ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI
TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN

HOÀNG ĐĂNG HIẾU

SỬ DỤNG CÁC KỸ THUẬT SINH HỌC PHÂN TỬ TRONG
PHÂN TÍCH ĐA DẠNG VÀ ĐỊNH DANH LOÀI CỦA TẬP
ĐOÀN CÂY DÓ BẦU(AQUILARIA SP.) TẠI HÀ TĨNH

LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC

Hà Nội - 2012

ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI
TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN

M U 1
U 2
1.1. Tng quan v u 2
  cu 2
n c u 3
 kinh t u 5
1.1.4. Thc trng trn th gii 7
 ng ti kh o tro 9
1.2. Mt s  dng trong vinh danh nh quan h di
truyn 10
1.3. DNA barcode - m mi 12
1.3.1. Gii thiu DNA barcode 12
n c barcode 13
1.4. Mt s c s d thc vt 14
  14
 15
1.4.3. T gen luc lp 15
 gen rbcL 17
 gen matK 17
 gen rpoB rpoC1 17
 gen ycf5 18
 hai gen trnH - psbA 18
 hai gen trnL(UAA) - trnF(GAA) 19
u DNA barcode  thc vt 19
1.6. Mt s kt qu u v du ti Vi gii . 21
T LI 22
2.1.Vt liu 22
2.1.1. Thc vt 22
2.1.2. Chng vi khun 23
Luận văn thạc sĩ Sinh học Hoàng Đăng Hiếu


Luận văn thạc sĩ Sinh học Hoàng Đăng Hiếu
iv

DANH MỤC BẢNG
Trang
Ba mt s mi DNA Barcode thit k cho h gen lc lp 16
B u 22
B p mn gen barcode 24
Bn dung dm ra 25
Bn dung d 25
Bn phn ng PCR 26
Bng 2.6. Chu k phn ng PCR 26
Bn phn ng ligase 28
Bng chn lc t  hp 29
Bng 2.9. n phn ng PCR kim tra khun lc 30
Bng 2.10. Chu k phn ng PCR- clony 30
B 30
Bn ng ct enzyme 31
Bng 3.1. Nhi bt mc gen cp mu 34
B vùng trnH-psbA intergenic lc lp 45
B c lp rpoB 47
Bng 3.4.  c lp rbcL 50
Bng 3.5. V   i crbcL 51
B ITS 54
B  i cITS 55

Luận văn thạc sĩ Sinh học Hoàng Đăng Hiếu
v


BẢNG CHỮ VIẾT TẮT
bp
Base pair
CBOL
Consortium for the Barcode of Life
CTAB
Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide
DNA
Deoxyribonucleic acid
dNTP
Deoxyribonucleotide triphosphate
E. coli
Escherichia coli
EDTA
Ethylenediaminetetraacetic acid
IPTG
Isopropylthio-beta-D-galactoside
ITS-rDNA
Internal Transcribed Spacer-rDNA
Kb
Kilobase
LB
Luria Bertani
PCR
Polymerase Chain Reaction
RNA
Ribonucleic acid
rDNA
Ribosome deoxyribonucleic acid
RAPD


       A. crassna      
A. baillonii  A. rugosa   A. malaccensis 
A. sinensis A. banaensis  A. crassna 
  









  


“Sử dụng các kỹ thuật sinh học phân tử trong phân tích đa dạng và định
danh loài ở tập đoàn cây dó bầu (Aquilaria sp.) tại Hà Tĩnh.”

Luận văn thạc sĩ Sinh học Hoàng Đăng Hiếu
2

Chƣơng 1. TỔNG QUAN TÀI LIỆU
1.1. Tổng quan về cây dó bầu
1.1.1. Đặc điểm phân loại và vị trí phân bố của cây dó bầu
d(Aquilaria sp.) 

         



- 

- 
 
- 
-
- 10 [3], [43].

- 




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4

A. crassna

- 6).
A. malaccensis
 
- 
                -
- 28
o

    

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Wild Fauna and Flora - 
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Luận văn thạc sĩ Sinh học Hoàng Đăng Hiếu
6

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Luận văn thạc sĩ Sinh học Hoàng Đăng Hiếu
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1.1.5. Các nhân tố ảnh hưởng tới khả năng tạo trầm nhân tạo
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Luận văn thạc sĩ Sinh học Hoàng Đăng Hiếu
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
Luận văn thạc sĩ Sinh học Hoàng Đăng Hiếu
12

1.3. DNA barcode - quan điểm mới trong phân loại
1.3.1. Giới thiệu DNA barcode


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
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1.3.2. Các đặc điểm cơ bản của trình tự barcode
   
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[45].

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Luận văn thạc sĩ Sinh học Hoàng Đăng Hiếu

Luận văn thạc sĩ Sinh học Hoàng Đăng Hiếu
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[36], [39].
1.4.2. Vùng gen mã hóa ribosome
        
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
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
[36], [39] [40].
1.4.3. Trình tự gen luc lạp

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Luận văn thạc sĩ Sinh học Hoàng Đăng Hiếu
17

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1.4.7. Trình tự gen ycf5
ycf5 hc bo tn
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nhia mt DNA barcode [36], [35].
1.4.8. Trình tự hai gen trnH-psbA
Gen trnH-psbA i t
n 1120 bp, trnH-psbA c ch 
Locus trnH-psbA c khu  nhiu thc vt ht
trn. Tuu thc vt htrnH-psbA lc rt ngn (~
c ci ln do s t ca gen rpS19 ho
gen gi nm gia hai gen trnH psbA. Trong nhiu gn
 xut vic s dng trnH-psbA  th c lp cho thc vt hay
kt hp vi matK. CBOL thy rng kh a trnH-psbA 
nht (69%) trong s c th nghi ngh  th
barode b sung. trnH-psbA  s dng trong h thng barcode ba locus khi h
th kh 

Trích đoạn Kết quả chuyển gen vào vector tách dòng Kết quả chọn lọc dòng tế bào mang gen tái tổ hợp Kết quả xác định và phân tích trình tự gen ITS

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