B GIÁO DC ÀO TO
TRNG I HC M TP HCM


Tên đ tài:
KHO SÁT TÍNH  KHÁNG KHÁNG SINH CA
ESCHERICHIA COLI C PHÂN LP T CÁC
MU BNH PHM MÁU VÀ NC TIU TI BNH
VIN NHI NG II T THÁNG 11/2013 N THÁNG
4/2014

KHOA: CÔNG NGH SINH HC
CHUYÊN NGÀNH: VI SINH-SHPT
GVHD: ThS.BS Trn Th Ngc Anh

SVTH: Lê Nguyn Cm Xuân

MSSV: 1053010979

KHÓA: 2010_2014 Tp H Chí Minh, ngày tháng05nm2014
BÁO CÁO KHÓA LUN TT NGHIP


III.1. Trên th gii 19
III.2. Ti Vit Nam 20
IV. KHÁNG SINH 20
KHÓA LUN TT NGHIP GVHD:ThS.BS TRN TH NGC ANH

Trang 2

SVTT: LÊ NGUYN CM XUÂN
IV.1.ănhăngha 21
IV.2. Phân loi kháng sinh 21
IV.3.ăCăch tácăđng 23
IV.3.1. c ch quá trình tng hp vách 23
IV.3.2. c ch chcănngăt bào 23
IV.3.3.c ch quá trình sinh tng hp protein 24
IV.3.4.c ch sinh tng hp acid nucleic 24
IV.4. S đ kháng sinh 24
IV.4.1. Hinătngăđ kháng kháng sinh 24
IV.4.2. Ngun gc 25
IV.4.3.ăCăch đ kháng kháng sinh 26
V. TỊNHăHỊNHă KHÁNG KHÁNG SINH CA E.COLI 28
V.1. Trên th gii 28
V.2. Ti Vit Nam 29
VI. ESBLs 31
VI.1. Vài nét v lch s phát hin ESBLs 31
VI.2. Men ESBLs 32
VI.3.ăCăch tácăđng ca ESBLs 32
CHNGăII 33
IăTNG, VT LIUăVẨăPHNGăPHỄPăNGHIểNăCU 33
A.IăTNG VÀ VT LIU NGHIÊN CU 33
I. IăTNG NGHIÊN CU 33

I. K THUT LY MU
[24,25]
47
I.1. Thiăđim ly mu 47
I.2.ăPhngăphápăly mu 47
I.2.1. Mu máu 47
I.2.2. Muănc tiu 47
I.3.ăLng bnh phm 48
I.4. Vt liu ly mu và chuyên ch 48
I.4.1. Vt liu ly mu 48
I.4.2. Vt liu chuyên ch 49
II. K THUT NHNăVẨăNGăKệăMU
[9,24,25]
49
II.1. Mu máu 49
II.2 Muănc tiu 49
III. K THUT KHOăSỄTăCăIM MU
[9,24,25]
49
KHÓA LUN TT NGHIP GVHD:ThS.BS TRN TH NGC ANH

Trang 4

SVTT: LÊ NGUYN CM XUÂN
III.1. Mu máu 50
III.1.1. Soi trc tip 50
III.1.2. Kho sát vi th 50
III.2. Muănc tiu 50
IV. K THUT NHUM GRAM
18,8]


Trang 5

SVTT: LÊ NGUYN CM XUÂN
VII. K THUTăXỄCăNHă NHY CM KHÁNG SINH CA
E.COLI
[16,17,24,25]
59
VII.1. Nguyên tc 59
VII.2. Cách tin hành 59
VII.2.1. Chun b vt liu 59
VII.2.2. Chun b huyn dch vi khun 59
VII.2.3.ăCácăbc tin hành 60
VIII. K THUT TH NGHIM ESBLs
[24,25]
61
VIII.1. Ngyên tc 61
VIII.2. Thc hin 62
IX. K THUT THU THP VÀ X LÝ S LIU 62
Thu thp s liu: ThuăthpăvƠănhpădăliuăvƠoăsăvƠăExcel. 62
CHNGă3 63
KT QU, BÀN LUN, KT LUNăVẨă NGH 63
I. KT QU 63
I.1. Kt qu chung v t l nuôi cyădngătínhăca mu bnh phmămáuăvƠănc
tiu 63
I.2. T l các loài vi khunăđc phân lp t bnh phmămáuăvƠănc tiu 65
I.3. Kt qu phân lp Escherichia coli t mu bnh phmămáuăvƠănc tiu 67
I.4. S phân b NTT, NTH do nhim khun E.coli theo tui và gii tính 68
I.5. S phân b NTT, NTH do nhim khun E.coli theo khoa 71
I.6. Mcăđ nhy cm caăkhángăsinhăđi vi E.coli 73

S.aureus: Staphylococcus aureus
E.faecium: Enterrococcus faecium

KHÓA LUN TT NGHIP GVHD:ThS.BS TRN TH NGC ANH

Trang 7

SVTT: LÊ NGUYN CM XUÂN

DANH MC HÌNH NH

Hình 1.1: Kt qu nhum gram E.coli.
Hình 1.2: S phân b vi khun theo mu bnh phm.
Hình 1.3: C ch tác đng ca kháng sinh.
Hình 1.4:C ch đ kháng kháng sinh.
Hình1. 5: C ch bm đy kháng sinh.

Hình1. 6: T l kháng ca 4 loi vi khun Gram âm đi vi vài loi kháng sinh th h
mi.
Hình 2.1: Môi trng nuôi cy phân lp: BCP, BA, CA.

Hình 2.2: chai cy máu Bactec.
Hình 2.3: L vô trùng.
Hình 2.4: Kt qu nuôi cy phân lp E.coli trên các môi trng.
Hình 2.5: Kt qu nuôi cy phân lp E.coli trên các môi trng.
Hình 2.6: Phn ng KIA.
Hình 2.7: Phn ng Manitol. KHÓA LUN TT NGHIP GVHD:ThS.BS TRN TH NGC ANH

Trang 9

SVTT: LÊ NGUYN CM XUÂN

DANH MC CÁC BIUă

Biuăđ 3.1: Kt qu nuôi cy dng tính ca mu bnh phm máu.
Biuăđ 3.2: Kt qu nuôi cy dng tính ca mu bnh phm nc tiu.
Biuăđ 3.3: T l các loi vi khun đc phân lp t mu bnh phm máu.
Biuăđ 3.4: T l các loi vi khun đc phân lp t mu bnh phm nc tiu.
Biuăđ 3.5: T l Escherichia coli phân lp t mu máu và nc tiu.
Biuăđ 3.6: T l phân lp E.coli trong mu máu và nc tiu theo đ tui.
Biuăđ 3.7: T l phân lp E.coli trong mu máu và nc tiu theo gii tính.
Biuăđ 3.8: T l phân lp E.coli trong mu máu theo khoa.
Biuăđ 3.9: T l phân lp E.coli trong mu nc tiu theo khoa.
Biuăđ 3.10: Mc đ nhy kháng sinh ca E.coli phân lp trên bnh phm máu.
Biuăđ 3.11 :Mc đ nhy kháng sinh ca E.coli phân lp trên bnh phm nc tiu.
Biuăđ 3.12: T l sinh ESBL ca E.coli trong mu máu.
Biuăđ 3.13: T l sinh ESBL ca E.coli trong mu nc tiu.
Biuăđ 3.14: T l đ kháng kháng sinh ca E.coli so vi s liu 2012 và 2013.


cefuroxime là thuc ch đo  các bnh vin tuyn tnh.ôi khi cng có trng hp
kháng c nhóm kháng sinh carbapenem – loi kháng sinh mnh nht hin nay.
Theo Tin s Phm Vn Ca, Phó trng Khoa Xét nghim, theo s liu giám sát trong
nm 2012 ca Bnh vin Nhit đi Trung ng, t l kháng ampicilline ca E.coli lên ti
KHÓA LUN TT NGHIP GVHD:ThS.BS TRN TH NGC ANH

Trang 11

SVTT: LÊ NGUYN CM XUÂN
81.4%; kháng amoxicillin/clavulanic và ampicillin/sulbactam khong 40%. Các kháng
sinh nhóm cephalosporin th h th 3 cng b kháng đn gn mt na, và nhóm fluoro-
quinolon cng b kháng khong 45%.
Xut phát t tình hình trên cùng vi vic gp phn phc v cho nghiên cu lâm sàng tôi
xin đ xut đ tài “Khoăsátătínhăđ kháng kháng sinh ca Escherichia coli đc
phân lp t các mu bnh phmămáuăvƠănc tiu ti Bnh vinăNhiăng II t
tháng 11/2013ăđn tháng 04/2014”
KHÓA LUN TT NGHIP GVHD:ThS.BS TRN TH NGC ANH

Trang 13

SVTT: LÊ NGUYN CM XUÂN
CHNGăI
TNG QUAN TÀI LIU
I. CăIM CA E.COLI
I.1. Ngun gc E.coli

- E. coli - vit tt ca Escherichia coli, là mt tp hp ca mt nhóm vi khun (ch
không phi mt vi khun duy nht). Vi khun E. coli rt ph bin và có mt trong
môi trng hu c. Các chng vi khun ca E.Coli có sn trong rut ca nhng
loài máu nóng nh con ngi, gia súc, đng vt hoang dưầthc hin mt quá
trình sinh hóa giúp tiêu hóa thc n. H vi khun này gm có hai nhóm chính:
nhóm chim phn ln là các vi khun ym khí (sng trong môi trng ít dng
khí); nhóm kia là các vi khun ái khí (phát trin trong môi trng có đ dng
khí). E. coli là vi khun chim đn 80% trong nhóm vi khun ái khí này. E. coli
cùng các vi khun khác trong h vi khun chí đng rut góp phn vào nhiu chc
nng quan trng trong s sng ca con ngi. Nhng chc nng đó bao gm:
 Ngn chn s tn công ca các vi khun xâm nhp vào h tiêu hóa
 Kích thích h min dch ca c th
 Sn xut các cht có li cho c th, ví d vitamin K, biotin, folate
 Giúp chuyn hóa các cht đng .
- Nh vy, nói chung E. coli là loi vi khun không có hi, chúng sng thng trú
trong h tiêu hóa con ngi, góp phn giúp ích cho con ngi. Tuy vy, mt khi vì
lỦ do gì đó chúng b lc vào ch khác ngoài h tiêu hóa thì chúng có th gây bnh.
Ví d E. coli gây bnh nhim trùng tiu, bnh viêm màng nưoầ Ngoài ra, có mt
Hình 1.1: Kt qu nhum gram
E.coli.

0
C.
- Mt s hóa cht c ch s phát trin ca E.coli nh chlorine và dn xut, mui
mt, xanh briliant, sodium deoxycholate
- Trong môi trng lng: sau 4 – 5 gi E.coli làm đc nh môi trng, càng đ lâu
càng đc nhiu.
- Trên môi trng MC, Uri Select 4: to khóm hng đ.
I.4. Tính cht sinh vt hóa hc
- To màu vàng/vàng (lên men đng glucose và lactose) trên môi trng KIA, có
sinh hi, không sinh H
2
S.
- ôi khi lên men đng saccharose, không lên men dextrin, glycerin.
- Trong môi trng có tryptophane, E.coli có tryptophanase s ly gii tryptophane
thành indol.  nhn din indol, nh vài git thuc th Kovacs, hp cht indol và
thuc th to ra màu đ (indol dng).
KHÓA LUN TT NGHIP GVHD:ThS.BS TRN TH NGC ANH

Trang 15

SVTT: LÊ NGUYN CM XUÂN
- Kh nitrat thành nitrite.
- Phn ng VP (Vosges Proskauer), citrate: âm tính.
I.5.ăKhángănguyênăvƠăđc t
 các vi khun đng rut ngi ta có th phân bit:
- Các kháng nguyên thân hoc kháng nguyên O.
- Các kháng nguyên lông hoc kháng nguyên H.
- Các kháng nguyên b mt (v hoc màng bc) đc gi là kháng nguyên K.
Vic nghiên cu các kháng nguyên khác nhau này cho phép phân chia các vi khun thuc
cùng mt loài hoc mt ging ra các type huyt thanh.

Salmonella typhi).
I.6. Chnăđoánăviăsinhăvt
Ch yu là chn đoán trc tip phân lp vi khun t bnh phm.
Trong nhim khun đng tit niu thì ly nc tiu gia dòng ca bnh nhân đ nuôi
cy. Ch nuôi cy khi nhum soi kính hin vi cn nc tiu thy nhiu bch cu đa nhân
cùng vi vi khun.
I.7. Phòng bnh và cha bnh
Hin nay cha có vaccine đc hiu. Ch yu là phòng bnh chung mà ch yu là tôn
trng các ni quy v v sinh.
Qua nhiu công trình nghiên cu cho thy mt s ln các chng E.Coli gây bnh đ
kháng các kháng sinh và hin tng mt chng vi khun E.Coli đ kháng vi nhiu loi
kháng sinh cng khá ph bin. Do vy nên da vào kt qu ca kháng sinh đ đ la
chn kháng sinh thích hp trong cha bnh.
II. MT S BNH DO NHIM E.COLI
II.1. Nhim trùng tiu do E.coli gây ra
II.1.1.ănh ngha
- Nhim trùng tiu là bnh lý gây ra do s hin din ca vi trùng trong nc tiu,
thng gp là vi trùng E coli. E coli là vi trùng ca đng tiêu hoá, đi t đng
rut là hu môn sang l tiu ngoài, đi ngc dòng vào đng niu.
II.1.2. Các triu chng
- Nhim trùng tiu là mt bnh rt thng gp  tr em, đc bit là tr gái nhng li
d b b sót vì du hiu rt m h.ây cng là mt trong nhng nguyên nhân quan
trng gây st kéo dài.Nu không đc điu tr thích hp, bnh có th gây ra nhng
bin chng nguy him nh nhim trùng huyt, suy thn, cao huyt áp. Ngoài ra
bnh nhi có sc đ kháng kém hoc có d dng đng niu thì d mc nhim trùng
tiu hn.
II.1.3. Nguyên nhân
- Bnh hay gp  bé gái hn bé trai vì đng tiu n ngn, vi khun d dàng t
ngoài đi ngc vào niu đo lên bàng quang gây viêm bàng quang, ri t bàng
quang theo niu qun lên thn gây viêm đài b thn. Nhim trùng vùng âm h  n

- Vic chn đoán nhim trùng tiu thì chc chn khi xét nghim cy nc tiu thy
có vi khun gây bnh. Bch cu cng có th hin din trong nc tiu.
II.2. Nhim trùng huytăsăsinhădoăE.coli gây ra
II.2.1.ănhăngha
- Nhim trùng huyt s sinh là bnh gây tn thng nhiu c quan kèm theo khun
huyt, xy ra trong tháng đu sau sinh. Tác nhân gây nhim trùng huyt nguyên
phát thng là: Streptococcus nhóm B, E. coli, Listeria. Vi khun gây nhim trùng
bnh vin thay đi theo tng đn v chm sóc tr, thng là: Staphylococcus
epidermidis, Staphylococcus aureus, Klebsiella, E. coli.
II.2.2. Yu t nguyăc
- Hi – Khai thác tin s sn khoa
KHÓA LUN TT NGHIP GVHD:ThS.BS TRN TH NGC ANH

Trang 18

SVTT: LÊ NGUYN CM XUÂN
 Sinh non, sinh nh cân.
V i sm ≥ 24 gi, nc i đc, hôi.
Sinh khó, sinh ngt
M có st hay nhim trùng trc, trong và sau sinh.
Có hi sc lúc sinh hoc dùng các th thut xâm ln.
- Khám: tìm các du hiu ca nhim trùng
 b.1. Tng quát: bú kém, st ≥ 38
O
C hoc h thân nhit < 36,5
O
C.
b.2. Các c quan
• Thn kinh: L đ, hôn mê hay tng kích thích, co git, gim phn x nguyên
phát, gim hay tng trng lc c, thóp phng, du thn kinh

Trang 19

SVTT: LÊ NGUYN CM XUÂN
III.1. Trên th gii
- Ti châu Âu chng vi khun E.coli mi xut hin gây  dch nghiêm trng  nhiu
nc. c đư ghi nhân có 470 ca bin chng nghiêm trng, trong đó có 16 ca t
vong. Thy in cng báo cáo có 15 ca và mt ngi t vong.Mt s nc khác
nh an Mch, Hà Lan, Anh, Tay Ban Nha cng ghi nhn có nhng trng hp
nhim E.coli
- Ti Nht Bn ngày 19 tháng 8 nm 2012 có ít nht 7 ngi t vong và hn 100
ngi phi nhp vin do nhim E.coli, đây là trng hp nhim khun E.coli gây
t vong cao nht  Nht Bn trong vòng 1 thp k qua. Nm 2012 cng  Nht
Bn có 9 ca t vong cng do nhim E.coli.
- Theo c quan kim soát và phòng chng dch quc gia Robert Koch ca c, đư
báo cáo rng trong nm 2011  c có 3.235 ca nhim E.coli, trong đó có 782 ca
mc hi chng tán huyn uraemic(HUS) triu chng đe da đn mng sng, phát
sinh t vi khun E.coli.
- Nhim trùng huyt hay nhim trùng máu hoc sc nhim trùng huyt và hi chng
ri lon chc nng đa c quan là nhng tp hp bnh lý rt thng gp trong lâm
sàng và đc bit nht là trong các đn v hi sc. Ch riêng  Hoa k thì mi nm
có khong 750.000 mc bnh và 215.000 trng hp t vong chim 9,3% tng s
t vong ti đt nc này. Nh vy đng v s lng thì t vong do nhim trùng
huyt tng đng vi t vong do nhi máu c tim cp và cao hn nhiu so
vi AIDS và ung th vú. Mà nguyên nhân thng gây nhim khun huyt xut
phát t các nhóm vi khun gram âm trong đó có E.coli
- Xp x 8 đn 10 triu ngi M mc NTT mi nm . Ph n thng d mc
NTT hn nam gii vì nhng nguyên nhân không rõ mc dù đng niu đo ngn
ca gii này có th là mt yu t nguy c. NTT xy ra  khong 5% tr em gái
và 1-2%  tr em trai. T l mc NTT  tr s sinh vào khong 0,1-1% và tng
cao đn 10%  tr s sinh nh cân. Trc 1 tui, tr trai thng b cao hn tr gái.

IV. KHÁNG SINH
Kháng sinh là nhng hp cht có ngun gc t nhiên t vi sinh vt hoc tng hp
bng phng pháp nhân to có tác dng chng vi khun, hoc dit khun, hoc ngn
cn s tng hp ca chúng (kìm khun) vi liu lng nh. Trong trng hp kìm
khun, nhng phn ng bo v c th, nh hin tng thc bào hoc s sn xut
kháng th s tiêu dit vi khun.
[3]
Hình 1.2: S phân b vi khun theo mu bnh phm

KHÓA LUN TT NGHIP GVHD:ThS.BS TRN TH NGC ANH

Trang 21

SVTT: LÊ NGUYN CM XUÂN
Kháng sinh (antibiotic) có ngun gc t thut ng antibiosis đc s dng đu tiên
bi Vuillemin (1889) dùng đ ch s tiêu dit mt vt th sng bi mt vt th sng
khác.
Tuy nhiên cho đn nm 1928, Alexander Fleming đư tìm thy Penicillin bt đu k
nguyên kháng sinh ngun gc vi sinh th. Nm 1935, Domagk khám phá đc
Sulfonamides và mưi đn nm 1940 H.W.Florey và E.Chain chng minh kh nng
chng nhim trùng ca Penicillin. T đó m ra mt thi đi huy hoàng v kháng sinh

  – lactam
 Aminoglycosides
 Macrolides
 Lincosanides
 Glycopeptides
 Chloramphenicols
 Rifamicins
 Antibiomimetic
 Tetracycline
 Quinolones
 Mt s nhóm khác: sulfonamides, fusidic acid và mt s thuc chng lao, chng
nm, chng virus Hình 1.3:ăCăch tácăđng ca kháng sinh
KHÓA LUN TT NGHIP GVHD:ThS.BS TRN TH NGC ANH

Trang 23

SVTT: LÊ NGUYN CM XUÂN
IV.3.ăCăch tácăđng
IV.3.1. c ch quá trình tng hp vách
- Kháng sinh thuc nhóm này: Penicilline, bacitracine, vancomycine, cephalosporin,
rostocetin, cycloserine.

- Kháng sinh thuc nhóm này: Chloramphenicol, macrolides (Erythromycine,
oleandomycine), lincomycins (Lincomycine, clindamycine), tetracycines,
aminoglycosides
IV.3.4.c ch sinh tng hp acid nucleic
- Nhóm refampingn vi enzyme RNA polymerase ngn cn quá trình sao mã to
thành mRNA.
- Nhóm quinolone c ch tác dng ca enzyme DNA gyraselàm cho hai mch đn
ca DNA không th dui xon làm ngn cn quá trình nhân đôi ca DNA.
- Nhóm sulfamide có cu trúc ging PABA (p-aminobenzonic acid) có tác dng
cnh tranh PABA và ngn cn quá trình tng hp acid nucleotide.
- NhómTrimethoprime tác đng vào enzyme xúc tác cho quá trình to nhân purin
làm c ch quá trình to acid nucleic.
Mi ngày li có rt nhiu loi kháng sinh đc các dc s bào ch ra bi vì quá trình
kháng kháng sinhca vi khun ngày càng tng
IV.4. S đ kháng sinh
IV.4.1. Hinătngăđ kháng kháng sinh
-  kháng kháng sinh là tình trng kháng sinh không tiêu dit đc hoàn toàn vi
khun, mt s vi khun còn sng sót s có kh nng đ kháng li kháng sinh đư s
dng, do đó kháng sinh s không còn tác dng vi nhng ln điu tr sau.
- Vi khun đ kháng kháng sinh luôn là vn đ cn phi quan tâm ca các nc trên
th gii, đc bit là các nc đang phát trin. Kháng kháng sinh đư tr thành nguy
c đi vi sc khe mi ngi. Vi khun và gen kháng thuc ca vi khun nhanh
chóng lan truyn khp mi ni, k c bnh vin, cng đng và trong chn nuôi.

Trích đoạn TỊNHăHỊNHă KHÁNG KHÁNG SINH CA E.COLI SINH PH M TRANG THI TB KHÁC

---