BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO
TRƢỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP.HCM
BỘ MÔN CÔNG NGHỆ SINH HỌC
***00*** KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP

ỨNG DỤNG KỸ THUẬT RT - PCR ĐỂ PHÁT HIỆN VIRUS
GÂY HỘI CHỨNG RỐI LOẠN SINH SẢN
VÀ HÔ HẤP Ở LỢN Ngành học: CÔNG NGHỆ SINH HỌC
Niên khóa: 2001 – 2005


Giáo viên hƣớng dẫn:
TS. NGUYỄN NGỌC HẢI
PGS.TS TRẦN THỊ DÂN
Thành phố Hồ Chí Minh
Tháng 9 - 2005
Sinh viên thực hiện:
NGUYỄN NHẤT BẢO QUỐC

LỜI CẢM TẠ Chân thành cảm ơn:
Ban giám hiệu Trường Đại Học Nông Lâm Thành Phố Hồ Chí Minh, Ban chủ
nhiệm Bộ Môn Công Nghệ Sinh Học cùng tất cả quý Thầy Cô đã truyền đạt kiến thức
cho tôi trong suốt quá trình học tập tại trường.
Các Thầy Cô và anh chị tại Trung Tâm Phân Tích Thí Nghiệm Trường Đại Học
Nông Lâm TP.Hồ Chí Minh đã tận tình chỉ bảo và tạo mọi điều kiện tốt nhất cho tôi

10/03/2005 đến ngày 15/08/2005 tại Trung Tâm Phân Tích Thí Nghiệm Hóa Sinh
Trường Đại Học Nông Lâm Tp.Hồ Chí Minh.
Hội đồng hướng dẫn:
TS. Nguyễn Ngọc Hải
PGS.TS. Trần Thị Dân
Mục tiêu của đề tài là thăm dò khả năng sử dụng quy trình RT-PCR để phát
hiện virus gây bệnh PRRS trên lợn. Nội dung nghiên cứu bao gồm:
- Xây dựng quy trình RT-PCR trên mẫu RNA chuẩn của virus gây bệnh PRRS
đồng thời kiểm tra khả năng của ba loại Taq dự kiến sử dụng (Taq Beat Hot Start của
công ty Promega, Taq polymerase của công ty Biorad, Taq polymersa của công ty
ABgene).
- Ly trích RNA trên các mẫu phổi bằng quy trình dùng TRIzol và điện di RNA
tổng số nhằm kiểm tra khả năng sử dụng quy trình này trong việc ly trích RNA của
virus.
- Ly trích RNA từ các mẫu huyết thanh và dịch nuôi cấy tế bào từ những lợn
nghi ngờ bị nhiễm bệnh PRRS dựa vào kết quả ELISA. Sau đó thực hiện phản ứng
RT-PCR để kiểm tra sự hiện diện RNA của virus gây bệnh PRRS trong các mẫu này.
Kết quả, đã thành công trong việc xây dựng quy trình phát hiện RNA chuẩn của
virus gây bệnh PRRS và đã áp dụng thành công trong việc sử dụng TRIzol để ly trích
RNA. Tiến hành RT-PCR với sản phẩm ly trích RNA từ các mẫu thu nhận bằng cả hai
quy trình sử dụng bộ kit và sử dụng TRIzol, kết quả thu nhận là tất cả các mẫu xét
nghiệm đều không có sự hiện diện của virus tại thời điểm xét nghiệm.

ii

2.3.3. Các yếu tố ảnh hưởng đến PCR .............................................................. 14
2.3.4. Thiết bị và dụng cụ cho phản ứng PCR .................................................. 15
iii

2.4 Phương pháp RT-PCR ................................................................................... 16
2.4.1. Nguyên tắc của phản ứng RT-PCR ......................................................... 16
2.4.2. Các enzyme sử dụng cho phiên mã ngược .............................................. 16
2.4.3. Các primer trong phiên mã ngược .......................................................... 18
PHẦN III: NỘI DUNG VÀ PHƢƠNG PHÁP ..................................................... 20
3.1. Thời gian và địa điểm nghiên cứu .................................................................. 20
3.2. Nội dung nghiên cứu ...................................................................................... 20
3.3. Vật liệu và hóa chất ........................................................................................ 20
3.3.1. Mẫu xét nghiệm ...................................................................................... 20
3.3.2. Cặp primer trong phản ứng RT-PCR ...................................................... 20
3.3.3. Vật liệu và hóa chất cho chiết tách RNA ................................................ 21
3.3.4. Vật liệu và hóa chất cho điện di RNA .................................................... 21
3.3.5. Vật liệu và hóa chất cho RT-PCR ........................................................... 21
3.3.6. Vật liệu và hóa chất cho điện di sản phẩm RT-PCR............................... 22
3.4. Thiết bị và dụng cụ ......................................................................................... 22
3.5. Các phương pháp ........................................................................................... 22
3.5.1. Bảo quản dịch nuôi cấy tế bào ................................................................ 22
3.5.2. Chẩn bị và bảo quản mẫu huyết thanh .................................................... 23
3.5.3. Tách chiết RNA từ dịch nuôi cấy tế bào và huyết thanh theo quy trình
sử dụng TRIzol ................................................................................................... 23
3.5.4. Phương pháp điện di RNA trên gel biến tính .......................................... 24
3.5.5. Phương pháp RT-PCR trên RNA virus ................................................... 25
3.5.6. Điện di sản phẩm RT-PCR...................................................................... 27

v

DANH SÁCH CHỮ VIẾT TẮT
- AMV: Avian myeloblastosis virus
- DEPC: Diethyl pyrocarbonate
- dNTP: Deoxynucleotide triphosphate
- EAV: Equine arteritis virus
- EDTA: Ethylene diamine tetra acetid acide
- ELISA: Enzyme linked immunosorbent assay
- FAb: Fluorescent antibody
- FA: Formaldehyde agarose
- IHC: Immunohistochemistry staining
- IMPA: Immunoperoxidase monolayer assay
- LDV: Lactase dehydrogenase elevating virus
- MDS: Mystery swine disease
- MOPS: 3- morpholine propane sulphonate
- ORF: Open reading fraction
- PAMs: Pulmonary alveolar macrophage
- PRRSV: Porcine reproduction and respiratory syndrome virus
- RT-PCR: Reverse transcriptase polymerase chain reaction
- SHFV: Simian hemorrhagic fewer virus


vii

Phần I. MỞ ĐẦU

1.1 Đặt vấn đề
Porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) là tác nhân
chính gây hội chứng rối loạn sinh sản và hô hấp ở lợn – PRRS (porcine reproductive
and respiratory syndrome). Đây là một bệnh mới, phức tạp. Đặc trưng của bệnh là gây
sẩy thai ở giai đoạn cuối, chết thai và thai khô hoặc lợn con sinh ra yếu, bệnh biểu hiện
ở hệ hô hấp của lợn con theo mẹ và lợn cai sữa, bệnh còn làm trì hoãn sự động dục và
những khó khăn về hô hấp ở lợn.
Bệnh có thể xảy ra ở tất cả các kiểu chăn nuôi: nuôi nhốt hay thả rong; tập trung
hay phân tán, qui mô đàn lớn hay nhỏ và tình trạng sức khoẻ tốt hay xấu. Nguyên nhân
lây bệnh phổ biến là do thiếu cách ly hoặc kiểm dịch đối với lợn mua, ở gần đàn mắc
bệnh và qui mô đàn lớn.
Do tính chất nghiêm trọng và khả năng lây lan rộng của bệnh, việc chẩn đoán
và phát hiện bệnh sớm là rất quan trọng. Tuy nhiên việc phát hiện theo phương pháp
nuôi cấy truyền thống thì lại rất khó khăn và mất nhiều thời gian.
Cho đến những năm gần đây, kỹ thuật sinh học phân tử đã phát triển một cách
mạnh mẽ và chứng minh được vai trò ưu việt, trong đó kỹ thuật PCR ngày càng được
ứng dụng rộng rãi hơn. Đây là một kỹ thuật có độ chính xác cao, ít tiêu tốn thời gian
và về mặt chi phí thì có thể chấp nhận được.
Nhằm mục đích ứng dụng rộng rãi kỹ thuật sinh học phân tử vào công tác chẩn
đoán, được sự chấp nhận của bộ môn Công Nghệ Sinh Học trường Đại Học Nông Lâm
TP. Hồ Chí Minh, dưới sự hướng dẫn của TS. Nguyễn Ngọc Hải và PGS.TS Trần Thị
Dân, chúng tôi thực hiện đề tài: “Ứng dụng kỹ thuật RT - PCR để phát hiện virus

nền công nghiệp nuôi lợn trên thế giới
Bệnh được phát hiện lần đầu tiên vào năm 1987 ở Mỹ và được gọi với nhiều
tên gọi khác nhau như “bệnh thần bí ở lợn”, “bệnh tai xanh ở lợn”, “hội chứng rối
loạn sinh sản và hô hấp ở lợn”(2).
Đầu tiên, trên cơ sở về hình thái học, tổ chức gene, sự sao chép, dịch mã và vị
trí protein giống nhau, PRRSV đã được định danh cùng nhóm với virus gây viêm động
mạch ở ngựa (EAV: equine arteritis virus), virus LDV (lactate dehydrogenase
elevating virus) và virus gây sốt xuất huyết ở khỉ (SHFV: simian hemorrhagic fewer
virus). Những họ virus này có khả năng sao chép trong đại thực bào và nhiễm bệnh lâu
dài trên vật chủ tự nhiên của chúng (dẫn liệu từ tài liệu tham khảo 7).
Nhìn chung, PRRS có những biểu hiện lâm sàng giống nhau giữa dòng Châu
Mỹ và dòng Châu Âu. Tuy nhiên, những dòng này có những đặc tính gây bệnh, kiểu
kháng nguyên và những đặc tính di truyền khác nhau. Những đặc điểm khác nhau này
là cơ sở cho việc phân loại các dòng thành hai nhóm nhỏ: nhóm A gồm hầu hết các
dòng ở Nam Mỹ và nhóm B gồm hầu hết các dòng ở Châu Âu (19).

2.1.2. Lịch sử bệnh (11)
Vào cuối thập niên 80 đã xảy ra một trận đại dịch ở Mỹ. Người ta mô tả đầu
tiên về một hội chứng bệnh ở vùng phía nam Carolina, bao gồm việc suy giảm mạnh
khả năng sinh sản, viêm phổi sau cai sữa, gia tăng tỉ lệ tử vong ở heo. Nguyên nhân
lúc bấy giờ chưa được biết, do đó được gọi với tên gọi “bệnh thần bí ở lợn” (MSD:
mystery swine disease).
3

Đầu tiên có rất nhiều ý kiến về nguyên nhân gây ra trận đại dịch, bao gồm,
nguyên nhân do virus viêm não và cơ tim (Encephalomyocarditis), hog cholera virus,
porcine enterovirus, porcine parvovirus, pseudorabies virus,… và cả nguyên nhân do thấy rằng 75 % bệnh có phản ứng dương tính với virus Lelystad, gần 10 % có dương
tính với các virus khác như Encephalomyocarditis(2).
Ở Châu Âu, bệnh này được phát hiện lần đầu tiên ở Đức vào tháng 11/1991, ở Hà
Lan vào tháng 1/1991. Bệnh này nhanh chóng lây lan theo hướng tây nam và sau đó
chuyển sang hướng bắc theo hướng gió thổi. Việc lan truyền theo đường không khí cũng
được đề cập đến vì ngay cả những đàn được chăm sóc và cách ly tốt với đàn bị bệnh
cũng bị nhiễm bệnh.
Việc lây lan bệnh liên quan tới việc vận chuyển lợn cái hậu bị từ các đàn giống
riêng lẻ tới các trại giống khác. Mở rộng điều tra không phát hiện được bệnh lúc đầu
được đưa vào Anh như thế nào. Việc áp dụng luật hạn chế vận chuyển lợn từ đàn bị
bệnh đã làm chậm tốc độ lây lan bệnh nhưng việc lây lan bệnh vẫn xảy ra thường xuyên
ở khoảng cách vài km trong những vùng có mật độ gia súc lớn.
Ở Việt Nam, bệnh được phát hiện lần đầu tiên bằng các phản ứng huyết thanh
học vào năm 1997, trên đàn lợn nhập từ Mỹ phát hiện có 10 con bị bệnh trong tổng số
51 con. Trong báo cáo của Trung tâm thú y vùng TP.Hồ Chí Minh đã điều tra huyết
thanh học ở 17 trại chăn nuôi lợn thuộc các tỉnh Hồ Chí Minh, Đồng Nai, Tiền Giang và
Vĩnh Long kết quả cho thấy 6 trại giống có huyết thanh dương tính, 596 trong tổng số
3402 con xét nghiệm có phản ứng dương tính. Tỉ lệ dương tính ở mỗi trại là từ 1,3 %
đến 68,29 % (2).
Bệnh ảnh hưởng tới lợn nái, lợn chửa và lợn con theo mẹ, lợn mới cai sữa, lợn
đang lớn và lợn thịt ở giai đoạn cuối.

2.1.4. Các con đƣờng lây nhiễm
Sự lan truyền tác nhân gây bệnh xảy ra khi tác nhân gây bệnh được thoát ra khỏi
vật chủ, giải phóng ra môi trường bên ngoài, vượt qua được hàng rào phòng thủ của vật
chủ và tiếp cận đến vị trí sao chép trong một vật chủ mới và nhạy cảm. Sự lan truyền

ấm và khô virus PRRS sẽ bị bất hoạt rất nhanh. Otake và cộng sự trong một nghiên
cứu năm 2002 cho rằng virus PRRS có thể tồn tại trên trang phục của công nhân trong
thời gian khoảng 60 phút sau khi người công nhân tiếp xúc với heo bị nhiễm bệnh. Sự
lây nhiễm máu trên các công cụ y tế cũng là tác nhân truyền bệnh.
Côn trùng (9)
Côn trùng là một tác nhân lây truyền bệnh rất nguy hiểm. Côn trùng được xem
là một vật mang cơ học, thể hiện ở chổ tác nhân gây bệnh thông qua côn trùng có thể
được mang đi khắp nơi. Côn trùng còn được xem là một vật mang sinh học, thể hiện ở
chổ các tác nhân gây bệnh có thể sao chép để nhân lên trong vật mang trước khi lây
truyền cho vật chủ.
Vai trò của côn trùng trong việc truyền lây virus PRRS là một lĩnh vực được
nghiên cứu thường xuyên. Năm 2002, Otake và cộng sự đã có báo cáo về việc phát
hiện virus PRRS trên lớp vỏ của một loài chân khớp sau khi có trận bùng phát bệnh
6

dịch PRRS. Sau đó, họ đã chứng minh sự truyền lây cơ học dưới điều kiện thí nghiệm
trong 2 đến 4 thử nghiệm bằng cách cho côn trùng chân khớp kiếm ăn trên heo nhiễm
bệnh. Otake và cộng sự (2002) cũng đã tiến hành thử nghiệm khả năng truyền lây virus
PRRS thông qua ruồi. Bằng cách làm trầy da heo bị nhiễm bệnh và heo chưa nhiễm
bệnh, ông phát hiện ra rằng thông qua vết thương và nhờ ruồi làm vật mang, PRRSV
có thể truyền lây từ heo bệnh sang heo chưa bệnh. Trong một thí nghiệm khác, ruồi
được cho đậu trên heo bị nhiễm bệnh lâm sàng sau đó được giữ ở 27
0
C và được kiểm
tra sự hiện diện virus PRRS, kết quả, PRRSV có thể phát hiện trên ruồi trong khoảng
thời gian từ 0 giờ đến 6 giờ sau khi tiếp xúc. Nhưng những khoảng thời gian quan sát
sau đó (12, 24, 48, 72 và 96 giờ) thì không phát hiện được.


2.1.6. Bệnh tích
Không có bệnh tích đặc trưng ở lợn nái, thai bị sẩy hay lợn con chết non. Viêm
phổi hoại tử và xâm nhiễm đặc trưng bởi những đám nhục hoá ở thùy đỉnh, thùy giữa,
thùy phụ và nửa dưới của thùy hoành. Thùy bị bệnh này xám đỏ, có mủ và đặc chắc
(nhục hoá). Trên mặt cắt ngang, thùy bị bệnh lồi ra, khô và nhu mô phổi trông giống
tuyến ức. Quan sát thấy phổ biến viêm phế quản, phổi hoá mủ ở mặt thùy đỉnh.
Bệnh tích đặc trưng đó là sự xâm nhiễm của các tế bào phế nang (pneumocyte)
loại hai làm cho phế nang nhăn lại; đại thực bào bị phân huỷ đôi khi thường gặp ở phế
nang, thường gặp viêm tiểu phế quản hoại tử và tăng sinh biểu mô tiểu phế quản, cũng
có thể gặp viêm phế quản và phổi hóa mủ.

2.2. Các phƣơng pháp dùng trong chẩn đoán bệnh do virus PRRS gây ra
2.2.1. Phân lập virus sống
Virus PRRS chỉ có thể nhân lên trên hai loại tế bào đó là: đại thực bào túi phôi
của heo (PAMs: pulmonary alveolar macrophage) và dòng tế bào thận khỉ châu Phi.
Điều này cho thấy rằng có ít nhất hai dạng tế bào có thể được sử dụng cho việc phân lập
virus. Khi phân lập virus PRRS dòng châu Âu thường đòi hỏi phải sử dụng PAMs.
Virus PRRS được phân lập từ nhiều mẫu bệnh lâm sàng khác nhau bao gồm huyết
thanh, màng tế bào, những tế bào máu đơn nhân ngoại biên, tủy xương, hạch hạnh nhân
(amidal), phổi, nốt bạch huyết, tuyến ức, lách, tim, não, gan, tinh hoàn, mào tinh hoàn,
đảo hành niệu đạo…
Trong số những mẫu mô tả ở trên, dịch thu nhận từ phổi (bronchioalveolar fluid)
và huyết thanh được xem là những mẫu tốt cho việc phân lập virus khi có sự bùng phát
nghiêm trọng virus PRRS, không phụ thuộc vào độ tuổi của thú nhiễm. PRRSV trong
huyết thanh ổn định hơn trong mô. Đối với những thú già, virus PRRS có thể ở mô
nhiều hơn ở máu. Nếu sử dụng các mẫu mô, có thể sử dụng các loại mẫu mô phổi, hạch
hạnh nhân và nốt bạch huyết. Sự lựa chọn mẫu cũng phụ thuộc vào giai đoạn nhiễm
bệnh (cấp tính, hồi phục, bệnh kéo dài). Huyết thanh, phổi và dịch phế nang là những
8

và độ nhạy không cao lắm. Việc thu nhận mẫu có tác động lớn đối với kết quả của FA.
Mô nên được thu nhận từ mẫu heo chết và giữ lạnh nhanh.
IHC thì rất hữu dụng đối với việc phát hiện virus trong những mẫu để ổn định trong
formalin, IHC có độ nhạy cao hơn so với xét nghiệm FA trực tiếp đối với những mẫu giữ
đông, nhưng mất nhiều thời gian và chi phí xét nghiệm cao hơn so với FA trực tiếp.
Một chẩn đoán cuối cùng có thể được thực hiện bằng việc phát hiện trên những
đặc tính lát cắt hiển vi của virus PRRS trong sự kết hợp với IHC hay FA. Đối với xét
nghiệm FA trực tiếp, mẫu mới hay trữ lạnh nên được sử dụng. Đối với xét nghiệm
IHC mẫu mô cần được pha trộn trong 10 % neutral buffered formalin.

9

2.2.3. Phƣơng pháp phát hiện kháng thể trong huyết thanh (serology)
Phản ứng kháng thể hùynh quang trực tiếp (IFA); SNV (serum virus
neutralization); IMPA (immunoperoxidase monolayer assay) và ELISA (enzyme –
linked immunosorbent assay) tất cả đều có thể được sử dụng cho việc phát hiện kháng
thể đặc hiệu với virus PRRS.
Phản ứng IFA, SNV và ELISA được sử dụng thường xuyên trong hầu hết các
phòng thí nghiệm ở miền nam nước Mỹ trong khi đó, IMPA được sử dụng nhiều hơn ở
Châu Âu.
Yoon và cộng sự trong một nghiên cứu đã cho thấy IFA có độ đặc hiệu cao đến
99,5 %. Theo Frey, Yoon và cộng sự, IFA cho kết quả đáng tin cậy đối với việc phát
hiện kháng thể đặc hiệu đến ba tháng sau nhiễm (19).
Theo Drew, trong một thử nghiệm so sánh của mình, ông cho rằng IMPA có độ
nhạy cao hơn so với ELISA (16). IMPA thường được sử dụng nhằm phát hiện việc
nhiễm virus PRRS từ ngày 7 đến ngày 15 sau khi nhiễm (19). Tuy nhiên, IMPA cũng
cho kết quả đáng tin cậy đối với việc phát hiện kháng thể đặc hiệu sau hai đến ba tháng

nhiễm, sau đó bị giảm dần. Yoon và cộng sự trong một thí nghiệm đã chứng minh rằng
không thể phát hiện kháng thể trong khoảng 4 đến 5 tháng đối với IFA, 4 đến 10 tháng
đối với ELISA 11 đến 12 tháng đối với IMPA và khoảng 12 tháng đối với SNV sau
nhiễm.
Những kết quả huyết thanh dương tính từ mẫu máu thu nhận từ heo có biểu
hiện lâm sàng đối với virus PRRS thì không đủ cơ sở cho việc chẩn đoán virus PRRS
(Van Alstine và cộng sự, 1993). Có thể đó chính là sự hiện diện của kháng thể mẹ
truyền cho heo con. Albina trong một nghiên cứu năm 1994 cho thấy rằng kháng thể
truyền từ mẹ được phát hiện trong huyết thanh của lợn con 4 ngày sau khi sinh và
không phát hiện thấy ở 3 tuần sau đó.
Kháng thể đặc hiệu từ mẹ đối với virus PRRS tồn tại trong cơ thể heo con từ 4
đến 10 tuần tuổi và đôi khi tồn tại đến 16 tuần tuổi đối với heo bú sữa mẹ đã được
miễn dịch. Vì kháng thể thường không kéo dài trong suốt thời gian sống của thú và vì
sự liên kết trong thời gian ngắn của kháng thể IFA và ELISA, điều khuyên nhủ đầu
tiên là heo nhỏ và tốt hơn hết là đàn heo giống cần được kiểm tra để phát hiện tình
trạng nhiễm virus PRRS của đàn.

2.2.4. Kỹ thuật PCR để phát hiện PRRSV
Kỹ thuật PCR được phát triển để phát hiện RNA của virus PRRS trong các mẫu
bệnh phẩm. Vì không cần phải phân lập virus trong môi trường nuôi cấy tế bào nên
PCR sẽ ít tốn thời gian để phát hiện hơn so với phương pháp nuôi cấy tế bào. PCR còn
được xem là một phương pháp có độ nhạy và độ đặc hiệu cao.
11

Nhiều dạng khác nhau của PCR được sử dụng, hầu hết chúng được sử dụng để
phát hiện các vùng ORF7, ORF6 hay ORF1b và có thể sử dụng một cách trực tiếp
trong việc phân tích các mẫu bệnh phẩm.

các cặp base và tách DNA sợi đôi tạo thành các sợi đơn để đóng vai trò như khuôn
mẫu quá trình tổng hợp DNA.
12

Giai đoạn 2: Đây là giai đoạn bắt cặp (annealation). Giai đoạn này thường được tiến
hành ở điều kiện nhiệt độ 40
0
C

– 70
0
C trong 30 – 60 giây tùy thuộc vào primer sử
dụng cho phản ứng. Ở nhiệt độ này, primer sẽ tiến hành gắn kết với DNA mẫu. Việc
xác định nhiệt độ lai ở giai đoạn này là rất quan trọng, nó quyết định đến độ nhạy và
độ đặc hiệu của phản ứng PCR. Nếu nhiệt độ lai trong giai đoạn này quá thấp sẽ dẫn
đến sự bắt cặp không đặc hiệu dẫn đến kết quả khuếch đại sản phẩm bị sai. Nếu nhiệt
độ lai quá cao sẽ dẫn đến độ nhạy của phản ứng kém vì primer sẽ không bắt cặp được.
Cách tính nhiệt độ lai (5)
Nhiệt độ này có thể được tính thông qua Tm. Tm là nhiệt độ mà ở đó việc lai
bắt cặp đúng phân ly. Thông thường nhiệt độ lai thường sử dụng ở điều kiện nhiệt độ
thấp hơn 1 – 2
0
C so với Tm.
Tm có thể được xác định bằng thí nghiệm nhưng thường được tính theo công
thức sau :
Tm = 4 * (G + C) + 2 * (A + T)
Trong đó:

Các mồi này gồm một mồi xuôi (sens primer) và mồi ngược (antisens primer).
Mồi là yếu tố quan trọng quyết định tính đặc hiệu của phản ứng PCR. Mồi cũng có vai
trò khởi động hoạt động của enzyme DNA polymerase khi đã ở trạng thái bắt cặp ở
đầu 3’.
dNTP (deoxynucleotide triphosphate)
dNTP là một dung dịch gồm bốn thành phần deoxynucleotide (dATP, dGTP,
dCTP, dTTP). Thông thường dung dịch dNTP được pha và bảo quản ở dạng dung dịch
mẹ (10X) với nồng độ các deoxynucleotide thành phần từ 20 - 200µM. Nồng độ sử
dụng dung dịch dNTP trong phản ứng sẽ tùy thuộc vào các điều kiện phản ứng chung.
DNA polymerase
Enzyme này có vai trò kéo dài mạch mới bổ sung với mạch khuôn từ các mồi
khởi đầu. Có nhiều loại DNA polymerase Sử dụng cho phản ứng PCR. Nhìn chung,
các DNA polymerase có chung đặc điểm là chịu nhiệt, không bị biến tính hay bị huỷ ở
nhiệt độ biến tính DNA.
Dung dịch đệm cho phản ứng PCR
Dung dịch đệm bao gồm các thành phần sau: Tris HCl (pH 8.3), KCl, MgCl
2
,
gelatin. Thành phần và nồng độ dung dịch đệm sử dụng tùy thuộc vào loại DNA
polymerase. Trong thành phần dung dịch đệm cho phản ứng PCR đôi khi người ta bổ
sung MgCl
2
ở nồng độ 0.5 – 5.0 mM. Dung dịch đệm có vai trò trong việc tạo sự kết
hợp giữa các dNTP, kích hoạt DNA polymerase. Dung dịch đệm có ảnh hưởng mạnh
đến tính đặc hiệu và hiệu suất của phản ứng PCR.

2.3.3. Các yếu tố ảnh hƣởng đến phản ứng PCR
DNA mẫu
Phản ứng khuếch đại tối ưu xảy ra trên DNA thật tinh sạch. Nhiều kỹ thuật chẩn
đoán bằng PCR vẫn đạt kết quả tốt với DNA thu nhận trực tiếp từ dịch chiết tế bào.

không trùng với trình tự lặp lại trên gene.
- Đoạn gene cần khuếch đại không nên lớn hơn 3 kb và chiều dài lý tưởng là
nhỏ hơn 1 kb.
Các thành phần khác của phản ứng PCR
- Bốn loại nucleotide thường được sử dụng ở nồng độ 20 – 200 µM/mỗi
nucleotide. Nồng độ cao hơn dễ dẫn đến sự khuếch đại “ký sinh”. Sự mất cân bằng
trong thành phần các nucleotide lại làm tăng các lỗi sao chép của polymerase.
- Nồng độ ion Mg
++
cũng là nhân tố ảnh hưởng mạnh đến phản ứng PCR. Nồng
độ tối ưu phải được xác định cho từng phản ứng qua nhiều thử nghiệm.

15

2.3.4. Thiết bị và dụng cụ cho phản ứng PCR
Thiết bị quan trọng nhất dùng cho phương pháp PCR là máy luân nhiệt. Yêu
cầu quan trọng nhất của thiết bị này là việc thay đổi nhiệt độ phải diễn ra nhanh và
chính xác. Ngoài ra, các eppendorf dùng cho phản ứng phải cùng một kiểu.

2.4. Phƣơng pháp RT - PCR
RT-PCR ( reverse transcriptase polymerase chain reaction) là một phương pháp
dùng để khuếch đại cDNA được tạo ra từ RNA dựa vào đặc tính phiên mã ngược. RT-
PCR thường được sử dụng để tạo ra thư viện cDNA lớn từ một lượng rất nhỏ mRNA;
sử dụng trong việc nhận biết các đột biến và đa hình dựa vào những trình tự phiên mã
ngược và sử dụng trong việc định lượng mức độ biểu hiện của gene. Ngoài ra, RT-
PCR còn có một ứng dụng quan trọng nữa đó là chúng được sử dụng trong việc chẩn
đoán các bệnh do virus RNA.