Draft version - Confidential Giáo trình Nmôn tin sinh 80
5.1.
ADN 5.1.1.
ADN
Hình 5.1.
Hình 5.1ADN
ADN
ADN 5.1.
Draft version - Confidential Giáo trình Nmôn tin sinh 81
1
2
3
4
5
ADN
dài. ADN và Tinh tinh nuclêôtít, chui ADN ca Kh t
cha 5 nuclêôtít và chui ADN ca Khi nâu ch còn cha 4 nuclêôtít. Tóm li, quá
trình tin hóa s làm cho các chung khác nhau c v ni dung
dài.
Sp 5.1.2.
Sp hàng hai chui và ho chúng ta bit mi quan h gia hai chui
và . khác nhau, chúng ta
hành ADN
ADN.
nuclêôtít
ADN
ADN sau:
1.
2. Các nuclêôtít
nuclêôtít
3. i nào
4.
5.2 ADN
ADN
Draft version - Confidential
C
T
Kh nâu
G
A
C
G
5.2ADN h t
và Kh nâu. Ta thy có các bii v trí 1, 5 và 6.
, chúng ta d dàng nhn thy
n (5.3 minh
).
1
2
3
4
5
6
i
T
G
A
C
G
T
G
A
C
G
T
Tinh tinh
T
G
A
C
T
T
Kh t
C
G
A
C
T
Kh nâu
G
A
C
G
5.3ADN
5.1.3.
ng, .
s.
Draft version - Confidential Giáo trình Nmôn tin sinh 83
m ging nhau
c tính c th :
5.2
theo 5.1
dng , c th là:
5.4
Ví d: Vi ma trn m ging nhau :
nuclêôtít ;
nuclêôtít ;
nuclêôtít ;
tnh ADN
5.4
hàng
-
1
2
3
A
C
T
Kh nâu
G
A
C
G
-6
10
10
10
-6
0
18
A
C
G
-2
3
3
3
-9
0
-2 i
T
G
-6
3
3
3
-2
0
-2
5.4ADN
i 5.1.4.
chui
bt ( sp)
bt cp
sp hàng
bt cp là: , 5.5
(xem 5.5).
Draft version - Confidential Giáo trình Nmôn tin sinh
XYZ = ?
XZ =
AAAATTTT
GGGGAAAA
YZ =
TTTTGGGG
GGGGAAAA
5.6: Ba bt cp
Draft version - Confidential Giáo trình Nmôn tin sinh 86
5.2.
asp hàng
và
c xây dng trên nghim t
Nghim ca bài toán vi ba chui tin t
ài toán vi ba chui tin t
Nghim ca bài toán vi ba chui tin t
Nghim ca bài toán vi ba chui tin t
Giáo trình Nmôn tin sinh 87
Thut ba chui ADN
D liu vào: Ba chui ADN
; Ma
trn m th hin m ging nhau gia các kí t thuc tp kí t
Yêu cu: Sp hàng ba chui và tm ging nhau là ln nht.
D liu ra: Ba chui , và là kt qu ca vic sp hàng.
ng: Gi
: Chui tin t gm i nuclêôtít u tiên ca ;
.
s
ba
Ta thba nuclêôtít
:
5.5
.
,
theo 5.5.
s là nghim tt nht ca bài toán cho ba chui
. ng thc hin chèn các d chui
c ba chui sp hàng , và
5.1: Thut toán quy hong gii quy
ADN.
T
0
6
6
6
-5
6
5.7ADN
. Tm ging nhau là 19.
phc tp ca thut toán quy hong cho bài toán sp hàng ba chui
là
.
chui là O(
) vi
Draft version - Confidential
5.6
t
Th5.2.
Thut toán Ngôi sao (Star)
D liu vào: Tp
Gi
là
).
c 2: Lt sp hàng các chui
. Vii
vào c thc hi
Bt cp chui
chuc sp hàng
Draft version - Confidential
, thì c ng trên chui
.
.
5.2
5.8ma trn
nuclêôtít .
T
T
T
T
T
T
G
G
80
G
G
A
A
T
T
T
T
80
5.8ADN
Thuc ti
Draft version - Confidential Giáo trình Nmôn tin sinh 91
Sp hàng các chui
Sp hàng
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
A
A
T
T
T
T
T
T
5.9.
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
A
A
T
T
T
T
5.9
phc t
O(
), v phc tp cc 2 là
Hình 5.2
Hình 5.25
. Gi
B
hai 5.4.2.
.
:
1
2
3
4
5
6
7
G
G
A
T
T
G
T
G
G
A
A
G
G
94
:
; trong ví d trên là sp hàng hai chui
:
1
2
3
4
5
6
7
8
G
G
A
A
G
G
.
.
1
2
3
4
5
6
7
8
G
G
A
T
A
G
G
T
5.4.4.
5.3. 5.10.
Draft version - Confidential Giáo trình Nmôn tin sinh 95
Thut toán sn
D liu vào: Tp
n chui ADN
Yêu cu: S
t.
D liu ra:
.
i
cha tt c các chui cp hàng
.
5.3
Xét ví d tp bn chui
Quá trình sc minh h
1
2
3
4
5
6
7
8
G
G
A
T
T
G
T
A
A
G
G
T
T
G
G
A
T
T
G
T
G
G
A
A
G
G
5.5.
ghi
ng là
u ClustalW, và
lip.
5.5.1.
prôtêin hay ADN
1. ; t
.
Draft version - Confidential Giáo trình Nmôn tin sinh 97
2. Các dòng tip theo s cha thông tin v i sp hàng. Mi
sc chi ra thành nhiu khi d liu. Mi khi d liu có cu trúc
:
dòng cha
thông tin . Các thông tin
sau:
.
.
98
Hình 5.3
lip 5.5.2.
ng
prôtêin ADN
hân loài. nh dng d lic mô t
1. u cha hai s ng chup hàng
dài cp hàng.
2.
chèn thêm các trng
các
3.
leaved).
Draft version - Confidential Giáo trình Nmôn tin sinh 99
Hình 5.4
Muscle.
5.6.1.
ClustalW Thompson
[4],
. ClustalW
ClustalW
phân
Hình 5.6.
Draft version - Confidential Giáo trình Nmôn tin sinh 101
Hình 5.6
(Hình 5.7)
Draft version - Confidential Giáo trình Nmôn tin sinh
Muscle nhanh
Hình 5.9).
Draft version - Confidential Giáo trình Nmôn tin sinh 104
trong Hình 5.9)
Hình 5.9
Hình 5.9
Hình 5.10
www.drive5.com/muscle
Copyright: Tài liệu đại học ©