ĐẠI HỌC HUẾ
TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM HUẾ


TIỂU LUẬN CAO HỌC
HỌC PHẦN: SINH THÁI RỪNG
Chuyên đề: “Trình bày và phân tích một số phương pháp nghiên cứu hệ sinh thái”

GVGD:

TS. Ngô Tùng Đức

Học viên thực hiện:

Nguyễn Quốc Cường

Lớp:

Cao học lâm học 22C

Huế, 1/2018.


1. Phương pháp đánh giá đa dạng di truyền bằng chỉ thị phân tử làm cơ sở tuyển
chọn và phát triển nguồn gen Bời lời đỏ của cây trội đã lựa chọn ở miền Trung và Tây
Nguyên.
1) Tách chiết ADN tổng số:
- Lá Bời lời đỏ được lau sạch bằng cồn 70%;
- Nghiền 1 - 2 g lá tươi trong nitơ lỏng thành dạng bột mịn bằng cối chày sứ;
- Chuyển bột này sang ống eppendoft 2ml, sau đó bổ sung 800µl đệm chiết CTAB (đã
được làm nóng đến 650C);

phổ NanoDrop cho phép phân tích với độ chính xác cao với một lượng mẫu cực nhỏ, không
cần sử dụng cuvet, không cần pha loãng mẫu.
Nguyên lý cơ bản và cách tiến hành: Dùng pippet nhỏ trực tiếp một lượng nhỏ 1µl mẫu
vào vị trí đo, có một tay cầm nơi có sợi quang học ấn xuống vị trí đặt mẫu sau đó thả nhẹ để
tạo một khoảng cách nhỏ, duới tác dụng của sức căng bề măt, cột chất lỏng của mẫu được
kéo lên, lúc mày có thể thực hiện phép đo với thời gian nhỏ hơn 10 giây. Phổ đồ và các phân
tích có thể hiện trên màn hình máy tính đi kèm. Ngay khi phép đo được hoàn thành, mẫu
được lau sạch. Phần mềm cùng có thể thiết lập account cho tổng người sử dụng. Dữ liệu cũng
có thể được xử lý trên các phần mềm khác.
3) Phương pháp PCR: Tổng thể tích của hỗn hợp phản ứng là 10µl bao gồm:5,7µl
nước cất khử trùng; 1,0µl đệm 10xPCR có 25mM MgCl2; 0,2µl dNTPs (10mM); 1µl hỗn
hợp mồi xuôi và ngược (10µM/ µl); 0,1µl Taq polymerase (5 U/µl); 2,0µl ADN khuôn
(10ng/µl).
Điều kiện phản ứng PCR
Các
bước

Nhiệt độ
(oC)

Thời
gian

Số chu kỳ

I

95

5 phút


1

35

Giữ mẫu ở 40C
4) Phân tích và xử lí số liệu
Để xác định quan hệ di truyền giữa các dòng Bời lời đỏ, các kết quả thu được từ quá trình
điện di sản phẩm PCR với các cặp mồi SSR được thành lập dựa vào sự xuất hiện hay không xuất
hiện của các băng ADN nhờ khuếch đại bằng PCR.
Số 1: các alen có xuất hiện băng ADN
Số 0: các alen không xuất hiện băng ADN
Số 9: các dòng không xuất hiện băng ADN ở tất cả các alen (mất số liệu)
Các số liệu trên được nhập vào phần mềm Exel lần lượt theo từng mồi.
- Hệ số PIC (Polymorphic Information Content) được tính theo công thức sau:


PIC = 1- Pi2
Trong đó: Pi là tần số xuất hiện của alen thứ i
Sau đó, số liệu được chuyển sang chương trình NTSYSpc 2.1 để phân tích, tìm ra hệ số
tương đồng di truyền (Jaccard) và thành lập cây quan hệ phát sinh.
- Tỷ lệ alen dị hợp (H%) của mỗi giống Bời lời đỏ được tính theo công thức:

X
H% = P  Y
Trong đó: X là tổng số mồi có xuất hiện nhiều hơn 1 băng ADN/1 locus SSR
Y là tổng số mồi SSR không xuất hiện băng ADN
P là tổng số mồi được sử dụng trong nghiên cứu
- Tỷ lệ số mồi không xuất hiện băng ADN (M%) được tính bằng công thức:


tích.
+ Trong trường hợp số ô tính toán lẻ, thì phải làm tròn theo nguyên tắc toán học. Nếu
diện tích lô rừng bé, số lượng ô xác định theo tỷ lệ phần trăm diện tích tính toán nhỏ hơn 0,5
thì vẫn phải bố trí 1 ô mẫu trên lô rừng đó.
- Phương pháp rút mẫu: ô mẫu được rút theo phương pháp chọn mẫu điển hình.
2.1.2. Ô mẫu dùng để điều tra đất không có rừng; cây bụi, thảm tươi và vật rơi rụng
dưới tán tầng cây gỗ
- Đất trảng cỏ, trảng cây bụi, đất canh tác cây nông nghiệp, nương rẫy: diện tích tối thiểu
100 m2/ô.
- Ô mẫu điều tra độ che phủ của cây bụi, thảm tươi dưới tán cây gỗ: dựa vào ô mẫu sơ
cấp dùng để điều tra tầng cây gỗ đã được thiết lập (tiểu mục 1.1), tiến hành chia ô mẫu sơ cấp
thành hai phần bằng nhau nhờ việc thiết lập một đường vuông góc với cạnh chiều dài của ô
mẫu. Thiết lập 2 đường chéo trên mỗi ô mẫu thứ cấp này (tổng số có 4 đường chéo).
- Ô mẫu điều tra độ che phủ của vật rơi rụng: sử dụng ô dạng bản có diện tích 1 m 2/ô.
Bố trí 4 ô ở bốn góc của ô mẫu sơ cấp và 2 ô ở giao điểm hai đường chéo của hai ô thứ cấp.
Tổng số ô dạng bản cần điều tra là 6 ô.
2.2. Điều tra xác định các chỉ tiêu của thảm thực vật
2.2.1. Chỉ số diện tích tán (Cai, %)
Chỉ số diện tích tán được xác định cho tầng cây cao, đo đường kính tán lá (D T) của từng
cây trên ô tiêu chuẩn (điều tra toàn diện), sau đó lấy tổng diện tích tán của tất cả các cây trên
ô chia cho diện tích của ô tiêu chuẩn và quy đổi ra tỷ lệ phần trăm sẽ thu được chỉ số diện tích
tán.
Cai (%) = Σ(DTtán)/DTđất rừng

(1)

Diện tích tán cây được tính theo công thức tính diện tích hình tròn.
2.2.2. Độ che phủ của cây bụi, thảm tươi (CP, %)
Độ che phủ của cây bụi, thảm tươi được xác định thông qua điều tra 4 tuyến đã thiết lập


cũng được bố trí tại giao điểm của các tuyến song song với các cạnh ÔTC.
+ Phương pháp V (PP V): Bố trí 5 ÔDB, mỗi ô có diện tích 25m 2 (5x5m), các ÔDB
được bố trí 4 ô ở 4 góc và 1 ô ở tâm ÔTC.
+ Phương pháp VI (PP VI): Bố trí 2 dải song song dọc theo chiều dài ÔTC, mỗi dải có
bề rộng là 1,2m (diện tích mỗi dải là 40x1,2 = 48m2), dải được bố trí cách cạnh dài ÔTC 5m.
Số ÔDB, diện tích và tỷ lệ diện tích điều tra tương ứng với các phương pháp được thống
kê ở bảng 1
Bảng 1. Thông tin về các phương pháp điều tra tái sinh

T
T

Phương
pháp

Số
ÔDB

Diện
tích ÔDB
(m2)

Tổng diện
Tỷ lệ
tích điều tra
% điều
2
(m )
tra



9

108

10,8

4

IV

6

16

96

9,6

5

V

5

25

125

12,5

tính theo công thức:

Trong đó:

Ki là hệ số tổ thành của loài i

Xi là số lượng cá thể của loài i N là tổng số lượng của các loài.
+ Phân bố số cây tái sinh theo cấp chiều cao: Chiều cao cây tái sinh được phân thành 6
cấp như sau: dưới 0,5m; 0,5-0,99m; 1-1,49m; 1,5-1,99m; 2-2,99m; ≥3m. Cây tái sinh triển
vọng là những cây có H 1,5m.
+ Phân bố số cây tái sinh trên mặt đất: Nghiên cứu hình thái phân bố của cây tái sinh
trên bề mặt đất rừng dựa vào phân bố số ô theo số cây trên ô. Dựa vào tỷ số giữa phương sai
và trung bình số cây quan sát trên các ô được chọn hệ thống trên bề mặt diện tích rừng (gọi tắt


là phương pháp tỷ số).
Nếu phân bố cây trên các ô tuân theo luật Poisson thì tỷ số trên bằng 1 (vì theo lý thuyết
phânbố Poisson có kỳ vọng bằng phương sai) và người ta cũng chứng minh được rằng:
T = (W-1)/Sw
hoặc
Nếu giá trị tuyệt đối của t < tn / 2 , cây phân bố ngẫu nhiên. Nếu trị số dương của t > tn /
2 , cây phân bố cụm.
Nếu trị số âm của t < tn / 2 , cây phân bố cách đều.
+ Lựa chọn phương pháp điều tra tái sinh phù hợp: Phương pháp điều tra tái sinh phù
hợp được lựa chọn trên cơ sở so sánh sai số giữa các chỉ tiêu biểu thị tái sinh của từng phương
pháp với phương pháp điều tra toàn diện. Phương pháp được chọn là phương pháp có sai số
nhỏ, đồng thời đáp ứng được mục tiêu đề ra và dễ thao tác đo đếm ngoài thực địa.