Nghiên cứu đặc điểm đa hình nucleotide đơn
(SNPs) của một số vùng DNA ty thể và nhiễm
sắc thể Y ở người Mường và người Katu

Đỗ Mạnh Hưng

Trường Đại học Khoa học Tự nhiên
Luận văn Thạc sĩ ngành: Sinh học thực nghiệm; Mã số: 60 42 30
Người hướng dẫn: PGS.TS. Nông Văn Hải
Năm bảo vệ: 2012

Abstract: Tách chiết DNA tổng số từ mẫu máu của 108 cá thể người Việt thuộc hai
dân tộc Mường và Katu. Nhân vùng điều khiển D-loop của DNA ty thể và một số chỉ
thị trên nhiễm sắc thể Y. Xác định trình tự nucleotide của các trình tự được nhân từ
các mẫu nghiên cứu. Phân tích đa hình nucleotide đơn (SNP) trình tự các mẫu nghiên
cứu thuộc hai dân tộc Mường và Katu.

Keywords: Sinh học thực nghiệm; Di truyền; Nhiễm sắc thể

Content
MỞ ĐẦU
Sự kiện toàn bộ hệ gen của con người được giải trình tự và công bố trên 2 tạp chí khoa
học danh tiếng nhất là Nature, Anh và Science, Mỹ vào tháng 2 năm 2001 đã tạo ra một cột
mốc vô cùng quan trọng trong sinh học. Trình tự hệ gen sau đó đã được công khai để các nhà
khoa học trên khắp thế giới có thể tiếp cận và cùng sử dụng tạo ra một điều kiện mới, thuận
lợi hơn rất nhiều cho các nghiên cứu sinh học, đặc biệt là sinh học phân tử. Trình tự đầu tiên
này được xem là “trình tự chuẩn” hay “trình tự tham chiếu” giúp chúng ta tiếp tục đến với
những nghiên cứu sâu hơn.
Kết quả quan trọng nhất sau khi có bản đồ gen người cho chúng ta thấy rằng, các
chủng tộc, các cá thể người giống nhau đến 99,9% và chỉ khác nhau một tỷ lệ rất nhỏ (0,1%)
về cấu trúc hệ gen. Tuy nhiên, phần khác biệt rất nhỏ này lại có có ý nghĩa quyết định đối với

Chƣơng 1. TỔNG QUAN
1.1. Nghiên cứu đa hinh nucleotide đơn (SNP)
1.1.1. Các dạng SNP
1.1.2. Ứng dụng và tầm quan trọng
1.2. Đặc điểm đa hình của DNA ty thể
1.2.1. Cấu trúc của DNA ty thể
1.2.2. Đặc điểm di truyền của DNA ty thể và ứng dụng trong nghiên cứu di truyền tiến hóa
1.2.3. Vùng điều khiển (D-loop) ở DNA ty thể
1.3. Đặc điểm đa hình của nhiễm sắc thể Y
1.3.1. Cấu trúc nhiễm sắc thể Y
1.3.2. Các loại chỉ thị trên nhiễm sắc thể Y
1.3.3. Đa hình nhiễm sắc thể Y và ứng dụng trong nghiên cứu lịch sử di truyền tiến hóa loài
người
1.4. Một số đặc điểm dân tộc học của người Mường và người Katu
1.4.1. Dân tộc Mường
1.4.2. Dân tộc Katu
1.5. Tình hình nghiên cứu quan hệ di truyền tiến hóa ở người Việt Nam trên DNA ty thể và
nhiễm sắc thể Y
1.5.1. DNA ty thể
1.5.2. Nhiễm sắc thể Y

3
Chƣơng 2. ĐỐI TƢỢNG VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
2.1. Đối tƣợng nghiên cứu
Đối tượng nghiên cứu là các mẫu máu ngoại vi của các cá thể người bình thường, khỏe
mạnh, thuộc hai dân tộc Mường và Katu. Giới tính của các đối tượng được xác định trên cơ sở
tự khai và đặc điểm nhận dạng hình thái. Trong tổng số 108 mẫu cá thể nghiên cứu thì có 47
mẫu cá thể thuộc dân tộc Mường đều là nam giới được thu thập tại huyện Như Xuân, tỉnh
Thanh Hóa và 61 mẫu cá thể thuộc dân tộc Katu (20 nam và 41 nữ) được thu thập tại các xã
Thượng Long, Hương Sơn, Hương Hữu, huyện Nam Đông, tỉnh Thừa Thiên Huế. Nguồn gốc

Kết quả điện di sản phẩm tách chiết của một số mẫu như trong hình 3.1.
Hình 3.1. Ảnh điện di DNA tổng số trên gel agarose 0,8%
Giếng 1 → 12: DNA tổng số của các mẫu tương ứng là: NSTY1, NSTY2, NSTY3, NSTY4,
NSTY5, NSTY6, NSTY7, NSTY8, NSTY9, NSTY10, NSTY12, NSTY13

4
Kết quả tách DNA như ở hình 3.1 cho thấy: ở tất cả các đường chạy đều xuất hiện một
băng DNA. Các băng này sáng rõ nét, không có vệt sáng kéo dài ở phía dưới chứng tỏ DNA ít
bị đứt gãy.
3.2. Nhân vùng D-loop và các chỉ thị trên nhiễm sắc thể Y
Sau khi thu được DNA tổng số, chúng tôi tiến hành nhân vùng D-loop và các đoạn chỉ
thị trên nhiễm sắc thể Y bằng kỹ thuật PCR sử dụng các cặp mồi đặc hiệu. Kết quả PCR được
điện di trên gel agarose để kiểm tra.
3.2.1. Nhân vùng D-loop
Vùng D-loop trên DNA ty thể được nhân lên bằng phản ứng PCR với cặp mồi D-
loopF và D-loopR với kích thước đoạn DNA được nhân lên khoảng 1,4 kb. Sản phẩm được
kiểm tra bằng kỹ thuật điện di trên gel agarose 0,8%. Kết quả thu được trong hình 3.2.
Hình 3.2. Ảnh điện di sản phẩm PCR vùng D-loop của một số mẫu nghiên cứu sử dụng
cặp mồi D-loop F và D-loop R trên gel agarose 0,8%
Giếng 1: thang DNA chuẩn (marker 1 kb)
Giếng 2 → 10: sản phẩm PCR của các mẫu NSTY1, NSTY2, NSTY3, NSTY4, NSTY5,
NSTY6, NSTY7, NSTY8, NSTY9, NSTY10
Giếng 11: Đối chứng âm (-)
Dựa trên hình ảnh điện di sản phẩm cho thấy: khi sử dụng cặp mồi D-loop F và D-
loop R thu được sản phẩm PCR đặc hiệu, rõ nét ở tất cả các mẫu nghiên cứu. Kích thước của
các sản phẩm PCR này đều tương ứng phù hợp với kích thước lý thuyết là khoảng 1,4 kb.
3.2.2. Nhân các chỉ thị M175, P186, P191 và M216 trên nhiễm sắc thể Y
Đoạn chỉ thị M175 (178 bp), P186 (168 bp), P191 (177 bp) và M216 được nhân lên
với các cặp mồi tương ứng là: M175F + M175R, P186F + P186R, P191F + P191R, M216F +
M216R). Do có kích thước nhỏ( dưới 200 bp) nên sản phẩm PCR được điện di trên gel

loop của 38 mẫu cá thể nghiên cứu với nhau và với trình tự vùng D-loop chuẩn (rCRS) đã
được công bố trên Ngân hàng dữ liệu về DNA ty thể MITOMAP.
Số liệu thu thập được khi so sánh với trình tự chuẩn rCRS cho thấy có khá nhiều vị trí
đa hình so với trình tự chuẩn. Tổng cộng 38 mẫu Mường có 494 vị trí sai khác so với trình tự
chuẩn. Đây là một số lượng khá lớn song phù hợp với những nghiên cứu trước đây thấy rằng
vùng điều khiển D-loop có tần số đa hình cao nhất trong hệ gen ty thể. Các mẫu thì có mức độ
đa hình không giống nhau. Cụ thể, mẫu có ít vị trí đa hình nhất là 8, trong khi đó mẫu có
nhiều vị trí đa hình nhất là 19.

6
Từ kết quả so sánh những vị trí đa hình của các mẫu được thống kê trong hình 3.4,
chúng tôi thấy rằng các vị trí đa hình của các mẫu tập trung nhiều nhất vào đoạn HV1, sau đó
là đoạn HV2 và ít thay đổi hơn ở vùng xen giữa 2 đoạn HV1 và HV2.
Các đa hình thay thế là phổ biến nhất (chiếm 71,59%) so với đa hình mất nucleotide
(chiếm 18,75%) và đa hình thêm nucleotide (chiếm 9,66%). Các nucleotide chèn vào thường
là C trong khi các nucleotide bị mất thường liên quan đến 2 nucleotide C và A. Nhìn chung,
số liệu thu được về các vị trí đa hình trong vùng điều khiển D-loop phản ánh tốc độ đột biến
rất cao của vùng này, đặc biệt là vùng siêu biến HV1.
Như vậy trình tự nucleotide được xác định từ 38 mẫu cá thể trong nghiên cứu của
chúng tôi là những số liệu đầu tiên về vùng điều khiển D-loop ty thể người dân tộc Mường.
Toàn bộ hơn 1100 nucleotide thuộc vùng D-loop đã được xác định rất có ý nghĩa trong việc
nghiên cứu tiếp theo về di truyền quần thể và tiến hóa của người Việt Nam.
3.3.2 Phân tích và xử lý số liệu trình tự vùng HV1 của DNA ty thể ở các mẫu cá thể
ngƣời Katu
Với các mẫu của người dân tộc Katu, chúng tôi tiến hành giải trình tự và phân tích số
liệu vùng HV1. Sản phẩm khuếch đại trình tự D-loop các mẫu người dân tộc Katu được giải
trình tự với mồi HV1-C5’-F sau đó các trình tự được phân tích và tiến hành so sánh với trình
tự chuẩn để xác định các SNP.
Theo số liệu thu được, chúng ta thấy có tổng công 187 vị trí sai khác trên tổng số 41
mẫu nghiên cứu được đọc trình tự hoàn chỉnh. Tính ra chúng ta có trung bình 4.56 điểm khác

Pakista
n
PNG
Philippi
ne
Thai
Chines
e
Katu 0.023 0.024 0.030 0.017 0.028 0.035 0.025 0.023 0.026 0.025 0.029 0.027 0.023 0.029
Muong 0.022 0.029 0.026 0.029 0.032 0.028 0.024 0.024 0.025 0.029 0.024 0.027 0.027
Indian 0.012 0.031 0.019 0.031 0.028 0.020 0.008 0.022 0.021 0.006 0.023 0.016
Australian 0.035 0.024 0.035 0.034 0.026 0.017 0.028 0.027 0.015 0.029 0.025
Cambodian 0.028 0.037 0.028 0.027 0.032 0.029 0.034 0.034 0.024 0.035
Taiwanese 0.035 0.030 0.029 0.022 0.029 0.029 0.022 0.027 0.030
Korean 0.034 0.035 0.036 0.034 0.029 0.034 0.032 0.040
Indonesian 0.022 0.032 0.025 0.035 0.031 0.025 0.030
Malaysian 0.023 0.023 0.030 0.022 0.027 0.024
Japanese 0.026 0.025 0.008 0.027 0.017
Pakistan 0.030 0.023 0.028 0.027
PNG 0.025 0.030 0.032
Philippine 0.027 0.016
Thai 0.031
Chinese

7
người Thái và người Malaysia bằng với người Mường là 0.023. Nhìn chung cả người Mường
và người Katu đều có khoảng cách di truyền rất gần với các nhóm người trong khu vực Đông
Nam Á. Bên cạnh đó khoảng cách di truyền giữa người Mường và người Katu với người ở
khu vực Nam Á cũng khá gần, cụ thể là với người Ấn Độ (0.024) và người Pakistan (0.025)
trong khi đó khoảng cách của hai dân tộc này với nhóm người Bắc Á là tương đối xa như với

Trình tự của các đoạn chỉ thị SNP trên các mẫu nghiên cứu được so sánh với trình tự
chuẩn tương ứng của các chỉ thị lấy từ trung tâm thông tin công nghệ sinh học quốc gia Hoa
Kỳ (NCBI). Sau khi so sánh cho thấy chúng ta đã nhân được đúng đoạn DNA chỉ thị quan
tâm và đã xác định được các vị trí đa hình như lý thuyết. Cụ thể là chỉ thị M175 có đa hình là
– 5bp (±/TTCTC). Chỉ thị P186 có đa hình CA, chỉ thị P191 có đa hình là AG ở vị trí và
chỉ thị M216 có đa hình CT.
Kết quả xác định các SNP thuộc nhóm đơn bội O và C cho thấy, tất cả 4 chỉ thị đều
xuất hiện đa hình trong các mẫu nghiên cứu. Trong đó, có 2 chỉ thị có mức độ đa hình rất lớn
đó là P186 chiếm 97,06% số mẫu có đa hình và P191 có 94,12% đa hình là AG. Chỉ thị
M175 ở hai dân tộc này cũng rất cao lên đến 70,6% trong khi đó chỉ thị duy nhất của nhóm
đơn bội C là M216 có mức độ đa hình rất thấp , chỉ với 1 cá thể mang đa hình T chiếm 1.47%
được nhận diện trong các mẫu nghiên cứu.
Nhóm đơn bội O*-M175/P186/P191
Nhóm đơn bội O là dòng chủ đạo ở Đông và Đông Nam Á, bao gồm hơn 1/4 tất cả
đàn ông trên thế giới với tần số xuất hiện trung bình trên toàn khu vực này lên đến trên 60%.
Theo phương pháp phân loại nhóm đơn bội trên nhiễm sắc thể Y đã được đưa ra năm 2002 và
được cập nhật lại năm 2008 nhóm đơn bội O được xác định bằng 4 chỉ thị (M175, P186, P191
và P196 ). Cận nhóm O chỉ mang 1 trong 4 chỉ thị đã nêu ở trên, không mang các đa hình
thuộc các nhánh phát sinh từ O. Từ những số liệu thu được cho thấy, có 48 cá thể mang các đa
hình thuộc cận nhóm O-M175, 66 cá thể mang đa hình thuộc cận nhóm O-P186 và 64 thuộc
cận nhóm O-P191 với tần số phân bố tương ứng là 70,59%, 97,06% và 94,12 %. Tuy nhiên,
trong nghiên cứu này, chúng tôi chưa có điều kiện để phân tích toàn bộ các chỉ thị của các
nhánh được sinh ra từ nhóm đơn bội O. Vì vậy những số liệu thống kê trên đây có thể bị thay
đổi khi có những phân tích đầy đủ về đa hình các thỉ thị của các nhánh thuộc nhóm đơn bội
này.
Nhóm đơn bội O chiếm khoảng 80 đến 90% đàn ông ở Đông và Đông Nam Á và gần
như không tìm thấy ở các nơi khác. Chỉ thị M175 không xuất hiện ở Tây Siberia, Tây Á và
châu Âu, đặc biệt là hoàn toàn không tìm thấy ở Châu Phi và Châu Mỹ, một số nhánh của
nhóm đơn bội O xuất hiện với tần số tương đối ở các bộ lạc ở Nam Á, các nhóm người thuộc
nhóm ngôn ngữ Altaic ở Trung Á và các nhóm người thuộc nhóm ngôn ngữ Austronesia ở

Quảng Tây) từ 2,9% ở người Biao cho đến 10% ở người Man-Caolan. Trong khi đó, tần số
phân bố của nhóm đơn bội này ở một số dân tộc sống ở khu vực Đông Nam Á và một số vùng
của châu Đại Dương tương đối cao, từ 7,7% ở người Bangka cho đến 45,5% ở người Irian.
Từ các dữ liệu của nghiên cứu này chúng ta có thể thấy: Với tần số xuất hiện rất lớn
của các chỉ thị nhóm đơn bội O (từ trên 70% của chỉ thị M175 và trên 90% của chỉ thị P186
và p191) cùng với tỉ lệ xuất hiện rất nhỏ của chỉ thị nhóm C (1.47% của chỉ thị M216). Người

10
Mường và Người Katu có đặc điểm đa hình nhiễm sắc thể Y tương đồng với các dân tộc khác
trong khu vực Đông Á và đặc biệt là khu vực Đông Nam Á.
Hình 3.6. Bản đồ mô tả thuyết di cƣ của các quần thể theo phụ hệ vào Đông Á. Bản đồ
hiển thị các tuyến đường di cư của người hiện đại đến Đông Á và sự phát tán đầu tiên trên
lãnh thổ này.
Các quần thể người ở Đông Nam Á được ghi nhận là có độ đa dạng lớn của các nhóm và các
phân nhóm đơn bội. Qúa trình lịch sử hình thành và di cư của các nhóm đơn bội cũng rất phức
tạp. Một số học thuyết cho rằng hai nhóm đơn bội C và D là những nhóm đầu tiên xuất hiện ở
khu vực này và có khả năng hai nhóm này đã từng đạt được chỗ đứng trong khu vực này
khoảng 45000 năm trước, trong thời kỳ đồ đá cũ trước khi di cư lên phía bắc. Sau đó, khoảng
35000 năm trước, nhóm đơn bội O xuất hiện và phát triển rộng khắp khu vực Đông Á. Sự
phát triển của nhóm đơn bội O được cho là do chúng xuất hiện và phát triển cùng với sự gia
tăng dân số của loài người trong thời kỳ đồ đá mới khi con người bắt đầu phát triển các kỹ
thuật nông nghiệp sơ khai.
Dựa vào bản đồ di cư của các nhóm đơn bội (hình 3.6) chúng ta có thể thấy: Việt Nam
gần như nằm ở giao điểm giữa con đường di cư của các nhóm và trong hình 3.6 thể hiện nước
ta nằm trong những vùng có tần số xuất hiện nhóm đơn bội O lớn nhất. Cụ thể sự phân bố
được mô tả trong hình 3.7.


phát hiện thấy tổng cộng có 494 điểm sai khác trên vùng D-loop của các mẫu cá thể dân tộc
Mường và 187 điểm sai khác trên vùng HV1 của các mẫu cá thể người dân tộc Katu.
3. Bước đầu xác định được khoảng cách di truyền và xây dựng cây phát sinh chủng loại dựa
trên trình tự vùng HV1 của DNA ty thể giữa hai nhóm cá thể hai dân tộc Mường và Katu với
các dân tộc ở khu vực lân cận như người Thái Lan, người Campuchia, người Malaysia ….
4. Trong tổng số 68 mẫu nghiên cứu đa hình các chỉ thị trên nhiễm sắc thể Y thuộc 2 dân tộc
Mường và Katu, chúng tôi xác định được 48 cá thể thuộc nhóm đơn bội O-M175 chiếm 70.59
%, 64 cá thể thuộc nhóm đơn bội O-P191 chiếm 94.12 % và 66 cá thể thuộc nhóm đơn bội O-
P186 chiếm 97.06 %. Đối với nhóm đơn bội C-M216 chúng tôi xác định được 1 đa hình duy
nhất chiếm tỷ lệ 1.47%.
KIẾN NGHỊ
Để có thể nghiên cứu sâu hơn về vùng điều khiển D-loop và các chỉ thị trên nhiễm sắc
thể Y của các dân tộc Việt Nam cần tiếp tục tiến hành nghiên cứu với cỡ mẫu lớn hơn bao
gồm các dân tộc và số lượng các chỉ thị nhiều hơn.

References
Tiếng Việt

12
1. Ban chỉ đạo đại hội đại biểu các dân tộc thiểu số Việt Nam (2010), Cộng đồng các dân tộc
Việt Nam, Nhà xuất bản giáo dục Việt Nam.
2. Đái Duy Ban, Lê Thanh Hòa, Nguyễn Văn Vũ, Hoàng Minh Châu, Nguyễn Bích Nga, Đái
Hằng Nga, Lê Kim Xuyến, Đoàn Thanh Hương, Phạm Công Hoạt, Phan Xuân Đọc, Lê
Trung Dũng, Lê Quang Huấn, Nguyễn Thanh Đạm, Nguyễn Bá Đức, Nguyễn Công Hoàng
(2003), “Bước đầu nghiên cứu ung thư vú bệnh nhân Việt Nam bằng phương pháp sinh
học phân tử sử dụng chỉ thị di truyền hệ gen ty thể đoạn D-Loop”, Những vấn đề nghiên
cứu cơ bản trong khoa học sự sống. Báo cáo khoa học Hội nghị toàn quốc lần thứ 2,
Nghiên cứu cơ bản trong sinh học, nông nghiệp, y học, Huế 25-26/7/2003. Nhà xuất bản
Khoa học và kỹ thuật, Hà Nội, tr. 825-829.
3. Lê Quang Huấn, Trần Mỹ Linh, Vũ Thị Thư, Phan Minh Tuấn, Lê Trần Bình (2003),

W.,Spooner, N. A. (2003), "New ages for human occupation and climatic change at Lake
Mungo, Australia." Nature 421(6925), 837-840.
12. Brion, M., Sanchez, J. J., Balogh, K., Thacker, C., Blanco-Verea, A., Borsting, C.,
Stradmann-Bellinghausen, B., Bogus, M., Syndercombe-Court, D., Schneider, P. M.,
Carracedo, A.,Morling, N. (2005), "Introduction of an single nucleodite polymorphism-
based "Major Y-chromosome haplogroup typing kit" suitable for predicting the
geographical origin of male lineages." Electrophoresis 26(23), 4411-4420.
13. Brown, M. D., Hosseini, S. H., Torroni, A., Bandelt, H. J., Allen, J. C., Schurr, T. G.,
Scozzari, R., Cruciani, F.,Wallace, D. C. (1998), "mtDNA haplogroup X: An ancient link
between Europe/Western Asia and North America?", Am J Hum Genet 63(6), 1852-
1861.
14. Brown, W. M., Prager, E. M., Wang, A.,Wilson, A. C. (1982), "Mitochondrial DNA
sequences of primates: tempo and mode of evolution." J Mol Evol 18(4), 225-239.
15. Cann, R. L., Stoneking, M.,Wilson, A. C. (1987), "Mitochondrial DNA and human
evolution." Nature 325(6099), 31-36.
16. Casanova, M., Leroy, P., Boucekkine, C., Weissenbach, J., Bishop, C., Fellous, M.,
Purrello, M., Fiori, G.,Siniscalco, M. (1985), "A human Y-linked DNA polymorphism
and its potential for estimating genetic and evolutionary distance." Science 230(4732),
1403-1406.
17. Chen, M. H., Lee, H. M.,Tzen, C. Y. (2002), "Polymorphism and heteroplasmy of
mitochondrial DNA in the D-loop region in Taiwanese." J Formos Med Assoc 101(4),
268-276.
18. Collins, F. S., Brooks, L. D.,Chakravarti, A. (1998), "A DNA polymorphism discovery
resource for research on human genetic variation." Genome Res 8(12), 1229-1231.
19. Collins, F. S., Guyer, M. S.,Charkravarti, A. (1997), "Variations on a theme: cataloging
human DNA sequence variation." Science 278(5343), 1580-1581.
20. Denaro, M., Blanc, H., Johnson, M. J., Chen, K. H., Wilmsen, E., Cavalli-Sforza, L.
L.,Wallace, D. C. (1981), "Ethnic variation in Hpa 1 endonuclease cleavage patterns of
human mitochondrial DNA." Proc Natl Acad Sci U S A 78(9), 5768-5772.


32. He, J. D., Peng, M. S., Quang, H. H., Dang, K. P., Trieu, A. V., Wu, S. F., Jin, J. Q.,
Murphy, R. W., Yao, Y. G.,Zhang, Y. P. (2012), "Patrilineal perspective on the
Austronesian diffusion in Mainland Southeast Asia." PLoS One 7(5), e36437.
33. Herrnstadt, C., Elson, J. L., Fahy, E., Preston, G., Turnbull, D. M., Anderson, C., Ghosh,
S. S., Olefsky, J. M., Beal, M. F., Davis, R. E.,Howell, N. (2002), "Reduced-median-

15
network analysis of complete mitochondrial DNA coding-region sequences for the major
African, Asian, and European haplogroups." Am J Hum Genet 70(5), 1152-1171.
34. Heyer, E., Puymirat, J., Dieltjes, P., Bakker, E.,de Knijff, P. (1997), "Estimating Y
chromosome specific microsatellite mutation frequencies using deep rooting pedigrees."
Hum Mol Genet 6(5), 799-803.
35. Horai, S., Hayasaka, K., Kondo, R., Tsugane, K.,Takahata, N. (1995), "Recent African
origin of modern humans revealed by complete sequences of hominoid mitochondrial
DNAs." Proc Natl Acad Sci U S A 92(2), 532-536.
36. Ingman, M.,Gyllensten, U. (2001), "Analysis of the complete human mtDNA genome:
methodology and inferences for human evolution." J Hered 92(6), 454-461.
37. Ingman, M.,Gyllensten, U. (2003), "Mitochondrial genome variation and evolutionary
history of Australian and New Guinean aborigines." Genome Res 13(7), 1600-1606.
38. Ingman, M., Kaessmann, H., Paabo, S.,Gyllensten, U. (2000), "Mitochondrial genome
variation and the origin of modern humans." Nature 408(6813), 708-713.
39. Ivanova, R., Astrinidis, A., Lepage, V., Djoulah, S., Wijnen, E., Vu-Trieu, A. N., Hors,
J.,Charron, D. (1999), "Mitochondrial DNA polymorphism in the Vietnamese
population." Eur J Immunogenet 26(6), 417-422.
40. Jin, H. J., Kwak, K. D., Hammer, M. F., Nakahori, Y., Shinka, T., Lee, J. W., Jin, F., Jia,
X., Tyler-Smith, C.,Kim, W. (2003), "Y-chromosomal DNA haplogroups and their
implications for the dual origins of the Koreans." Hum Genet 114(1), 27-35.
41. Jobling, M. A., Samara, V., Pandya, A., Fretwell, N., Bernasconi, B., Mitchell, R. J.,
Gerelsaikhan, T., Dashnyam, B., Sajantila, A., Salo, P. J., Nakahori, Y., Disteche, C. M.,
Thangaraj, K., Singh, L., Crawford, M. H.,Tyler-Smith, C. (1996), "Recurrent duplication

variant with lacunar cerebral infarction: evidence from a hospital-based case-control
study." Ann N Y Acad Sci 1011, 317-324.
50. Lucotte, G.,Ngo, N. Y. (1985), "p49f, A highly polymorphic probe, that detects Taq1
RFLPs on the human Y chromosome." Nucleic Acids Res 13(22), 8285.
51. Malik, S., Sudoyo, H., Pramoonjago, P., Suryadi, H., Sukarna, T., Njunting, M.,
Sahiratmadja, E.,Marzuki, S. (2002), "Nuclear mitochondrial interplay in the modulation
of the homopolymeric tract length heteroplasmy in the control (D-loop) region of the
mitochondrial DNA." Hum Genet 110(5), 402-411.
52. Malyarchuk, B. A., Rogozin, I. B., Berikov, V. B.,Derenko, M. V. (2002), "Analysis of
phylogenetically reconstructed mutational spectra in human mitochondrial DNA control
region." Hum Genet 111(1), 46-53.
53. Marjanovic, D., Fornarino, S., Montagna, S., Primorac, D., Hadziselimovic, R., Vidovic,
S., Pojskic, N., Battaglia, V., Achilli, A., Drobnic, K., Andjelinovic, S., Torroni, A.,
Santachiara-Benerecetti, A. S.,Semino, O. (2005), "The peopling of modern Bosnia-
Herzegovina: Y-chromosome haplogroups in the three main ethnic groups." Ann Hum
Genet 69(Pt 6), 757-763.

17
54. McPherson, J. D., Marra, M., Hillier, L., Waterston, R. H., Chinwalla, A., Wallis, J.,
Sekhon, M., Wylie, K., Mardis, E. R., Wilson, R. K., Fulton, R., Kucaba, T. A., Wagner-
McPherson, C., Barbazuk, W. B., Gregory, S. G., Humphray, S. J., French, L., Evans, R.
S., Bethel, G., Whittaker, A., Holden, J. L., McCann, O. T., Dunham, A., Soderlund, C.,
Scott, C. E., Bentley, D. R., Schuler, G., Chen, H. C., Jang, W., Green, E. D., Idol, J. R.,
Maduro, V. V., Montgomery, K. T., Lee, E., Miller, A., Emerling, S., Kucherlapati,
Gibbs, R., Scherer, S., Gorrell, J. H., Sodergren, E., Clerc-Blankenburg, K., Tabor, P.,
Naylor, S., Garcia, D., de Jong, P. J., Catanese, J. J., Nowak, N., Osoegawa, K., Qin, S.,
Rowen, L., Madan, A., Dors, M., Hood, L., Trask, B., Friedman, C., Massa, H., Cheung,
V. G., Kirsch, I. R., Reid, T., Yonescu, R., Weissenbach, J., Bruls, T., Heilig, R.,
Branscomb, E., Olsen, A., Doggett, N., Cheng, J. F., Hawkins, T., Myers, R. M., Shang,
J., Ramirez, L., Schmutz, J., Velasquez, O., Dixon, K., Stone, N. E., Cox, D. R.,

62. Salas, A., Lareu, V., Calafell, F., Bertranpetit, J.,Carracedo, A. (2000), "mtDNA
hypervariable region II (HVII) sequences in human evolution studies." Eur J Hum Genet
8(12), 964-974.
63. Sambrook J, R. D. (2001). Molecular Cloning. A Laboratory Manual. Cold Spring Harbor
Laboratory, Cold Spring Harbor NewYork.
64. Scheinfeldt, L., Friedlaender, F., Friedlaender, J., Latham, K., Koki, G., Karafet, T.,
Hammer, M.,Lorenz, J. (2006), "Unexpected NRY chromosome variation in Northern
Island Melanesia." Mol Biol Evol 23(8), 1628-1641.
65. Scozzari, R., Torroni, A., Semino, O., Sirugo, G., Brega, A.,Santachiara-Benerecetti, A. S.
(1988), "Genetic studies on the Senegal population. I. Mitochondrial DNA
polymorphisms." Am J Hum Genet 43(4), 534-544.
66. Sherry, S. T., Rogers, A. R., Harpending, H., Soodyall, H., Jenkins, T.,Stoneking, M.
(1994), "Mismatch distributions of mtDNA reveal recent human population expansions."
Hum Biol 66(5), 761-775.
67. Singh, M. S., Puneetpal; Juneja, Pawan Kumar; Singh, Surinder; Kaur, Taranpal (2010),
"SNP–SNP interactions within APOE gene influence plasma lipids in postmenopausal
osteoporosis." Rheumatology International 31(3), 421-423.
68. Skaletsky, H., Kuroda-Kawaguchi, T., Minx, P. J., Cordum, H. S., Hillier, L., Brown, L.
G., Repping, S., Pyntikova, T., Ali, J., Bieri, T., Chinwalla, A., Delehaunty, A.,
Delehaunty, K., Du, H., Fewell, G., Fulton, L., Fulton, R., Graves, T., Hou, S. F.,
Latrielle, P., Leonard, S., Mardis, E., Maupin, R., McPherson, J., Miner, T., Nash, W.,
Nguyen, C., Ozersky, P., Pepin, K., Rock, S., Rohlfing, T., Scott, K., Schultz, B., Strong,
C., Tin-Wollam, A., Yang, S. P., Waterston, R. H., Wilson, R. K., Rozen, S.,Page, D. C.
(2003), "The male-specific region of the human Y chromosome is a mosaic of discrete
sequence classes." Nature 423(6942), 825-837.
69. Sorenson, M. D.,Fleischer, R. C. (1996), "Multiple independent transpositions of
mitochondrial DNA control region sequences to the nucleus." Proc Natl Acad Sci U S A
93(26), 15239-15243.

19

79. Venter, J. C., Adams, M. D., Myers, E. W., Li, P. W., Mural, R. J., Sutton, G. G., Smith,
H. O., Yandell, M., Evans, C. A., Holt, R. A., Gocayne, J. D., Amanatides, P., Ballew, R.
M., Huson, D. H., Wortman, J. R., Zhang, Q., Kodira, C. D., Zheng, X. H., Chen, L.,
Skupski, M., Subramanian, G., Thomas, P. D., Zhang, J., Gabor Miklos, G. L., Nelson,

20
C., Broder, S., Clark, A. G., Nadeau, J., McKusick, V. A., Zinder, N., Levine, A. J.,
Roberts, R. J., Simon, M., Slayman, C., Hunkapiller, M., Bolanos, R., Delcher, A., Dew,
I., Fasulo, D., Flanigan, M., Florea, L., Halpern, A., Hannenhalli, S., Kravitz, S., Levy,
S., Mobarry, C., Reinert, K., Remington, K., Abu-Threideh, J., Beasley, E., Biddick, K.,
Bonazzi, V., Brandon, R., Cargill, M., Chandramouliswaran, I., Charlab, R., Chaturvedi,
K., Deng, Z., Di Francesco, V., Dunn, P., Eilbeck, K., Evangelista, C., Gabrielian, A. E.,
Gan, W., Ge, W., Gong, F., Gu, Z., Guan, P., Heiman, T. J., Higgins, M. E., Ji, R. R., Ke,
Z., Ketchum, K. A., Lai, Z., Lei, Y., Li, Z., Li, J., Liang, Y., Lin, X., Lu, F., Merkulov, G.
V., Milshina, N., Moore, H. M., Naik, A. K., Narayan, V. A., Neelam, B., Nusskern, D.,
Rusch, D. B., Salzberg, S., Shao, W., Shue, B., Sun, J., Wang, Z., Wang, A., Wang, X.,
Wang, J., Wei, M., Wides, R., Xiao, C., Yan, C., Yao, A., Ye, J., Zhan, M., Zhang, W.,
Zhang, H., Zhao, Q., Zheng, L., Zhong, F., Zhong, W., Zhu, S., Zhao, S., Gilbert, D.,
Baumhueter, S., Spier, G., Carter, C., Cravchik, A., Woodage, T., Ali, F., An, H., Awe,
A., Baldwin, D., Baden, H., Barnstead, M., Barrow, I., Beeson, K., Busam, D., Carver,
A., Center, A., Cheng, M. L., Curry, L., Danaher, S., Davenport, L., Desilets, R., Dietz,
S., Dodson, K., Doup, L., Ferriera, S., Garg, N., Gluecksmann, A., Hart, B., Haynes, J.,
Haynes, C., Heiner, C., Hladun, S., Hostin, D., Houck, J., Howland, T., Ibegwam, C.,
Johnson, J., Kalush, F., Kline, L., Koduru, S., Love, A., Mann, F., May, D., McCawley,
S., McIntosh, T., McMullen, I., Moy, M., Moy, L., Murphy, B., Nelson, K., Pfannkoch,
C., Pratts, E., Puri, V., Qureshi, H., Reardon, M., Rodriguez, R., Rogers, Y. H., Romblad,
D., Ruhfel, B., Scott, R., Sitter, C., Smallwood, M., Stewart, E., Strong, R., Suh, E.,
Thomas, R., Tint, N. N., Tse, S., Vech, C., Wang, G., Wetter, J., Williams, S., Williams,
M., Windsor, S., Winn-Deen, E., Wolfe, K., Zaveri, J., Zaveri, K., Abril, J. F., Guigo, R.,
Campbell, M. J., Sjolander, K. V., Karlak, B., Kejariwal, A., Mi, H., Lazareva, B.,

87.
88.
89. www.scs.uiuc.edu/~mcdonald/WorldHaplogroupsMaps.pdf
90. www.anthropology.net
91.
92.
93.
94.