ĐẠI HỌC QUỐC GIA THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH
TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN
oOo TRẦN THỊ NHƯ THÙY TỔNG HỢP VÀ KIỂM CHỨNG
HOẠT TÍNH MIỄN DỊCH CỦA EPITOPE
KHÁNG NGUYÊN HA VIRUS CÚM A/H5N1
ĐƯỢC NHẬN DIỆN BỞI TẾ BÀO B Chuyên ngành: Vi sinh vật học
Mã số: 60 42 40
LUẬN VĂN THẠC SĨ:
CHUYÊN NGÀNH VI SINH VẬT HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC:
GS.TS. TRẦN LINH THƯỚC
Thành phố Hồ Chí Minh – Năm 2011
1.7.1. Sơ lược về tá dược 16 Luận văn thạc sĩ Mục lục
1.7.2. Flagellin và triển vọng sử dụng làm tá dược 17
1.7.3. Freund’s adjuvant 18
1.8. HỆ THỐNG DUNG HỢP VỚI PROTEIN GLUTATHIONE S-
TRANSFERASE 18
1.9. NGUYÊN TẮC CÁC PHƯƠNG PHÁP CHÍNH SỬ DỤNG TRONG LUẬN
VĂN 19
1.9.1. Biểu hiện gen ngoại lai trong tế bào E. coli 19
1.9.2. Vector biểu hiện trong E. coli 20
1.9.3. Phương pháp tinh chế sắc ký ái lực 21
1.9.4. Phương pháp gây đáp ứng miễn dịch trên động vật để thu nhận kháng thể
đa dòng…… 22
1.9.5. Phương pháp ELISA để kiểm chứng tính kháng nguyên của epitope HA tái
tổ hợp 23
PHẦN 2. VẬT LIỆU – PHƯƠNG PHÁP
2.1. VẬT LIỆU 26
2.1.1. Dụng cụ và thiết bị 26
2.1.2. Vật liệu sinh học 26
2.1.3. Hóa chất – Môi trường 29
2.2. PHƯƠNG PHÁP 33
2.2.1. Qui trình tạo dòng tế bào E. coli DH5α/pVFT-fljB-hab có khả năng biểu
hiện epitope tái tổ hợp GST-H:1,2-HAeB 33
2.2.2. Thu nhận gen fljB bằng phương pháp PCR và xử lý bằng enzyme EcoRI -
SalI 34
2.2.3. Thu nhận và cắt mở vòng plasmid pVFT-hab chứa gen mã hóa epitope
HAeB 36
2.2.4. Tạo dòng plasmid tái tổ hợp PVFT-fljB-hab 37
3.2.3. Cảm ứng biểu hiện epitope tái tổ hợp GST-H:1,2-HAeB 59
3.3. TỐI ƯU HÓA CÁC ĐIỀU KIỆN BIỂU HIỆN EPITOPE TÁI TỔ HỢP GST-
H:1,2- HAeB 61
3.3.1. Khảo sát nồng độ chất cảm ứng IPTG 61
3.3.2. Ảnh hưởng của nhiệt độ nuôi cấy đến sự biểu hiện của epitope tái tổ hợp63
3.3.3. Ảnh hưởng của ôxi hòa tan lên sự biểu hiện của epitope tái tổ hợp 64 Luận văn thạc sĩ Mục lục
3.3.4. Cảm ứng biểu hiện epitope tái tổ hợp GST-H:1,2-HAeB trong E. coli
BL21(DE3)/pVFT-fljB-hab ở các điều kiện cảm ứng đã được tối ưu hóa 66
3.4. THU NHẬN VÀ TINH CHẾ EPITOPE TÁI TỔ HỢP GST-H:1,2-HAeB 66
3.4.1. Thu nhận và tinh chế epitope tái tổ hợp GST-H:1,2:HAeB 67
3.4.2. Xác định độ tinh sạch của epitope tái tổ hợp sau khi tinh chế 67
3.5. KIỂM CHỨNG HOẠT TÍNH MIỄN DỊCH ĐẶC HIỆU CỦA EPITOPE TÁI
TỔ HỢP 68
3.5.1. Kiểm chứng hoạt tính miễn dịch của epitope HAeB tổng hợp hóa học 68
3.5.2. Kiểm chứng hoạt tính miễn dịch của epitope tái tổ hợp GST-H:1,2-
HAeB 69
3.5.3. Kiểm tra tính đặc hiệu của kháng huyết thanh đối với virus H5N1 72
3.6. SO SÁNH KHẢ NĂNG GẮN VIRUS H5N1 BẤT HOẠT CỦA KHÁNG
HUYẾT THANH CHUỘT TIÊM EPITOPE HAeB, EPITOPE TÁI TỔ HỢP
GST-H:1,2- HAeB VÀ VACCINE THƯƠNG MẠI 74
PHẦN 4. KẾT LUẬN – ĐỀ NGHỊ
1. KẾT LUẬN 77
2. ĐỀ NGHỊ 78
TÀI LIỆU THAM KHẢO 79 Luận văn thạc sĩ Danh mục
Kan
r
kanamycin resistance (kháng kanamycin)
kDa kilo Dalton
LB môi trường Luria-Bertani
MBP protein gắn maltose Luận văn thạc sĩ Danh mục
Trang ii
MCS multiple cloning site
MDP muramyl dipeptide
MHC major histocompatibility complex
NA neuraminidase
NFDM non fat dry milk
OPD o-phenylene diamine
PBS phosphate buffered saline
PBST phosphate buffered saline tween
PCR polymerase chain reaction
PMSF phenyl methyl sulphonyl fluoride
PTN.CNSHPT Phòng thí nghiệm Công nghệ Sinh học Phân tử
RNA ribose nucleic acid
RNase ribonuclease (enzyme thuỷ giải RNA)
SDS-PAGE sodium dodecyl sulphate polyacrylamide gel electrophoresis
TEMED N, N, N’, N’-tetramethyl-ethane-1,2-diamine
TLR Toll-like receptor
Trx thioredoxin
Bảng 3.8. Kết quả phân tích hàm lượng và độ sạch mẫu protein tinh chế bằng đo hấp
thu quang phổ 68
Luận văn thạc sĩ Danh mục
Trang iv
DANH MỤC CÁC HÌNH
Hình 1.1. Quá trình xâm nhiễm và nhân bản của virus cúm 5
Hình 1.2. Qui trình thực hiện phương pháp Reverse Vaccinology 9
Hình 1.3. Cấu trúc vùng MCS của hệ thống biểu hiện pVFT 2S 21
Hình 2.1. Plasmid pVFT-hab 27
Hình 2.2. Các thang chuẩn DNA 29
Hình 2.3. Thang chuẩn protein 29
Hình 2.4. Quy trình tạo dòng E. coli DH5α/pVFT-fljB-hab 34
Hình 3.1. Kết quả thu nhận gen bằng phản ứng PCR 53
Hình 3.2. Kết quả thu nhận pVFT-hab và plasmid pVFT-hab/EcoRI, SalI 54
Hình 3.3. Kết quả biến nạp plasmid pVFT-fljB-hab vào tế bào E. coli DH5α 55
Hình 3.4. Kết quả điện di sản phẩm PCR khuẩn lạc sàng lọc dòng tế bào E. coli
DH5α/pVFT-fljB-hab 56
Hình 3.5. Kết quả điện di sản phẩm PCR plasmid kiểm tra các dòng E. coli
DH5α/pVFT-fljB-hab 57
Hình 3.6. Kết quả giải trình tự đoạn gen fljB- hab trong plasmid pVFT-fljB-hab 57
Hình 3.7. Kết quả biến nạp plasmid pVFT-fljB-hab vào tế bào E. coli BL21(DE3) 58
Hình 3.8. Kết quả PCR kiểm tra plasmid các dòng tái tổ hợp E. coli
BL21(DE3)/pVFT-fljB-hab 59
Hình 3.9. Kết quả biểu hiện của protein dung hợp GST-H:1,2-HAeB bằng SDS-
PAGE (a), lai Western Blot với kháng thể anti-GST (b) và định lượng
kháng huyết thanh chuột tiêm protein dung hợp GST-H;1,2-HAeB 73
Hình 3.22. Kết quả ELISA kiểm tra khả năng nhận diện virus H5N1 bất hoạt của
kháng huyết thanh chuột nhỏ mũi protein dung hợp GST-H;1,2-HAeB 73
Hình 3.23. Kết quả ELISA so sánh khả năng nhận diện virus H5N1 bất hoạt của các
kháng huyết thanh khác nhau 74 Luận văn thạc sĩ Đặt vấn đề
Trang 1
ĐẶT VẤN ĐỀ
Vaccine phòng ngừa một số phân type cúm hiện nay tuy có hiệu quả tốt nhưng lại
bị giới hạn về chủng. Do đó, nhiều phương pháp mới được nghiên cứu nhằm cải thiện
các hạn chế của vaccine hiện có và chủ yếu tập trung vào hai hướng sau: i) Tạo vaccine
đa giá phòng được nhiều chủng virus; ii) Con đường tạo sự miễn dịch. Trong đó,
phương pháp nghiên cứu tạo vaccine dựa trên các epitope bảo tồn ở các chủng virus
thuộc các phân type khác nhau của virus cúm A hiện đang được quan tâm rộng rãi. Ưu
điểm của loại vaccine này là khả năng gây đáp ứng miễn dịch chỉ với cấu trúc kháng
nguyên tối thiểu. Vì vậy, nếu có đầy đủ các epitope cần thiết, vaccine sẽ kích thích phản
ứng miễn dịch chuyên biệt mà không gây ra những ảnh hưởng không mong muốn.
Cùng với sự phát triển của ngành Tin Sinh học, nhóm nghiên cứu của Phòng thí
nghiệm Công nghệ Sinh học Phân tử (PTN.CNSHPT), Trường Đại học Khoa học Tự
nhiên (Trường ĐHKHTN) thuộc Đại học Quốc gia TP. HCM (ĐHQG - HCM) quan tâm
- Thu nhận và tinh chế epitope tái tổ hợp GST-H:1,2-HAeB.
- Kiểm chứng hoạt tính miễn dịch đặc hiệu của epitope tái tổ hợp GST-H:1,2-
HAeB với kháng nguyên HA của virus A/H5N1. PHẦN 1
TỔNG QUAN
Luận văn thạc sĩ Tổng quan tài liệu
Trang 3
1.1. CÁC ĐẶC TÍNH SINH HỌC CHÍNH CỦA VIRUS CÚM H5N1
1.1.1. Đặc điểm và cấu tạo virus cúm A H5N1 [5], [23]
H5N1 là một phân type của chi Influenza A virus, một chi thuộc nhóm IV, họ
Orthomyxoviridae. Họ này có các đặc tính như sau: bộ gen ssRNA mạch âm, vỏ bọc với
nhiều hình dạng, bộ gen có từ 6 – 8 mạch với kích thước 10 – 15kb, gây bệnh ở các loài
động vật có xương sống.
Virion có dạng hình cầu hay đa hình, đường kính 80 – 120nm, chiều dài 200 –
300nm, khối lượng phân tử khoảng 250 triệu Dalton. Vỏ virus được tạo thành từ màng
lipid của tế bào ký chủ, bề mặt được cấu thành bởi các protein hay glycoprotein của
virus, chủ yếu là hemagglutinin (HA) và neuraminidase (NA). Phần ngoài màng của các
Trang 4
7 M1 và
M2
M1: 27,8
M2: 11
M1: thành phần cấu trúc chính, tham gia quá trình
lắp ráp và nảy chồi
M2: là các kênh ion
8 NS1 và
NS2
NS1: 26,8
NS2: 14,2
NS1: ức chế vận chuyển mRNA
NS2: đưa ribonucleoprotein ra ngoài nhân
1.1.2. Chu trình nhân bản [19], [31]
Chu trình xâm nhiễm và nhân bản của virus cúm A trải qua 3 bước:
- Bước 1: Bám dính, xâm nhập và tháo vỏ
Các virus cúm bám vào tế bào bằng cách gắn các protein bề mặt hemaglutinin với
các phân tử đường của sialic acid trên bề mặt của tế bào biểu mô (ở mũi, cổ họng và phổi
của động vật có vú và ruột của chim). Sự hình thành liên kết giữa sialic acid và đường
galactose mang tính đặc trưng loài, quyết định giới hạn truyền bệnh của virus cúm. Virus
vào trong tế bào theo cơ chế ẩm bào, hình thành các endosome. Nồng độ pH bên trong
endosome thấp kết hợp với các protease đã làm thay đổi cấu hình của HA, để lộ ra phần
kỵ nước giúp đính trên màng lipid của endosome, dẫn đến sự dung hợp màng. Đồng
thời, các proton H
+
đi vào bên trong virus thông qua kênh ion M2, phá vỡ mối tương tác
giữa protein M1 với các ribonucleoprotein (RNP) và giải phóng chúng vào tế bào chất.
Kháng nguyên bị biến đổi do các đột biến điểm trên RNA virus. Do RNA
replicase của virus không có cơ chế sửa sai và độ chính xác rất thấp nên khi nhân bản
RNA sẽ tạo ra nhiều đột biến sai lệch nucleotide. Tần suất đột biến điểm rất cao, khoảng
1/10.000. Như vậy, gần như mỗi virus mới sinh ra đều chứa một đột biến điểm trong hệ
gen của nó. Các đột biến này được tích lũy qua nhiều thế hệ, làm xuất hiện một phân
type mới có đặc tính kháng nguyên mới. Hiện tượng này thường xảy ra ở các đoạn gen
mã hóa kháng nguyên NA và HA.
- Cơ chế tái tổ hợp kháng nguyên: Luận văn thạc sĩ Tổng quan tài liệu
Trang 6
Sự tái sắp xếp bộ gen từ nhiều chủng khác nhau cũng có khả năng tạo thành
chủng virus mới nhanh chóng do sự tổ hợp các đoạn RNA từ các chủng khác nhau. Điều
này còn giúp cho virus có khả năng lây nhiễm ở loài vật chủ mới hoặc gia tăng độc lực.
Do bộ gen virus gồm 8 đoạn RNA khác nhau, việc tái tổ hợp giữa đoạn gen của các
chủng virus khác nhau khi xâm nhiễm cùng một ký chủ rất dễ dàng xảy ra. Đây là vấn đề
đáng lo ngại của virus cúm H5N1 hiện nay.
1.2. CÁC LOẠI VACCINE PHÒNG NGỪA VIRUS CÚM A/H5N1
Hiện nay, vaccine phòng bệnh virus cúm H5N1 đang rất được quan tâm nghiên
cứu trên thế giới. Đây được xem là biện pháp y học chính để bảo vệ con người khỏi đại
dịch cúm.
1.2.1. Vaccine truyền thống [15]
Các nghiên cứu hiện nay tập trung chủ yếu trên các vaccine virus bất hoạt và
vaccine nhược độc.
Vaccine virus bất hoạt được phát triển đầu tiên là virus được nuôi cấy trong dịch
niệu gà, sau đó tinh chế và cô đặc, cuối cùng được bất hoạt bằng formaldehyde hoặc β-
thay đổi vaccine hàng năm, các nhà khoa học mong muốn tạo ra một loại vaccine có phổ
kháng rộng, có khả năng kháng lại tất cả các phân type virus gây bệnh trên người và gia
cầm. Ưu điểm chính của vaccine dựa trên epitope là khả năng gây đáp ứng miễn dịch với
cấu trúc kháng nguyên tối thiểu, do vậy có thể tránh được những ảnh hưởng không mong
muốn. Tuy vậy, vaccine dựa trên epitope có thể có khả năng gây đáp ứng miễn dịch thấp
hơn so với vaccine toàn phần. Vì vậy, khi phát triển vaccine dựa trên epitope nên có sự
hiện diện của cả epitope tế bào B và epitope tế bào T. Các epitope phải chuyên biệt cho
tác nhân gây bệnh. Các epitope đang được tập trung nghiên cứu hiện nay là các epitope
trên hai kháng nguyên bề mặt HA và NA của virus cúm. Đồng thời, các nhà khoa học
còn nghiên cứu các tá dược và các chất mang kết hợp với các epitope bảo tồn nhằm làm
tăng hiệu quả gây đáp ứng miễn dịch.
Luận văn thạc sĩ Tổng quan tài liệu
Trang 8
1.2.3. Nghiên cứu phát triển vaccine epitope tái tổ hợp trên thế giới [17], [27]
Hiện nay đã có một loại vaccine nhỏ mũi dựa trên epitope đã được cấp patent
(patent số 7192595, 20/03/2007) có khả năng phòng ngừa một số chủng virus cúm. Các
epitope được lựa chọn bao gồm ít nhất bốn epitope virus cúm ở người gồm một epitope
(HA) tế bào B; một epitope (HA hay NP) tế bào T trợ giúp có khả năng gắn với nhiều
phân tử HLA và ít nhất hai epitope (NP hay M) tế bào CTL. Cụ thể là các epitope HA91-
108 (epitope tế bào B: SKAFSNCYPYDVPDYASL), HA307-319, NP335-350 và
NP380-393. Các epitope trên khi được dung hợp với tiên mao flagella của vi khuẩn
Salmonella đã cho đáp ứng miễn dịch và hiệu quả bảo vệ tốt đối với một số chủng cúm.
Bảng 1.2. Các epitope virus cúm ở người được lựa chọn để kiểm tra khả năng phòng
ngừa virus
Epitope Trình tự Giới hạn HLA Chủng cúm A
NP335-350 SAAFEDLRVLSF
Luận văn thạc sĩ Tổng quan tài liệu
Trang 9
hai nhóm chính là dự đoán dựa trên phân tích trình tự (phương pháp dùng các dữ liệu
đầu vào là các trình tự acid amin) và dự đoán dựa trên phân tích cấu trúc (sử dụng thông
tin về cấu trúc không gian ba chiều).
Hình 1.2. Qui trình thực hiện phương pháp Reverse Vaccinology
1.2.4. Tình hình sản xuất vaccine cúm A/H5N1 cho người tại Việt Nam [4], [13]
Ở nước ta, các nhà sản xuất trong nước hiện đang ở giai đoạn nghiên cứu phát
triển sản xuất vaccine cúm A/H5N1 cho người ở qui mô phòng thí nghiệm với các
phương pháp khác nhau.
Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương từ giữa năm 2004 đã phát triển kỹ thuật sản
xuất vaccine cúm A/H5N1 cho người trên tế bào thận khỉ tiên phát. Vaccine này sử dụng
một chủng tái tổ hợp từ chủng virus A/Vietnam/1203/2004 với một chủng tái tổ hợp từ
chủng virus do Đại học Tokyo, Nhật Bản cung cấp. Hiện nay, Viện đã sử dụng chủng
NIBRG-14 (nguồn gốc từ chủng A/Vietnam 1194/2004 và PR8 do Viện NIBSC – Vương
quốc Anh cung cấp). Vaccine do Viện sản xuất đã được nghiệm thu dưới dạng đề tài cấp
Nhà nước vào đầu năm 2007, đang nghiên cứu thử nghiệm lâm sàng.
- Viện Pasteur TP. HCM nghiên cứu phát triển dạng vaccine nuôi cấy trên tế bào
VERO, sử dụng chủng NIBRG-14.
- Viện Vaccine và Sinh phẩm y tế phối hợp với Viện Công nghệ Sinh học (Viện
Khoa học và Công nghệ Việt Nam) nghiên cứu sản xuất vaccine nuôi cấy trên trứng gà
có phôi, sử dụng chủng NIBRG-14. Luận văn thạc sĩ Tổng quan tài liệu
HA1 và HA2. Môi trường acid bên trong hạt nội bào giúp HA thay đổi cấu hình, khởi Luận văn thạc sĩ Tổng quan tài liệu
Trang 11
đầu sự dung hợp màng. Cơ chế cụ thể của sự dung hợp hai lớp màng này vẫn chưa được
làm sáng tỏ. Một giả thuyết cho rằng có sự tham gia của nhiều phân tử HA cùng lúc. Các
HA tụ lại với nhau sau đó ống xoắn duỗi ra và đẩy peptide dung hợp lên tương tác với
màng tế bào. Sự tái gấp cuộn vùng gần màng của chuỗi xoắn α dài của HA2 kéo hai
màng lại gần nhau. Khi tiếp xúc nhau, chúng nhập vào nhau và hình thành trạng thái bán
dung hợp. Trạng thái này mở rộng dần do tác dụng của HA và đến mức nào đó đủ sức
căng để phá vỡ cấu trúc, tạo một lỗ trên màng dung hợp. Từ đó, vật chất bên trong được
giải phóng ra bên ngoài.
- Gắn thụ thể
Hiện nay, kiến thức về cơ chế này đã sâu hơn rất nhiều. Một cấu trúc nhỏ dạng túi
ở vùng đầu hình cầu của HA là vị trí gắn với thụ thể. Các amino acid ở vùng này có tính
bảo tồn rất cao so với các vùng xung quanh, đồng thời trình tự này sẽ qui định loại nối
của thụ thể mà HA có thể gắn vào. Hai vị trí quan trọng nhất qui định sự gắn vào thụ thể
là vị trí 226 và 228 trên HA1. Các chủng nhận biết thụ thể α(2,3) thường có glutamine ở
vị trí 226 và glycine ở vị trí 228 và các chủng nhận biết thụ thể α(2,6) có leucine và
serine ở hai vị trí này.
1.4. TẾ BÀO LYMPHO B VÀ ĐÁP ỨNG MIỄN DỊCH DỊCH THỂ [1]
1.4.1. Tế bào lympho B
Tế bào lympho B (tế bào B) là tế bào sản xuất kháng thể nhận diện và gắn lên
kháng nguyên giúp hệ miễn dịch phá hủy kháng nguyên. Tế bào này trưởng thành trong
tủy xương, sau đó đi vào hệ tuần hoàn và tập trung ở các cơ quan lympho ngoại biên.
Chức năng của tế bào B là nhận diện kháng nguyên và tạo ra đáp ứng miễn dịch dịch thể.
như tức thì khi tiếp xúc lại cùng một kháng nguyên.
Đáp ứng miễn dịch dịch thể nguyên phát xảy ra khi hệ thống miễn dịch tiếp xúc
lần đầu tiên với một kháng nguyên đặc biệt. Đáp ứng này hình thành chậm khoảng 3 -6
ngày sau khi hệ thống bị nhiễm kháng nguyên. Thời gian này cần thiết để một số ít tế
bào B đặc hiệu đối với kháng nguyên được chọn lọc dòng, sinh sản và biệt hóa thành
tương bào. Sau thời kỳ này, lượng kháng thể trong huyết tương tăng lên, đạt đến đỉnh
trong khoảng 10 ngày, rồi bắt đầu giảm xuống.
Đáp ứng miễn dịch thứ phát xảy ra khi một người nào đó bị nhiễm lại bởi cùng
một kháng nguyên. Đáp ứng lúc này xảy ra nhanh hơn, kéo dài hơn và hiệu quả hơn vì Luận văn thạc sĩ Tổng quan tài liệu
Trang 13
hệ miễn dịch đã sẵn sàng, các tế bào nhớ được kích thích và sản xuất tương bào nhanh
hơn. Các kháng thể được sản xuất lần này gắn chặt hơn, lượng kháng thể trong máu giữ
ở mức cao trong hàng tuần cho tới hàng tháng. Ngay cả khi không có kháng nguyên, các
tế bào nhớ vẫn tồn tại trong thời gian dài và nhiều tế bào nhớ vẫn còn khả năng gây các
đáp ứng miễn dịch dịch thể thứ phát trong cả cuộc đời.
1.5. EPITOPE VÀ TÍNH CHẤT CỦA CÁC EPITOPE ĐƯỢC NHẬN DIỆN BỞI
TẾ BÀO B [20]
1.5.1. Epitope
Các tế bào miễn dịch không nhận diện toàn bộ phân tử kháng nguyên mà chỉ nhận
diện những vùng nhất định trên phân tử kháng nguyên, gọi là epitope. Đây là những
vùng có hoạt tính miễn dịch của một kháng nguyên, được nhận diện và gắn đặc hiệu bởi
thụ thể tương ứng của nó trên bề mặt tế bào lympho hoặc bởi kháng thể do tế bào
lympho tiết ra. Sự tương tác này có thể xảy ra ở các mức độ cấu trúc khác nhau của
kháng nguyên. Có hai loại epitope: epitope liên tục (epitope bậc 1) và epitope không liên
nhà nước là “Nghiên cứu ứng dụng Tin Sinh học trong việc phát triển vaccine và thuốc”,
mã số KC.04.18/06-10. Một trong hai nhóm nội dung của đề tài này là tạo và ứng dụng
các chương trình Tin Sinh học trong dự đoán epitope phục vụ việc nghiên cứu phát triển
vaccine thế hệ mới đối với virus H5N1 và đánh giá hoạt tính miễn dịch của các epitope
dự đoán.
Đối với epitope nhận diện bởi tế bào T, việc dự đoán epitope dựa trên trình tự
bằng cách sử dụng một số phương pháp đã có như mạng nơron nhân tạo (artificial neural
network), mô hình Markov ẩn (hiden Markov model), support vector machine. Ngoài ra,
việc xây dựng một hệ thống tự động dự đoán epitope dựa trên trình tự bằng cách tích hợp
các phương pháp dự đoán, cho phép lựa chọn nhiều tham số bao gồm cách chia dữ liệu
luyện mô hình dự đoán, các tham số ngưỡng ; có thể tự động tìm mô hình dự đoán tối
ưu khi muốn thay đổi hay cập nhật dữ liệu epitope thực nghiệm hay thay đổi nhóm MHC
(major histocompatibility complex). Hệ thống này được thiết kế nhằm tạo ra tính linh
động cao trong việc dự đoán những epitope của H5N1. Sau khi dự đoán được trình tự
epitope tế bào T gắn MHC, tiến hành mô phỏng trên máy tính sự gắn của phân tử peptide
với cấu trúc MHC tương ứng để kiểm tra ái lực gắn.
Copyright: Tài liệu đại học ©