào là các đoạn SSR mã hóa
protein tham gia cấu tạo màng tế bào, nội bào và ngoại bào. Khi phân tích
dƣới dạng chức năng phân tử, các chỉ thị SSR-EST biểu hiện dƣới các đoạn
DNA mã hóa protein cấu trúc, protein bám, protein xúc tác. Những chỉ thị
SSR liên quan tới các protein thực hiện chức năng glyoxalase, tổng hợp
sucrose, … [28], [33].
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – ĐHTN