ứng thuận, nhóm γ-phosphate được chuyển tới đầu 5’ của DNA đã được
dephosphoryl hóa (mất nhóm phosphate). Trong phản ứng trao đổi, khi có một
ADP thừa, enzyme sẽ chuyển nhóm 5’ phosphate từ DNA đã được phosphoryl hóa
tới ADP, DNA sau đó sẽ được phosphoryl hóa trở lại bằng cách nhận một nhóm γ-
phosphate đã được đánh dấu đồng vị phóng xạ từ một phân tử [γ-
32
P]ATP.

- Ứng dụng chính
+ Đánh dấu phóng xạ đầu 5’ của DNA để phân tích trình tự bằng phương
pháp Maxam và Gilbert (1977), dùng làm mẫu dò trong các kỹ thuật lai phân tử
(xem chương 5).
+ Phosphoryl hóa các đoạn nối (linker) và các đoạn DNA không có nhóm 5’
phosphate để chuẩn bị cho phản ứng gắn trong phương pháp tạo dòng.
4. Alkaline phosphatase
(E. coli và ruột bê)
Cả hai enzyme alkaline của vi khuẩn (bacteria alkaline phosphatase, BAP) và
ruột bê (calf intestinal alkaline phosphatase, CIP) đều xúc tác loại bỏ nhóm 5’
phosphate khỏi DNA và RNA.
- Ứng dụng chính
+ Loại bỏ nhóm 5’ phosphate khỏi DNA hoặc RNA trước khi đánh dấu đầu 5’
bằng
32
P.
+ Loại bỏ nhóm 5’ phosphate khỏi các đoạn DNA để ngăn cản sự tự gắn.
- Ứng dụng chính
+ Tạo ra các điểm đứt (nick) trên DNA sợi đôi để đánh dấu mẫu dò đồng vị
phóng xạ bằng phương pháp dịch chuyển điểm đứt.
+ Tạo ra các dòng ngẫu nhiên để phân tích trình tự trong bacteriophage M13
vector.
+ Phân tích phức hợp protein:DNA (DNase footprinting).
+ Loại bỏ DNA trong các phân đoạn RNA hay protein.

2. Nuclease S1
(Aspergillus oryzae)
Enzyme nuclease S1 cắt DNA sợi đơn hoặc RNA để tạo ra đầu 5’
monophosphate hoặc các oligonucleotide. DNA sợi đôi và thể lai DNA:RNA ít
chịu tác dụng của enzyme này. Tuy nhiên, các nucleic acid sợi đôi sẽ bị nuclease
S1 cắt hoàn toàn nếu chúng bị xử lý với một lượng rất lớn enzyme. Một lượng vừa
đủ của enzyme sẽ tách các nucleic acid sợi đôi ở các điểm đứt hoặc các lỗ hổng
nhỏ thành hai hoặc nhiều đoạn.
- Ứng dụng chính
+ Phân tích cấu trúc thể lai DNA:RNA.
+ Loại bỏ các phần sợi đơn trên đầu sole ra khỏi đoạn DNA sợi đôi để tạo ra
các đầu bằng.
+ Mở vòng cặp tóc xuất hiện trong quá trình tổng hợp cDNA sợi đôi.
Một enzyme có hoạt tính tương tự nuclease S1 là mung-bean nuclease
(endonuclease) được tách chiết từ mầm đậu xanh (Phaseolus aureus).

3. Exonuclease III (Exo III)