i

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO

TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP. HỒ CHÍ MINH

LÊ THỊ THU PHƯƠNG

PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ ORF2 CỦA PCV2 TỪ HEO NUÔI Ở
MỘT SỐ TỈNH PHÍA NAM VÀ NGHIÊN CỨU VẮC-XIN
PHÒNG BỆNH LIÊN QUAN PCV2
TRÊN HEO SAU CAI SỮA

Chuyên ngành: Bệnh lý học và Chữa bệnh vật nuôi
Mã số: 9.64.01.02
LUẬN ÁN TIẾN SĨ NÔNG NGHIỆP
Người hướng dẫn khoa học:
PGS. TS. Nguyễn Ngọc Hải
TS. Nguyễn Thị Thu Hồng

TP. Hồ Chí Minh – tháng 11 năm 2019


ii

LỜI CAM ĐOAN
Tôi cam đoan những công bố trong luận án này là trung thực, một phần dữ liệu
là công trình nghiên cứu của tôi chưa từng được ai công bố trong bất kỳ công trình
nào khác, một phần dữ liệu trong luận án thuộc đề tài độc lập trong chương trình
nhiệm vụ nghiên cứu đặc thù, Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn đặt hàng theo
công văn số 2151/BNN-KHCN ngày 21/4/2011 và theo hợp đồng số 23 HĐ/TCKHCN giữa Văn phòng Bộ NN-PTNN và Trung Tâm Nghiên Cứu Thú Y – Công ty

Xin chân thành cảm ơn Anh Đặng Hùng, Chị Lam Hương và các bạn đồng
nghiệp Ngọc Ánh, Nhị Hà, Vô Ngôn, Hồng Phúc, Tấn Liêm, Hào Quang, Thu Lâm,
Minh Hải ở Trung Tâm Nghiên Cứu, bạn Kim Phúc và anh Hải, Chị Thu Hà, Chị
Diệu Thúy, Em Thanh Phong đã đồng hành và động viên tôi trong suốt quá trình học
tập, nghiên cứu và thực hiện đề tài.
Xin gởi lời cảm ơn và lời yêu thương chân thành đến đại gia đình đã ủng hộ,
động viên tôi trong công tác, học tập và hoàn thành luận án.


iv

TÓM TẮT
Đề tài “Phân tích trình tự ORF2 của PCV2 từ heo nuôi ở một số tỉnh phía
Nam và nghiên cứu vắc-xin phòng bệnh liên quan PCV2 trên heo sau cai sữa”
được thực hiện nhằm xác định genotype và đánh giá sự tương đồng di truyền của
PCV2 lưu hành tại một số tỉnh phía Nam Việt Nam và nghiên cứu thử nghiệm vắcxin phòng hội chứng còi, giảm lượng vi-rút huyết trong mô và bệnh tích liên quan
PCV2 trên heo dựa trên chủng phân lập trong nghiên cứu. Kết quả đạt được như sau:
Phân tích cây phát sinh chủng loại dựa trên toàn bộ ORF2 của 48 mẫu PCV2
thu thập từ năm 2007 đến 2016 từ 44 trại heo ở 13 tỉnh thành Việt Nam (gồm 12 tỉnh
phía Nam và 1 tỉnh Bắc Trung Bộ) cho thấy, có sự lưu hành đồng thời PCV2b, PCV2d
và PCV2-Re (2h) (trước đây được xếp vào nhóm PCV2 tái tổ hợp, theo cách phân
loại mới được xếp vào genotype PCV2h), trong đó phổ biến nhất là PCV2b (24/48).
Sự xuất hiện và ngày càng trở nên phổ biến của genotype PCV2d, đặc biệt là PCV2d2 (15/16 mẫu thuộc PCV2d) từ năm 2012 trở đi. Mức độ tương đồng về nucleotide ở
mỗi genotype tương ứng 98,7% - 100% đối với PCV2b, 98,5 - 100% đối với PCV2d2 và PCV2-Re (2h) là 98,7 - 100%. Khoảng cách di truyền (p - distance) giữa các
genotype khá cao, từ 0,0595  0,0096 đến 0,0663  0,0102, cao hơn rất nhiều so với
ngưỡng p = 0,035.
Đã phân lập được 18 chủng PCV2 thuộc các genotype PCV2b (9 chủng),
PCV2d (6 chủng) và PCV2-Re (2h) (3 chủng) từ 21 mẫu bệnh phẩm dương tính PCV2
- thu nhận từ heo có biểu hiện triệu chứng và bệnh tích bệnh do circovirus. Hiệu giá
vi-rút đạt được trên môi trường tế bào PK15A dao động từ 1,67 đến 5,50log10

sau tiêm vắc-xin. Heo sau tiêm vắc-xin và công cường độc đều khỏe mạnh, tăng trọng
bình thường, có thời gian vi-rút huyết ngắn, bài thải vi-rút qua phân và dịch tiết mũi
với tỉ lệ thấp hơn so với heo đối chứng. Tỉ lệ heo mắc PMWS trên lô vắc-xin là 0/6
và ở lô đối chứng là 1/4. Kết quả cho thấy vắc-xin vô hoạt nhũ dầu này có khả năng
kích thích đáp ứng miễn dịch cũng như bảo hộ heo về mặt lâm sàng chống lại PCV2b,
giảm tỉ lệ heo có vi-rút huyết và giảm hiệu giá vi-rút trong mô lúc 28 ngày sau công
cường độc.


vi

SUMMARY
The study “Genetic analysis of PCV2-ORF2 from pigs in Southern Vietnam
and study on vaccine against porcine circovirus diseases in post-weaning pigs” was
carried out from June 2012 to June 2018, in Veterinary Research Center –
NAVETCO National Veterinary Joint Stock Company, Nong Lam University Ho Chi
Minh City. The aims were to determine the prevalence of PCV2 genotypes, genetic
homology of PCV2 isolates circulating in Southern of Vietnam and research on
vaccine against porcine circovirus in post-weaning pigs based on PCV2 isolates in
this study.
Full-length ORF2 of 48 PCV2 isolates from 44 pig farms in 13 provinces in
Vietnam (including 12 Southern and 1 North Central Coast provinces) between 2007
and 2016 was analysed nucleotide sequence. The results showed that genotype
PCV2b, PCV2d and PCV2-Re (2h) (formerly classified as recombinant cluster) coexisted, of which the most prevalent genotype was PCV2b (24/48). PCV2d genotype
was emergent and predominant, especially PCV2d-2 (15/16) from 2012 onwards.
Nucleotide homology for each genotype was 98.7% - 100% for PCV2b, 98.5 - 100%
for PCV2d-2 and 98.7 - 100% for PCV2-Re (2h). p - distance among genotypes were
quite high and range from 0.0595  0.0096 to 0.0663  0.0102.
Eighteen PCV2 strains were isolated from the PCV2 PCR positive samples,
belonged to genotype PCV2b (9 strains), PCV2d (6 strains) and PCV2-Re (2h) (3

inactivation rates 0.71; 0.86 and 1.33log10 TCID50 per hour, respectively.
Efficacy of experimental inactivated oil emulsion PCV2 vaccine based on
NAVET-DongNai2/2009 (PCV2b) strain: Experiment 3: at 4 weeks of age, vaccine
group (n = 6) were vaccinated with the experimental PCV2 vaccine (2 ml/dose,
contains 106.0TCID50) by intramuscular route, and control group (n = 4) were injected
with 2 ml of PK15A cell extract. After 4 weeks post-vaccination, the vaccinated
together with unvaccinated controls were challenged intranasally and intramuscularly
with 4x105,33TCID50 of NAVET-DongNai2/2009 strain, and observed for 28 days
post challenge. The seroconversion started at 14 - 21 dpv in vaccinated pigs. The
vaccinated pigs had no increase in body temperature, without any clinical signs
during the experiment. The obtained results indicated that this vaccine induced
immunological responses in vaccinated pigs that appeared to provide clinically
protective against PCV2b infection. Viremia, shedding and viral load in tissues were
reduced in vaccinated pigs compared to controls.


viii

MỤC LỤC
Trang
Trang phụ bìa ...............................................................................................................i
Lời cam đoan ...............................................................................................................ii
Lời cảm ơn ................................................................................................................ iii
Tóm tắt/Summary.......................................................................................................iv
Mục lục.................................................................................................................... viii
Danh mục các ký hiệu, các chữ viết tắt .................................................................... xii
Danh mục các bảng ...................................................................................................xv
Danh mục các hình, biểu đồ và sơ đồ .................................................................... xvii
Mở đầu ........................................................................................................................4
Chương 1. Tổng quan..................................................................................................4

1.4.5.4. Sự biến đổi di truyền của PCV2 ............................................................................... 34
1.4.6. Thất bại sau tiêm phòng vắc-xin PCV2 ...................................................................... 34
1.5. Cơ sở khoa học nghiên cứu sản xuất vắc-xin PCV2 .................................................... 35
1.5.1. Cơ sở chọn thể loại vắc-xin để nghiên cứu ................................................................ 35
1.5.2. Cơ sở chọn chủng vi-rút vắc-xin ................................................................................. 36
1.5.3. Cơ sở lựa chọn chất vô hoạt PCV2 ............................................................................. 36
1.5.4. Cơ sở lựa chọn chất bổ trợ ........................................................................................... 38
1.5.5. Tiêu chuẩn đánh giá vắc-xin ........................................................................................ 39
1.5.5.1. An toàn........................................................................................................................ 39
1.5.5.2. Hiệu lực....................................................................................................................... 39
Chương 2. Nội dung và phương pháp nghiên cứu ....................................................43
2.1. Phạm vi và đối tượng nghiên cứu ......................................................................43
2.1.1. Địa điểm......................................................................................................................... 43
2.1.2. Thời gian ........................................................................................................................ 43
2.1.3. Đối tượng ....................................................................................................................... 43
2.2. Nội dung nghiên cứu ..........................................................................................43
2.3. Vật liệu, hóa chất................................................................................................43
2.3.1. Vật liệu thí nghiệm ....................................................................................................... 43
2.3.2. Hóa chất và các sinh phẩm........................................................................................... 44
2.3.3. Dụng cụ và trang thiết bị .............................................................................................. 45
2.4. Phương pháp nghiên cứu....................................................................................45
2.4.1. Phân tích di truyền của PCV2 tại một số tỉnh thành Việt Nam ................................ 45
2.4.2. Khảo sát đặc tính sinh học của các chủng PCV2 phân lập ....................................... 47
2.4.2.1. Phân lập PCV2 trên môi trường tế bào PK15A...................................................... 47
2.4.2.2. Xác định liều lượng vi-rút gây nhiễm ...................................................................... 48


x

2.4.2.3. Xác định thời gian thu hoạch tối ưu đối với các chủng phân lập .......................... 49

3.2.5. Tính ổn định .................................................................................................................. 86


xi

3.3. Sự tương đồng kháng nguyên giữa các phân lập PCV2 thuộc các genotype khác
nhau ...........................................................................................................................87
3.4. Thí nghiệm 1: Khả năng gây bệnh và tính sinh miễn dịch của chủng NAVETDongNai2/2009 ..........................................................................................................89
3.5. Kết quả vô hoạt PCV2 .........................................................................................97
3.5.1. Vô hoạt PCV2 với các nồng độ chất vô hoạt khác nhau .......................................... 97
3.5.2. Kết quả vô hoạt ba chủng PCV2 phân lập với nồng độ BEI 3 mM ...................... 100
3.6. Đánh giá an toàn và hiệu lực của vắc-xin PCV2 vô hoạt nhũ dầu thử nghiệm
chủng NAVET-DongNai2/2009 .............................................................................103
3.6.1. Thí nghiệm 2 ............................................................................................................... 103
3.6.2. Thí nghiệm 3 ............................................................................................................... 107
Chương 4. Kết luận và đề nghị ...............................................................................124
Danh mục các công trình đã công bố của tác giả ....................................................126
Tài liệu tham khảo ...................................................................................................127
Phụ lục .....................................................................................................................155


xii

DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CÁC CHỮ VIẾT TẮT

Viết tắt

Tiếng Anh

Tiếng Việt


CD/CD

Cesarean-derived colostrumdeprived

Mổ lấy thai và không bú sữa
đầu

DC

Dendritic cell

Tế bào tua

dpc

Day post-challenge

Ngày sau gây nhiễm

ELISA

Enzyme-Linked Immunosorbent
Assay

Phản ứng miễn dịch hấp phụ
nối kết enzyme

FAID


IPX

Immunoperoxidase

Phương pháp nhuộm miễn dịch
peroxidase

kb

Kilobase

kDa

kilodalton


xiii

MOI

Multiplicity of infection

Tỷ số gây nhiễm

NIPC

Natural interferon producing cell

Tế bào tiết interferon tự nhiên


Peripheral blood mononuclear cell

Tế bào đơn nhân máu ngoại vi

PCR

Polymerase chain reaction

Phản ứng
polymerase

PCV2

Porcine circovirus type 2

PCVD

Porcine circovirus diseases

PDNS

Porcine dermatitis and nephropathy Hội chứng viêm da và bệnh lý
syndrome
thận ở heo

PK15A

Pig kidney 15A

PMWS


Standard deviation

Độ lệch chuẩn

S phase

Synthesis phase

Pha tổng hợp

tạo

chuỗi

do

Các bệnh do circovirus trên
heo

Tế bào thận heo dòng 15A

Viêm phổi hoại tử và tăng sinh

Hội chứng rối loạn sinh sản và
hô hấp trên heo


xiv


Bảng 1.2. Tổng kết các nghiên cứu về vắc-xin PCV2 ............................................. 25
Bảng 1.3. Các loại vắc-xin PCV2 thương mại ở Việt Nam ..................................... 27
Bảng 2.1. Các mẫu dương tính ADN-PCV2 thu nhận từ năm 2007 đến 2016 ........ 46
Bảng 2.2. Bố trí thí nghiệm phản ứng trung hòa chéo giữa 3 chủng PCV2 phân lập ... 50
Bảng 3.1. Khoảng cách di truyền trong cùng genotype và giữa các genotype lưu hành
ở các tỉnh thành Việt Nam từ năm 2007 đến 2016 ................................... 68
Bảng 3.2. Các a-xít a-min của protein Cap khác nhau giữa các genotype PCV2 ..... 69
Bảng 3.3. Mức độ tương đồng về trình tự nucleotide và a-xít a-min giữa các chủng
PCV2 ........................................................................................................ 71
Bảng 3.4. Phần trăm tương đồng giữa các mẫu PCV2-Re (2h) với chủng bố mẹ giả định
dựa trên ORF2 .................................................................................................. 72
Bảng 3.5. Kết quả phân lập PCV2 trên môi trường tế bào PK15A .......................... 79
Bảng 3.6. Hiệu giá của các chủng NAVET-DongNai2/2009, NAVET-LongAn2/2012
và NAVET-vietnam3/2004 qua các lần tiếp đời trên tế bào PK15A ....... 86
Bảng 3.7. Hiệu giá kháng thể trung hòa của phản ứng trung hòa chéo giữa huyết thanh
heo với các genotype PCV2 phân lập ...................................................... 88
Bảng 3.8. Hệ số tương đồng kháng nguyên R giữa ba chủng PCV2 khảo sát.......... 88
Bảng 3.9. Khối lượng và điểm thể trạng heo thí nghiệm 1 ....................................... 89
Bảng 3.10. Tăng trọng bình quân hàng ngày trên heo ở thí nghiệm 1 ...................... 90
Bảng 3.11. Phát hiện ADN-PCV2 trong huyết thanh và mô của heo ở thí nghiệm 1 ... 91
Bảng 3.12. Số lượng bạch cầu của heo ở thí nghiệm 1 ............................................. 92
Bảng 3.13. Diễn biến kháng thể chống PCV2 trên heo ở thí nghiệm 1 ................. 93
Bảng 3.14. Hiệu giá vi-rút chủng NAVET-DongNai2/2009 theo thời gian vô hoạt ở
các nồng độ BEI ...................................................................................... 97
Bảng 3.15. Hiệu giá vi-rút của ba chủng PCV2 phân lập giảm theo thời gian vô hoạt
ở nồng độ BEI 3 mM .............................................................................. 101


xvi


Hình 3.8. Hình dạng tế bào tế bào PK15A nhiễm PCV2 ......................................... 84
Hình 3.9a. Nang bạch huyết bình thường ở heo đối chứng ..................................... 96
Hình 3.9b. Suy giảm tế bào lym-phô và xuất hiện tế bào đa nhân khổng lồ ở nang
bạch huyết ................................................................................................ 96
Hình 3.10a. Phổi heo đối chứng ............................................................................... 96
Hình 3.10b. Viêm phổi kẽ ........................................................................................ 96
Hình 3.11. Điện di sản phẩm PCR phát hiện ADN-PCV2 trong dịch tế bào ........ 100
Hình 3.12. Nhuộm IPX xác định sự hiện diện của PCV2 trong tế bào PK15A ..... 100
Hình 3.13. Điện di sản phẩm PCR phát hiện ADN-PCV2 trong dịch tế bào ......... 102
Hình 3.14. Các bệnh tích đại thể trên heo sau công cường độc 28 ngày ............... 120
Hình 3.15. Các bệnh tích vi thể trên heo sau công cường độc 28 ngày ................. 121


xviii

Biểu đồ 3.1. Phân bố theo thời gian của các mẫu PCV2 thu thập ở miền Nam Việt
Nam từ năm 2007 đến 2016 .................................................................... 67
Biểu đồ 3.2. Phân bố theo địa lý của các mẫu PCV2 thu thập ở miền Nam Việt Nam
từ năm 2007 đến 2016 ............................................................................. 67
Biểu đồ 3.3. Phân tích tương đồng của các mẫu PCV2-Re (2h) và 2 chủng bố mẹ giả
định......................................................................................................................... 73
Biểu đồ 3.4. Hiệu giá vi-rút theo hệ số MOI và thời gian thu hoạch của chủng
NAVET-DongNai2/2009 ........................................................................ 83
Biểu đồ 3.5. Đường cong sinh trưởng của các chủng NAVET-DongNai2/2009, NAVETLongAn2/2012 và NAVET-vietnam3/2004 trên tế bào PK15A .................. 86
Biểu đồ 3.6. Diễn biến đáp ứng kháng thể trên heo ở thí nghiệm 1 ......................... 94
Biểu đồ 3.7. Khuynh hướng giảm hiệu giá vi-rút theo thời gian vô hoạt ở các nồng
độ BEI ............................................................................................. 98
Biểu đồ 3.8. Khuynh hướng giảm hiệu giá vi-rút của các chủng PCV2 theo thời gian
vô hoạt ở nồng độ BEI 3 mM ................................................................ 102
Biểu đồ 3.9. Diễn biến đáp ứng kháng thể trên heo ở thí nghiệm 2 ....................... 106

Quân và ctv, 2017). Ngoài ra, một số kết quả nghiên cứu cho thấy, genotype của
PCV2 có thể ảnh hưởng đến hiệu quả phòng PMWS bằng vắc-xin (Takahagi và ctv,
2010; Opriessnig và ctv, 2013a). Do đó, việc nghiên cứu chế tạo vắc-xin từ chủng
PCV2 thuộc genotype lưu hành phổ biến ở Việt Nam là cần thiết, nhằm giúp chủ


2

động nguồn cung vắc-xin, góp phần kiểm soát hiệu quả bệnh PMWS, cũng như giảm
giá thành chăn nuôi. Để góp phần giải quyết các vấn đề thực tiễn trên, đề tài: “PHÂN
TÍCH TRÌNH TỰ ORF2 CỦA PCV2 TỪ HEO NUÔI Ở MỘT SỐ TỈNH PHÍA NAM
VÀ NGHIÊN CỨU VẮC-XIN PHÒNG BỆNH LIÊN QUAN PCV2 TRÊN HEO
SAU CAI SỮA” được tiến hành.
Mục tiêu nghiên cứu
 Xác định genotype và đánh giá sự tương đồng di truyền của PCV2 lưu hành
tại một số tỉnh thành ở Việt Nam.
 Nghiên cứu chế tạo vắc-xin phòng bệnh liên quan PCV2 trên heo sau cai sữa dựa
trên chủng phân lập của đề tài.


3

Những đóng góp mới về khoa học và thực tiễn từ các kết quả nghiên cứu này
Nghiên cứu được sự lưu hành, đa dạng di truyền và tương đồng gen của các
chủng PCV2 phân lập ở heo tại Việt Nam.
Phân lập được một số chủng PCV2 làm nguồn gen trong việc nghiên cứu chế
tạo vắc-xin và các ứng dụng công nghệ sinh học khác.
Chế tạo thành công vắc-xin vô hoạt nhũ dầu bằng chủng PCV2b phân lập ngoài
thực địa phòng bệnh liên quan PCV2 trên heo sau cai sữa.




5

PCV2h (Franzo và Segalés, 2018). Dựa vào kết quả phân tích cây phát sinh chủng
loại, Xiao và ctv (2015) phân PCV2d thành 2 subgenotype đó là PCV2d-1 và PCV2d2. Ngoài ra, còn có sự hiện diện của nhóm PCV2 tái tổ hợp (recombinant cluster) còn
được gọi là các chủng trung gian (intermediate strains) trong thực địa (Cai và ctv,
2012; Xiao và ctv, 2015; Franzo và ctv, 2016). Nhóm tác giả Franzo và ctv (2016) đã
phân tích 898 trình tự chuỗi nucleotide ở 32 quốc gia từ năm 1980 đến 2014 (dữ liệu
thu thập từ GenBank). Kết quả cho thấy có đến 33% (304/898) trình tự chuỗi
nucleotide được nhận dạng là tái tổ hợp. Hầu hết các quốc gia ở khắp các châu lục
đều có sự lưu hành của nhóm tái tổ hợp, trong đó có Việt Nam. Đáng lưu ý, theo cách
phân loại mới của Franzo và Segalés (2018) một số chủng PCV2 trước đây được xếp
vào nhóm tái tổ hợp (recombinant cluster) nay được xếp vào genotype PCV2g và
PCV2f. Kết quả phân tích của Franzo và Segalés (2018) cho thấy có đến 45/75 chủng
PCV2 của Việt Nam đăng ký trên GenBank (đến thời điểm ngày 5 tháng 7 năm 2018) được
xếp vào PCV2h mà trước đây các chủng này được xếp vào nhóm tái tổ hợp. Vì thế, trong

phần trình bày này các chủng trước đây được xếp vào nhóm tái tổ hợp nhưng nay
theo cách phân loại mới được xếp vào PCV2h sẽ được viết tắt là PCV2-Re (2h).
1.1.2. Đặc điểm hình thái và sức đề kháng của PCV2
PCV có kích thước rất nhỏ, đường kính khoảng 17 ± 1,3 nm, không có vỏ bọc
(Tischer và ctv, 1982). Virion hình cầu, đối xứng 20 mặt, với 60 phân tử protein
capsid (Crowther và ctv, 2003), chứa ADN sợi đơn dạng vòng kích thước khoảng
1,76 - 1,77 kb (Meehan và ctv, 1997; 1998).
PCV rất ổn định ở điều kiện khác nhau của môi trường, đề kháng rất cao với
nhiệt độ và pH: ổn định ở pH = 3, nhiệt độ 560C và 700C trong 15 phút. Các thí
nghiệm in vitro cho thấy, PCV2 đề kháng với nhiệt độ khô, khả năng gây nhiễm của
PCV2 giảm tương ứng 0,75log và 1,25log sau khi xử lý nhiệt độ khô ở 800C trong
vòng 72 giờ và 1200C trong vòng 30 phút (Welch và ctv, 2006). PCV2 bị bất hoạt ở

cũng nhạy cảm với PCV nhưng không thể tiếp đời PCV trên các tế bào này.
1.1.4. Cấu trúc bộ gen PCV2
PCV2 chứa ADN sợi đơn dạng vòng kích thước từ 1.766 đến 1.768 nucleotide
(Hamel và ctv, 1998; Meehan và ctv, 1998; Guo và ctv, 2010). Bộ gen PCV2 được sắp
xếp thành 11 khung đọc mở giả định (open reading frames - ORF). Trong đó, ORF1,


7

ORF5, ORF7 và ORF10 nằm trên chuỗi dương cùng chiều kim đồng hồ, ngược lại các
ORF2, 3, 4, 6, 8, 9 và 11 nằm trên chuỗi bổ sung và ngược chiều kim đồng hồ (Hamel
và ctv, 1998). Ở vùng trung gian lớn giữa ORF1 và ORF2 chứa gốc sao chép (Origin
of DNA replication - Ori), có một cấu trúc cuống - vòng (stem - loop), giúp PCV2 nhân
lên theo cơ chế vòng tròn lăn. Đến nay, chỉ xác định được 4 khung đọc mở mã hóa
protein đó là ORF1, 2, 3 và 4 (Hình 1.2), riêng protein được mã hóa từ ORF5 cũng đã
được nghiên cứu, tuy nhiên, cần phải tiếp tục nghiên cứu thêm để xác định vai trò cụ
thể của protein này (Lv và ctv, 2015).

Hình 1.2. Cấu trúc bộ gen PCV2. ORF1 (màu đỏ) mã hóa protein Rep và Rep’.
ORF2 (màu xanh dương) mã hóa protein Cap. ORF3 (màu xanh lá cây) mã hóa
protein ORF3. ORF4 (màu vàng) mã hóa protein ORF4. Gốc sao chép (Ori) nằm ở
vùng trung gian giữa các điểm bắt đầu của 2 khung đọc ORF1 và ORF2. H1, H2, H3
và H4 là các hexanucleotide (Faurez và ctv, 2009)
ORF1 còn được gọi là gen Rep, dài 945 nucleotide, nằm trên chuỗi dương và
theo chiều kim đồng hồ, là vùng rất bảo tồn của giống Circovirus, mã hóa protein không